Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen macsyfinder komutudur.
Program:
ADI
macsyfinder - macsyfinder 1.0.2 için manuel sayfa
TANIM
kullanım: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]
[--db-type {sırasız_replicon,ordered_replicon,gembase,sırasız}]
[--replikon-topoloji {doğrusal,dairesel}] [--topoloji-dosyası TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--genler arası-maks-alan INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-zorunlu-genler-gerekli MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--min-genler-gerekli MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genleri MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--çoklu lokuslar
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-değer-arama
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-arama-soneki
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-sonek RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--profil-son eki PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--önceki çalıştırma PREVIOUS_RUN] sistemler [sistemler ...]
MacSyFinder diderm bakterilerinin protein salgılama sistemlerinin tespiti için bir araçtır.
bir protein veri setinden
konumsal argümanlar:
sistemler
Algılanacak sistemler. Bu, anahtar kelimeyle ilişkili olmayan zorunlu bir seçenektir.
o. Tüm protein salgılama sistemlerini ve ilgili ekleri tespit etmek için: olarak ayarlayın
"tümü" (büyük/küçük harfe duyarlı değildir). Aksi takdirde, tekli veya çoklu sistemler belirtilebilir.
Örneğin: "T2SS T4P".
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
Giriş veri kümesi seçenekleri:
--sıra-db SEQUENCE_DB
Fasta formatında dizi veri kümesinin yolu.
--db tipi {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,sırasız}
Uğraşılacak veri kümesi türü. "unordered_replicon" bir
birleştirilmemiş genom, metagenomik bir veri kümesine "sırasız", "ordered_replicon" için
birleştirilmiş bir genom ve dizi tanımlayıcılarının bulunduğu bir dizi replikon için "gembase"
şu kuralı izleyin: ">RepliconName SequenceID".
--replikon-topoloji {doğrusal, dairesel}
Replikonların topolojisi (bu seçenek yalnızca db_type
'ordered_replicon' veya 'gembase'.
--topoloji-dosyası TOPOLOGY_DOSYA
Topoloji dosya yolu. Topoloji dosyası, bir topolojinin (doğrusal veya
dairesel) her bir replikon için (bu seçenek yalnızca db_type
'ordered_replicon' veya 'gembase'. Bir topoloji dosyası, iki
sütunlar: 1.si replikon adı ve 2.si karşılık gelen topolojidir:
"ReplikonA lineer"
--idx Önceden oluşturulmuş olsalar bile, dizi veri kümesi için dizinler oluşturmaya zorlar
veri kümesi konumunda hesaplanır ve sunulur (varsayılan = Yanlış)
Sistemler bulma seçenekleri:
--inter-gen-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
Ortak yerelleştirme kriteri: bir profil tarafından eşleşmeyen maksimum bileşen sayısı
bitişik olarak kabul edilmeleri için eşleşen iki bileşen arasında izin verilir. Seçenek
yalnızca 'sıralı' veri kümeleri için anlamlıdır. İlk değer bir sistemle eşleşmelidir,
bir dizi bileşenden ikincisi. Bu seçenek birkaç kez tekrarlanabilir:
"--genler arası-max-uzay T2SS 12 --inter-gen-max-space kamçı 20"
--min-zorunlu-genler-gerekli MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
Sistem değerlendirmesi için gereken minimum zorunlu gen sayısı. İlk
değer bir sistem adına, ikinci değer bir tam sayıya karşılık gelmelidir. Bu seçenek
birkaç kez tekrarlanabilir: "--minmandatory-gens-gerekli T2SS 15
--min-zorunlu genler-gerekli kamçı 10"
--min-genler-gerekli MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
Sistem değerlendirmesi için gereken minimum gen sayısı (her ikisini de içerir)
'zorunlu' ve 'aksesuar' bileşenler). İlk değer şuna karşılık gelmelidir:
sistem adı, bir tam sayının ikinci değeri. Bu seçenek birkaç kez tekrarlanabilir.
kez: "--min-genlergerekli T2SS 15 --min-genler-gerekli kamçı 10"
--max-nb-genleri MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
Sistem değerlendirmesi için gereken maksimum gen sayısı. İlk değer olmalıdır
bir sistem adına karşılık gelir, ikinci değer bir tam sayıya karşılık gelir. Bu seçenek olabilir
birkaç kez tekrarlandı: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-genleri kamçı 10
--çok noktalı MULTI_LOCI
Belirtilen sistemler için çoklu konumlu sistemlerin depolanmasına izin verin. Sistemler
virgülle ayrılmış liste olarak belirtilir (--çok noktalı sys1,sys2) varsayılanı Yanlış'tır
Opsiyonlar için hmmm infaz ve hit filtreleme:
--hmmer HMMER_EXE
Hmmer programına giden yol.
