Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-clustsize komutudur.
Program:
ADI
gmx-clustsize - Atom kümelerinin boyut dağılımlarını hesaplayın
SİNOPSİS
gmx küme boyutu [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xpm>]] [-ah [<.xpm>]] [-nc [<.xvg>]]
[-mc [<.xvg>]] [-AC [<.xvg>]] [-hc [<.xvg>]]
[-sıcaklık [<.xvg>]] [-mcn [<.ndx>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-sen ] [-[şimdi] [-xvg ]
[-kesmek ] [-[hayır]mol] [-[hayır]pbc] [-nskip ]
[-nseviyeler ] [-ndf ] [-rgblo ]
[-rgbhi ]
TANIM
gmx küme boyutu gazdaki moleküler/atomik kümelerin boyut dağılımlarını hesaplar
faz. Çıktı şeklinde verilir .xpm dosya. Toplam küme sayısı
birine yazılmış .xvg dosyası.
Zaman -mol seçenek verilirse, kümeler atomlardan ziyade moleküllerden oluşacaktır,
büyük moleküllerin kümelenmesini sağlar. Bu durumda bir dizin dosyası yine de
atom numaralarını içerir veya hesaplamanız bir SEGV ile ölür.
Yörüngenizde hızlar olduğunda, en büyük kümenin sıcaklığı
ayrı basılacak .xvg parçacıkların serbestçe hareket ettiğini varsayarak dosya. Eğer
kısıtlamalar kullanıyorsunuz, lütfen sıcaklığı düzeltin. Örneğin su simülasyonu
SHAKE veya SETTLE ile 1.5 kat çok düşük bir sıcaklık verecektir. Yapabilirsiniz
ile bunu telafi -ndf seçenek. Kütle merkezinin kaldırılmasını almayı unutmayın
dikkate alarak hareket edin.
The -mc seçeneği, en büyük atom numaralarını içeren bir dizin dosyası üretecektir.
küme.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr) (İsteğe bağlı)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xpm>] (csize.xpm)
X PixMap uyumlu matris dosyası
-ah [<.xpm>] (csizew.xpm)
X PixMap uyumlu matris dosyası
-nc [<.xvg>] (dahil.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-mc [<.xvg>] (maxclust.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-AC [<.xvg>] (avclust.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-hc [<.xvg>] (histo-clust.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-sıcaklık [<.xvg>] (sıcaklık.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-mcn [<.ndx>] (maxclust.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-sen (ps)
Zaman değerleri için birim: fs, ps, ns, us, ms, s
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-kesmek (0.35)
Bir kümede dikkate alınacak en büyük mesafe (nm)
-[hayır]mol (yok hayır)
Atomlardan ziyade küme molekülleri (ihtiyaçlar .tpr dosya)
-[hayır]pbc (Evet)
Periyodik sınır koşullarını kullanın
-nskip (0)
Yazma arasında atlanacak kare sayısı
-nseviyeler (20)
Gri seviyesi sayısı .xpm çıktı
-ndf (-1)
Sıcaklık hesaplaması için tüm sistemin serbestlik derecesi sayısı. Eğer
ayarlanmadıysa, atom sayısı çarpı üç kullanılır.
-rgblo (1 1 0)
En düşük dolu küme boyutunun rengi için RGB değerleri
-rgbhi (0 0 1)
En yüksek dolu küme boyutunun rengi için RGB değerleri
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-clustsize çevrimiçi kullanın
