go2obop - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - dönüştürme aracı ve sarmalayıcıları

SİNOPSİS

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontoloji/*.ontoloji
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontoloji/gene_ontology.obo

TANIM

herhangi bir GO/OBO stili ontoloji dosyasını ayrıştırır ve farklı bir format olarak yazar

ARGÜMANLAR
-e HATA DOSYASI

XML'de ayrıştırma hatalarını yazar - varsayılan olarak STDERR'dir (kuyuda ayrıştırma hatası olmamalıdır
oluşturulmuş dosyalar)

-p FORMAT

hangi ayrıştırıcının kullanılacağını belirler; belirtilmezse dosyaya göre tahmin yapılır
son ek. Formatlar için aşağıya bakın

-w|yazar FORMAT

çıktı formatı - liste için aşağıya bakın

-|xslt XSLT

XSLT dönüşümünün adı veya dosya adı

Bu, dosya sisteminin herhangi bir yerindeki bir dosyanın mutlak yolu olabilir veya sadece
xslt'nin adı olmak; Örneğin

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Ad belirtilirse, öncelikle $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl aranacaktır; Eğer
GO_ROOT ayarlanmadıysa, GO'nun kurulu olduğu Perl modülleri dizini aranacaktır (
Normal yükleme işlemini izlerseniz xslts buraya otomatik olarak yüklenecektir)

-use_cache
Bu anahtar belirtilirse, önbelleğe alma modu açılır.

Önbelleğe alma moduyla, bir dosyayı ilk kez ayrıştırdığınızda, ardından ek bir dosya
ayrıştırılması hızlı olan özel bir biçimde dışa aktarılır. Bu dosya aynı dosya adına sahip olacak
orijinal dosya olarak, ancak ".cache" son ekine sahip olacak.

Dosyayı bir sonraki ayrıştırışınızda, bu program otomatik olarak varlığını kontrol edecektir.
".cache" dosyasının. Varsa ve belirttiğiniz dosyadan daha yeniyse, bu
bunun yerine ayrıştırılır. Mevcut değilse, yeniden inşa edilir.

Bu, b için bir hız artışı getirecektir. aşağıdaki çıktı biçimlerinden (örneğin
yol listesi). Çoğu çıktı biçimi olaya dayalı ayrıştırma ile çalışır, bu nedenle nesneyi önbelleğe almak,
faydası yok ve aslında önbelleği atlamaktan daha yavaş olacak

BİÇİMLER
yazılabilir formatlar

go_ont
".ontology" son ekine sahip dosyalar

Bunlar ontoloji DAG'lerini depolar

go_def
".defs" son ekine sahip dosyalar

go_xref
GO terimleri için harici veritabanı referansları

"2go" son ekine sahip dosyalar (örn. ec2go, metacyc2go)

go_assoc
GO kullanarak genlerin veya gen ürünlerinin açıklamaları

"Gen ilişkisi" ön ekine sahip dosyalar.

obo_text
Son eki ".obo" olan dosyalar

Bu, mevcut GO düz dosya biçimleri için yeni bir dosya biçimi yedeğidir. Bilişim Teknoloji
ontolojileri, tanımları ve dış referansları ele alır (ancak ilişkilendirmeleri değil)

obo_xml
".obo.xml" veya ".obo-xml" sonekine sahip dosyalar

Bu, yukarıdaki OBO düz dosya formatının XML versiyonudur.

prolog
prolog gerçekleri - bunları kullanmak için bir prolog derleyicisine/yorumlayıcısına ihtiyacınız olacak. Yapabilirsiniz
Obol'u veya yakında çıkacak olan Bio-LP projesini kullanarak bu gerçekler üzerinde akıl yürütün

tbl basit (kayıplı) tablo gösterimi

özet
hem ontoloji dosyalarında hem de ilişkilendirme dosyalarında kullanılabilir

yol listesi
köke giden tüm yolları gösterir

baykuş OWL formatı (varsayılan: OWL-DL)

OWL, ontolojiler için bir W3C standart formatıdır

Bunu çalıştırmak için tam go-dev dağıtımından XSL dosyalarına ihtiyacınız olacak; XML'e bakın
bölümhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
bir GO::Model::Graph nesnesinin YAML temsili

obj_storable
Perl GO::Model::Graph nesnesinin dökümü. Bunun için CPAN'dan Depolanabilir'e ihtiyacınız var
İş. Bu, hızlı erişim için dosya sistemindeki nesneleri önbelleğe almak için tasarlanmıştır. NS
obj_storable gösterimi taşınabilir olmayabilir

metin_html
Bir html-ified OBO çıktı formatı

Godb_prestore
Doğrudan GODB ilişkisel şemasına eşlenen XML (daha sonra kullanılarak yüklenebilir)
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
Doğrudan Chado ilişkisel şemasına eşlenen XML (daha sonra
stag-storenode.pl)

DOKÜMANTASYON
<http://www.godatabase.org/dev>

onworks.net hizmetlerini kullanarak go2obop'u çevrimiçi kullanın