Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen getcds.pl komutudur.
Program:
ADI
getcds.pl - Çeşitli açıklama biçimlerinden CDS çıkarma
SİNOPSİS
getcds.pl [seçenekler] giriş dosyası [çıkış dosyası] [giriş dosyası [çıkış dosyası] ...]
SEÇENEKLER
Seçenekler şunlardır:
yönlendirme => Çalışma zamanında bir yönlendirmeyi etkinleştirin. aşağıda açıklanmıştır.
force => boş .cds dosyalarının yazılmasına izin verir
[çıktı dosyası] belirtilmemişse, "[giriş dosyası].cds" kullanılır.
.redirect dosyalarıyla gerçekleştirilebilecek pek çok kara büyü vardır. Yönlendirmeler kullanılıyor
olağan davranışı değiştirmek ve genel olarak uygulanabilir (bir .redirect dosyası
[giriş dosyası] ile aynı dizin) ve/veya giriş bazında ([giriş dosyası]. yönlendirme).
Yönlendirmeler, giriş başına efektler global üzerine uygulanacak şekilde bu sırayla okunur.
etkileri.
Dosya adını bir Ensembl indirmesinden olduğu gibi bıraktıysanız, uygun Ensembl DB
kaynak otomatik olarak tahmin edilecektir.
Olası yönlendirmeler:
CDS - bioperl dosyaları üzerinde çalışırken hangi etiket türünün aranacağını değiştirir (varsayılan CDS'dir)
offset - tüm koordinatlara bir değer ekleyin
+bioperl - yönlendirme tabanlı diğer verilerin yanı sıra bioperl aracılığıyla açıklamaları da çıkarın
(doğrudan kullanmak, varsayılan olarak bioperl'in ayrıştırıcısını devre dışı bırakır)
ensembl_build - topluluktan veri al (belirtilen şemada)
ucsc_build - veriyi (belirtilen şemada) alın
murasaki_synth - bir hizalamadan her çapa için açıklama verilerini sentezle (bu ise
bir dizin, ardından her girdi dosyası (örn. input.lav) karşılık gelen bir .anchors için kontrol edilir.
dosya (örn. input.anchors).
birincil - dış verilerden toplanan verilerden oluşturulacak etiketlerin türü (örneğin:
topluluk, ucsc veya murasaki). varsayılan, cds yönlendirmesiyle aynıdır.
kromozom - dosya adından türetmek yerine belirli bir kromozomu zorlar
gtf - bir .gtf dosyasından açıklama ayıklayın
onworks.net hizmetlerini kullanarak getcds.pl'yi çevrimiçi kullanın