--index-db INDEX_DB_EXE
Hmmer için kullanılacak dizin oluşturucu. Değer, 'makeblastdb' veya
'formatdb' veya bu ikili dosyalardan birinin yolu (varsayılan = makeblastb)
--e-değer-arama E_VALUE_RES
Hmmer araması sırasında raporlanacak isabetler için maksimum e-değer. (varsayılan = 1)
--i-değerlendirme-seçimi I_EVALUE_SEL
Sistem algılaması için seçilecek Hmmer isabetleri için maksimum bağımsız e-değer.
(varsayılan = 0.001)
--kapsam-profili COVERAGE_PROFILE
Vuruş seçimine izin vermek için vuruş hizalamasında gereken minimum profil kapsamı
sistem algılama için (varsayılan = 0.5)
Yol seçenekleri:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
Sistem tanım dosyalarının yolu.
-o OUT_DIR, --out-dir OUT_DIR
Sonuçların saklanacağı dizinin yolu. outdir belirtilirse res-search-dir
göz ardı edilecek.
-r RES_SEARCH_DIR, --res-arama-dir RES_SEARCH_DIR
MacSyFinder arama sonuçları dizinlerinin depolanacağı dizinin yolu
(varsayılan geçerli çalışma dizini).
--res-arama-soneki RES_SEARCH_SUFFIX
Hmmer ham çıktı dosyalarına verilecek sonek.
--res-extract-soneki RES_EXTRACT_SUFFIX
Filtrelenmiş isabet çıktı dosyalarına verilecek sonek.
-p PROFİL_DIR, --profil-dir PROFILE_DIR
Profiller dizinine giden yol.
--profil-soneki PROFILE_SUFFIX
Profil dosyalarının son eki. Her 'Gen' öğesi için karşılık gelen profil
'profile_dir' içinde, adı Gen adını +
profil son eki. Örneğin, Gen 'gspG' olarak adlandırılmışsa ve soneki
'.hmm3', ardından profil belirtilen konuma yerleştirilmeli ve adlandırılmalıdır.
'gspG.hmm3'
genel seçenekleri:
-w İŞÇİ_NB, --çalışan İŞÇİ_NB
MacSyFinder tarafından kullanılacak işçi sayısı. Kullanıcının çalıştırmak istediği durumda
Çoklu iş parçacığı modunda MacSyFinder. (0 tüm çekirdeklerin kullanılacağı anlamına gelir, varsayılan 1)
-v, --ayrıntılılık
Ayrıntı düzeyini artırır. 4 seviye vardır: Hata mesajları (varsayılan),
Uyarı (-v), Bilgi (-vv) ve Hata Ayıklama.(-vvv)
--kayıt LOG DOSYASI
'macsyfinder.log' günlük dosyasının depolanacağı dizinin yolu.
--yapılandırma CFG_FILE
Kullanılacak varsayılan bir MacSyFinder yapılandırma dosyasının yolu.
--önceki çalıştırma ÖNCEKİ_RUN
Önceki bir MacSyFinder çalıştırma dizinine giden yol. Birinin Hmmer'ı atlamasını sağlar
önceki çalıştırma sonuçlarını ve dolayısıyla parametreleri kullandığından aynı veri kümesinde arama adımı
Hmmer algılama ile ilgili. Bu önceki çalıştırmanın yapılandırma dosyası
kullanılmış. (seçeneklerle çakışma --yapılandırma, --sıra-db, --profil-soneki,
--resextract-soneki, --e-değer-res, --db tipi, --hmmer)
Daha fazla ayrıntı için MacSyFinder web sitesini ziyaret edin ve MacSyFinder belgelerine bakın.
onworks.net hizmetlerini kullanarak macsyfinder'ı çevrimiçi kullanın
