mafft-homologs - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

mafft-homologs - dizileri otomatik olarak toplanan homologlarla birlikte hizalar
NCBI BLAST aracılığıyla SwissProt

SİNOPSİS

mafft-homologlar [seçenekleri] giriş [> çıktı]

TANIM

Birbiriyle uzaktan ilişkili birkaç dizinin hizalama doğruluğu önemli ölçüde iyileştirildi
yakın homologları ile birlikte hizalanırken. İyileşmenin nedeni,
muhtemelen PSI-BLAST ile aynıdır. Yani, yüksek oranda korunmuş konumlar
kalıntılar, birçok boşluk olanlar ve diğer ek bilgiler yakından getirilir
homologlar. Katoh et al. (2005), yakın homologlar ekleyerek iyileştirme
% 10 ya da öylesine, yapısal bilgileri dahil ederek iyileştirme ile karşılaştırılabilir
bir çift diziden. Bir mafft sunucusundaki Mafft-homologları şu şekilde çalışır:

1. Girişin yakın homologlarının (varsayılan olarak E=50e-1) bir sayısını (varsayılan olarak 10) toplayın
dizileri.

2. L-INS-i stratejisini kullanarak giriş dizilerini ve homologları birlikte hizalayın.

3. Homologları çıkarın.

SEÇENEKLER

-a n
Toplanan dizilerin sayısı (varsayılan: 50).

-e n
Eşik değeri (varsayılan: 1e-10).

-o xxx
Mafft için seçenekler (varsayılan: " --op 1.53 --ep 0.123 --maxiterate 1000 --localpair
--yeniden sırala").

-l
NCBI BLAST yerine BLAST aramalarını yerel olarak gerçekleştirir (yerel olarak kurulum gerektirir)
BLAST ve bir veritabanı).

-f
Çıkışlar homologları da toplar (varsayılan: kapalı).

-w
tüm diziler BLAST aramasına tabi tutulur (varsayılan: yalnızca iyi hizalanmış bölge)

ŞARTLAR

MAFFT sürümü > 5.58.

Bir digeri

vaşak (uzak BLAST sunucusu kullanıldığında)

BLAST ve bir protein dizisi veritabanı (yerel BLAST kullanıldığında)

REFERANSLAR

Katoh, Kuma, Toh ve Miyata (Nucleic Acids Res. 33:511-518, 2005) MAFFT sürüm 5:
çoklu dizi hizalama doğruluğunda iyileştirme.

onworks.net hizmetlerini kullanarak mafft-homologları çevrimiçi kullanın