NEXUSvalidator - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

NEXUSvalidator - NEXUS dosyasını doğrula

TANIM

NEXUSvalidator, bir dosyayı okur ve dosya doğruysa başarıyla çıkar (dönüş kodu 0)
geçerli.

The çoğu ortak kullanım is basitçe:
NEXUSdoğrulayıcı

SEÇENEKLER

-h komut satırında bu yardım mesajını gösterir

-q dosyaları okurken NCL durum mesajlarını bastır

-lbir dosyayı okur ve dosyanın her satırını NEXUS dosyasına giden bir yol olarak değerlendirir

-a çıktı AltNexus (ağaçlarda çeviri tablosu yok)

-x ağaçlardaki dahili etiketleri takson etiketleri olarak DOĞRULAMAYIN

-X ağaçlardaki sayılara takson sayıları olarak DEĞERLENDİRMEYİN, onlara keyfi davranın

etiketler (NEXUS dosyalarıyla kullanılmamalıdır).

-sNEXUS katılık seviyesini kontrol eder.

varsayılan seviye eşdeğerdir -s2 ile programı çağırmak -s3 veya daha yüksek
sayı bazı uyarıları önemli hatalara dönüştürecektir. ile koşmak -s1 sebep olacak
ayrıştırıcı tehlikeli yapıları kabul etmek ve birlikte çalışmak -s0 neden olacaktır
ayrıştırıcı, dosyayı ayrıştırmayı bitirmek için her türlü girişimi yapar (çok ciddi
hatalar).

Not ne zaman -s0 katılık düzeyi kullanılır ve ayrıştırıcı işlemi tamamlayamaz,
genellikle, raporda bildirilen hatadan daha önceki bir hatanın sonucu olacaktır.
son Mesaj.

-fbeklenen girdi dosyası biçimini belirtir:

-fnexus
NEXUS (bu aynı zamanda varsayılandır)

-faafasta
Fasta'da amino asit verileri

-fdnafasta
Fasta'daki DNA verileri

-frnafasta
Fasta'daki RNA verileri

Takip edebilen format adlarının tam listesi -f bayrak:

rabıta
dnafasta
aafasta
rnafasta
dnafil
nafilip
aafilip
ayrık filiz
DNAfilipinterleaved
rnafilipinterleaved
aafilipinterleaved
ayrık filipinterleaved
dnarelaxedphilip
rnarelaxedphilip
aarelaxedphilip
Ayrıksıkfilp
dnarelaxedphilipinterleaved
rnaralaxedphylipinterleaved
aarelaxedphilipinterleaved
ayrıksıralıfiliz
DNAaln
normal
aaa
filipağacı
rahat phyliptree
sonraki
DNAfin
aafın
rnafin

NEXUSvalidator'ı onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi kullanın