Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gt-extractseq komutudur.
Program:
ADI
gt-extractseq - Verilen dizi dosyalarından veya fastaindex'ten dizileri ayıklayın.
SİNOPSİS
gt ayıklamak [seçenek ...] [dizi_dosya(lar)ı] | hızlı indeks
TANIM
-dan gelenler [değer]
1'den başlayarak bu konumdan sıralamayı çıkar (varsayılan: 0)
-topolar [değer]
1'den başlayarak bu konuma kadar sırayı çıkar (varsayılan: 0)
-eşleşme [dizi]
açıklaması verilen desenle eşleşen tüm dizileri çıkarın. verilen desen
geçerli bir genişletilmiş normal ifade olmalıdır. (varsayılan: tanımsız)
-anahtarlar [Dosya]
belirtilen dosyadaki anahtarlar için alt dizeleri çıkar (varsayılan: tanımsız)
-Genişlik [değer]
FASTA sıralı yazdırma için çıktı genişliğini ayarlayın (0 biçimlendirmeyi devre dışı bırakır) (varsayılan: 0)
-o [Dosya]
çıktıyı belirtilen dosyaya yönlendir (varsayılan: tanımsız)
-gzip [evet|hayır]
gzip sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-bzip2 [evet|hayır]
bzip2 sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-güç [evet|hayır]
çıktı dosyasına yazmaya zorla (varsayılan: hayır)
-Yardım
yardımı göster ve çık
-version
sürüm bilgilerini göster ve çık
-keys seçeneği, verilen diziden alt diziler veya diziler çıkarılmasına izin verir.
dosyadan veya bir fasta dizininden. Çıkarılacak alt diziler bir anahtar dosyasında belirtilir.
bu seçeneğe argüman olarak verilir. Anahtar dosyası, formun satırlarını içermelidir
k
or
kij
burada k bir dizedir (anahtar) ve isteğe bağlı i ve j pozitif tam sayılardır, öyle ki
i⇐j. k anahtardır ve isteğe bağlı sayılar i ve j, ilk konumunu belirtir.
alt dize ve çıkarılacak alt dizenin son konumu. pozisyonlar
1'den sayılırsa, k birinci ve ikinci arasındaki dizeyle aynıysa
sembolün oluşumu | bir fasta başlığında, daha sonra fasta başlığı ve karşılık gelen
sıra çıktı. Örneğin fasta başlığında
>tr|A0AQI4|A0AQI4_9ARCH Varsayılan amonyak monooksijenaz (Parça)
fasta anahtarı A0AQI4'tür. i ve j her ikisi de belirtilirse, karşılık gelen alt dize
fasta formatında gösterilir. İkinci durumda, fasta formatlı dizinin başlığı
çıktı ile başlar
>kij
ardından orijinal orijinal fasta başlığı gelir.
Dizi girişi fasta dosyalarıysa, aşağıdakiler geçerlidir:
· giriş dosyasındaki yinelenen satırlar, çıktıda yalnızca bir sıraya yol açar
· diziler, orijinal dizi dosyalarındaki sıraya göre çıkarılır
· Çıktının biçimlendirmesi seçeneklerle kontrol edilebilir -Genişlik, -o, -gzip, ve
-bzip2
Dizi girişi bir fasta dizininden geliyorsa (aşağıya bakın), aşağıdakiler geçerlidir:
· seçenek -Genişlik gereklidir
· seçenek -o, -gzip ve -bzip2 işe yaramazsa
· diziler, ilgili anahtarların anahtar dosyasında göründüğü sırayla çıkar.
Argüman listesinin sonunda sadece bir dosya adı varsa, fastaindex deyin, o zaman
fastaindex.kys dosyası olup olmadığını kontrol edin. Bu, fasta indeksinin bir parçasını oluşturur.
son ekleyici aracı aşağıdaki gibi çağrılarak oluşturulmuştur:
gt son ekleyici -protein -ssp -tis -des -sds -kys -indexname fastaindex \
-db girdi dosyası1 [girdi dosyası2 ..]
Bu, seçeneğe verilen protein dizisi dosyalarını okur. -DB ve birkaç dosya oluşturur:
· diziyi temsil eden bir fastaindex.esq dosyası.
· dizi ayırıcı konumlarını belirten bir fastaindex.ssp dosyası.
· fasta başlıklarını satır satır gösteren fastaindex.des dosyası.
· dizi başlık sınırlayıcı konumlarını veren bir fastaindex.sds dosyası.
· fasta dosyalarındaki anahtarları içeren bir fastaindex.kys dosyası.
Son ekleyici komutunun çalışması için, |key| fasta başlığında gerekir
aşağıdaki kısıtlamaları karşılayın:
· hepsinin aynı uzunlukta olması, 128'den uzun olmaması ve 1'den kısa olmaması gerekir.
· sözlükbilimsel sırayla görünmeleri gerekir
RAPORLAMA BÖCEK
Hataları şuraya bildir:[e-posta korumalı]>.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gt-extractseq'i çevrimiçi kullanın
