Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-genion komutudur.
Program:
ADI
gmx-genion - Enerjisel olarak uygun konumlarda monoatomik iyonlar üretin
SİNOPSİS
gmx geni [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-p [<.top>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-Örneğin ] [-pname ]
[-pq ] [-NN ] [-isim ] [-nq ]
[-rmin ] [-tohum ] [-kons. ] [-[hayır]nötr]
TANIM
gmx cin çözücü moleküllerini monoatomik iyonlarla rastgele değiştirir. çözücü grubu
moleküller sürekli olmalı ve tüm moleküller aynı sayıda atoma sahip olmalıdır.
Kullanıcı iyon moleküllerini topoloji dosyasına eklemeli veya -p için seçenek
topolojiyi otomatik olarak değiştirir.
Tüm kuvvet alanlarındaki iyon molekülü tipi, kalıntı ve atom isimleri büyük harfle yazılır.
işaretsiz eleman isimleri. Bu molekül adı ile verilmelidir -pname or -isim, ve
the [moleküller] topolojinizin bölümü elle veya elle buna göre güncellenir. -p.
Bunun yerine bir atom adı kullanmayın!
Birden fazla yük durumuna sahip olabilen iyonlar, işaretsiz olarak eklenen çokluğu alırlar.
sadece nadir devletler.
Daha büyük iyonlar için, örneğin sülfat kullanılmasını önerdik. gmx insert-moleküller.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Taşınabilir xdr çalıştırma girdi dosyası
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Giriş/çıkış dosyalarını belirleme seçenekleri:
-p [<.top>] (topol.üst) (İsteğe bağlı)
topoloji dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.gro/.g96/...>] (çıkış.gro)
Yapı dosyası: harika g96 pdb brk ent esp
Diğer seçenekler:
-Örneğin (0)
Pozitif iyon sayısı
-pname (NA)
Pozitif iyonun adı
-pq (1)
Pozitif iyonun yükü
-NN (0)
Negatif iyon sayısı
-isim (CL)
Negatif iyonun adı
-nq (-1)
Negatif iyonun yükü
-rmin (0.6)
İyonlar arasındaki minimum mesafe
-tohum (1993)
Rastgele sayı üreteci için tohum
-kons. (0)
Tuz konsantrasyonunu belirtin (mol/litre). Bu, yukarı ulaşmak için yeterli iyonları ekleyecektir.
girişteki hücrenin hacminden hesaplandığı gibi belirtilen konsantrasyona
.tpr dosya. geçersiz kılar -Örneğin ve -NN seçenekleri.
-[hayır]nötr (yok hayır)
Bu seçenek, sistemi nötralize etmek için yeterli iyonu ekleyecektir. Bu iyonlar eklenir
ile belirtilenlerin başında -Örneğin/-NN or -kons..
BİLİNEN KONULAR
· Bir tuz konsantrasyonu belirtirseniz mevcut iyonlar dikkate alınmaz. Etkisinde
bu nedenle eklenecek tuz miktarını siz belirlersiniz.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-genion'u çevrimiçi kullanın
