Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen macs2_cmbreps komutudur.
Program:
ADI
macs2_cmbreps - ChIP Sıralaması için Model Tabanlı Analiz
TANIM
kullanım: macs2 cmbreps [-h] -i IFILE [IFILE ...] [-m {balıkçı,maks,ortalama}]
[--outdir OUTDIR] -o OFİLE
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
-i IFLE [IFILE ...]
Her tekrar için bedGraph'ta MACS puanı. '-i A gibi tam olarak iki dosya gerektirir
B'. GEREKLİDİR
-m {balıkçı, max, ortalama}, --yöntem {balıkçı, max, ortalama}
Tekrarlardan alınan puanları birleştirirken kullanılacak yöntem. 1) balıkçı: Fisher'ın birleşik
olasılık testi. ppois biçiminde puanlar gerektirir (-log10 pdeğerleri) bdgcmp'den.
Bu yöntem için diğer puan türleri cmbreps'te beklenmeyen hatalara neden olabilir. 2) maksimum:
her genomik pozisyon için kopyalardan maksimum değeri alın. 3) anlamı: al
ortalama değer. Fisher yöntemi dışında, maksimum veya ortalama puanları OLDUĞU GİBİ alacaktır.
bu, puanları log ölçeğinden doğrusal ölçeğe veya tam tersine çevirmeyecekleri anlamına gelir.
--outdir OUTDIR
Belirtilirse tüm çıktı dosyaları o dizine yazılacaktır. varsayılan:
geçerli çalışma dizini
-o OFİLE, --dosya OFİLE
Birleştirilmiş puanlar için çıktı BEDGraph dosya adı.
onworks.net hizmetlerini kullanarak macs2_cmbreps çevrimiçi kullanın
