Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-angle komutudur.
Program:
ADI
gmx-angle - Açılar ve dihedraller için dağılımları ve korelasyonları hesaplayın
SİNOPSİS
gmx açısı [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
[-OV [<.xvg>]] [-nın-nin [<.xvg>]] [Ot [<.xvg>]] [-Ah [<.xvg>]]
[-ok [<.xvg>]] [Ya da [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[şimdi] [-xvg ] [tipi ]
[-[hayır]hepsi] [-bin genişliği ] [-[hayır]periyodik]
[-[hayır]avcı] [-[hayır]önleyici] [-acflen ]
[-[hayır]normalleştirme] [-P ] [-fitfn ]
[-başlamak ] [-son uyum ]
TANIM
gmx açı bir dizi açı veya dihedral için açı dağılımını hesaplar.
Seçeneği ile -OV'nin bir fonksiyonu olarak bir açı grubunun ortalama açısını çizebilirsiniz.
zaman. İle -herşey seçeneği, ilk grafik ortalamadır ve geri kalanı bireyseldir
açıları.
İle -nın-nin seçeneği gmx açı ayrıca trans dihedrallerin fraksiyonunu da hesaplar (yalnızca
dihedraller) zamanın bir fonksiyonu olarak kabul edilir, ancak bu muhtemelen sadece seçilmiş birkaç kişi için eğlencelidir.
Seçeneği ile -ok, bir dihedral korelasyon fonksiyonu hesaplanır.
İndeks dosyasının açılar veya atom için atom üçlüleri içermesi gerektiğine dikkat edilmelidir.
dihedraller için dördüzler. Durum böyle değilse, program çökecektir.
Seçeneği ile Ya da, seçilen dihedralin cos ve sin'ini içeren bir yörünge dosyası atılır
kullanılarak bir temel bileşen analizi için girdi olarak kullanılabilecek açılar
gmx kova.
seçenek Ot çokluk 3'ün dihedral rotamerleri arasında geçişler meydana geldiğinde grafikler ve
-Ah girdiyi varsayarak, bu tür geçişler arasındaki sürelerin bir histogramını kaydeder.
yörünge çerçeveleri zaman içinde eşit aralıklarla yerleştirilmiştir.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (açı.ndx)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-OV [<.xvg>] (angaver.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-nın-nin [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-Ah [<.xvg>] (trhisto.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-ok [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Ya da [<.trr>] (traj.trr) (İsteğe bağlı)
Taşınabilir xdr formatında yörünge
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
tipi (açı)
Analiz edilecek açı türü: açı, dihedral, uygun olmayan, ryckaert-bellemans
-[hayır]hepsi (yok hayır)
Tüm açıları, ortalamalar dosyasındaki görünüm sırasına göre ayrı ayrı çizin.
dizin dosyası.
-bin genişliği (1)
dağılımı hesaplamak için binwidth (derece)
-[hayır]periyodik (Evet)
Dihedral açıları yazdır modulo 360 derece
-[hayır]avcı (yok hayır)
Kosinüs yerine Chandler korelasyon fonksiyonunu (N[trans] = 1, N[gauche] = 0) kullanın
korelasyon fonksiyonu. Trans, phi < -60 veya phi > 60 olarak tanımlanır.
-[hayır]önleyici (yok hayır)
Bireysel açılar/iki yüzlüler için korelasyon fonksiyonlarının ortalamasını alın
-acflen (-1)
ACF'nin uzunluğu, varsayılan çerçeve sayısının yarısıdır
-[hayır]normalleştirme (Evet)
ACF'yi normalleştir
-P (0)
ACF için Legendre polinomunun sırası (0 yok anlamına gelir): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Yok)
Sığdırma işlevi: yok, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-başlamak (0)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumuna başlama zamanı
-son uyum (-1)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumunun sona ereceği zaman, -1,
son
BİLİNEN KONULAR
· Sayma geçişleri yalnızca çokluğu 3 olan dihedraller için çalışır
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx açısını çevrimiçi kullanın
