Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-current komutudur.
Program:
ADI
gmx-current - Dielektrik sabitlerini ve mevcut otokorelasyon fonksiyonunu hesaplayın
SİNOPSİS
gmx akımı [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-kaf [<.xvg>]] [-dsp [<.xvg>]]
[-md [<.xvg>]] [-mj [<.xvg>]] [-mc [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[şimdi] [-xvg ]
[-ş ] [-[hayır]atlama yok] [-eps ] [-bfit ]
[-efit ] [-bvit ] [-ev ] [-tr ]
[-sıcaklık ]
TANIM
gmx akım mevcut otokorelasyon fonksiyonunu hesaplamak için bir araçtır,
sistemin dönme ve öteleme dipol momentinin korelasyonu ve
elde edilen statik dielektrik sabiti. Makul bir sonuç elde etmek için indeks grubu
tarafsız olmak. Ayrıca, rutin statik iletkenliği çıkarma yeteneğine sahiptir.
hızlar verilirse, mevcut otokorelasyon fonksiyonundan. Ek olarak, bir
Statik iletkenliği elde etmek için Einstein-Helfand uyumu kullanılabilir.
Bayrak -kaf mevcut otokorelasyon fonksiyonunun çıktısı içindir ve -mc yazar
dipol momentinin dönme ve öteleme kısmının korelasyonu
ilgili dosya. Ancak, bu seçenek yalnızca aşağıdakileri içeren yörüngeler için kullanılabilir:
hızlar. Seçenekler -ş ve -tr ortalamasının alınmasından ve entegrasyonundan sorumludur.
otokorelasyon fonksiyonları. Ortalama alma, başlangıç noktası kaydırılarak ilerlediğinden,
yörünge, vardiya ile değiştirilebilir -ş ilişkisiz seçimini sağlamak için
Başlangıç noktaları. Sonlara doğru, istatistiksel yanlışlık büyür ve
korelasyon işlevi, yalnızca belirli bir noktaya kadar güvenilir değerler verir, buna bağlı olarak
çerçeve sayısı. Seçenek -tr dikkate alınan integralin bölgesini kontrol eder
statik dielektrik sabitini hesaplamak için.
seçenek -sıcaklık statik dielektrik hesaplaması için gereken sıcaklığı ayarlar
sabiti.
seçenek -eps simülasyonlar için çevreleyen ortamın dielektrik sabitini kontrol eder
Ewald toplamının bir Reaksiyon Alanı veya dipol düzeltmelerini kullanarak (-eps=0 karşılık gelir
kalay-folyo sınır koşulları).
-[hayır]atlama yok serbest difüzyona izin vermek için koordinatları açar. Bu bir almak için gereklidir
Einstein-Helfand uyumu için gerekli olan sürekli öteleme dipol momenti. Sonuçlar
uyumdan, yüklü sistem için dielektrik sabitinin belirlenmesine izin verir
moleküller. Bununla birlikte, dielektrik sabitini şu değerden çıkarmak da mümkündür.
katlanmış koordinatlarda toplam dipol momentinin dalgalanmaları. Ama bu seçenek olmalı
dikkatle kullanıldığından, yalnızca çok kısa zaman aralıkları,
moleküllerin yoğunluğu yaklaşık olarak sabittir ve ortalamalar zaten yakınsaktır.
Güvenli tarafta olmak için, dielektrik sabiti yardımıyla hesaplanmalıdır.
Dielektrik sabitinin öteleme kısmı için Einstein-Helfand yöntemi.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.xvg>] (geçerli.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-kaf [<.xvg>] (caf.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
-dsp [<.xvg>] (dsp.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-md [<.xvg>] (md.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-mj [<.xvg>] (mj.xvg)
xvgr/xmgr dosyası
-mc [<.xvg>] (mc.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-ş (1000)
Korelasyon fonksiyonlarının ve ortalama karenin ortalamasını almak için çerçevelerin kayması
yer değiştirme.
-[hayır]atlama yok (Evet)
Kutu boyunca atom sıçramalarını kaldırır.
-eps (0)
Çevreleyen ortamın dielektrik sabiti. Sıfır değeri şuna karşılık gelir:
sonsuz (kalay-folyo sınır koşulları).
-bfit (100)
Düz çizginin, translasyon fraksiyonunun MSD'sine uymasının başlangıcı
dipol momenti.
-efit (400)
Düz çizginin, translasyon fraksiyonunun MSD'sine sığdırılmasının sonu
dipol momenti.
-bvit (0.5)
Mevcut otokorelasyon fonksiyonunun a*t^b'ye sığdırılmasının başlangıcı.
-ev (5)
Mevcut otokorelasyon fonksiyonunun a*t^b ile uyumunun sonu.
-tr (0.25)
İntegral için dikkate alınan yörüngenin kesri.
-sıcaklık (300)
Epsilon hesaplamak için sıcaklık.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-current çevrimiçi kullanın
