Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut plastıdır.
Program:
ADI
plast - Paralel Yerel Sıra Hizalama Arama Aracı
TANIM
plastik 2.3.1
- İnşa tarihi: 2016-02-09 09:47:45 - İşletim Sistemi: Linux-4.3.0-1-amd64 - Derleyici: /usr/bin/cc
(5.3.1) - Ana CPU: 4 çekirdek mevcut
[*] zorunlu argümanı belirtir.
-p [*]:
Program Adı [plastp, tplastn, plastx, tplastx veya plastn]
-d [*]:
Konu veritabanı dosyası
-i [*]:
Veritabanı dosyasını sorgula
-o : PLAST raporu Çıktı Dosyası
-e : Beklenti değeri
-n : Kapatılmamış uzantıyı gerçekleştiren mahalle boyutu
-s : Aralıksız eşik, küçük bir aralıklı uzantıyı tetikler
-g : küçük boşluklu uzatma eşiği
-b : küçük boşluklu uzantı için bant genişliği
-a : Kullanılacak işlemci sayısı
-G : Boşluk açma maliyeti
-E : Bir boşluğu genişletme maliyeti
-xdrop-ungap :
Aralıksız hizalama için X bırakma değeri (bit olarak) (sıfır varsayılan davranışı başlatır 20
bit)
-X : Aralıklı hizalama için X bırakma değeri (bit olarak) (sıfır varsayılan davranışı başlatır)
-Z : Bit cinsinden son boşluklu hizalama için X bırakma değeri (0.0, varsayılan davranışı başlatır)
-indeks eşiği :
Komşular arasındaki benzerliği hesaplamak için indeks eşiği
-F : Sorgu sırasını filtrele
-M : Puan matrisi (BLOSUM62 veya BLOSUM50)
-iplik :
plastn için teller: 'artı', 'eksi' veya 'her ikisi' (varsayılan)
-r : bir nükleotid eşleşmesi için ödül (plastn)
-q : nükleotid uyuşmazlığı cezası (plastn)
-kuvvet-sorgu-sırası :
Çıktı dosyasında sorguları sıralamaya zorlayın.
-max-veritabanı-boyutu :
Bir veritabanı için izin verilen maksimum boyut (bayt cinsinden). Daha büyükse, veritabanı bölümlere ayrılır.
-maksimum-sorgu başına isabet :
Sorgu başına maksimum isabet. 0 değeri tüm isabetleri atar (varsayılan)
-max-hsp-hit başına :
Vuruş başına maksimum hizalama. 0 değeri tüm isabetleri atar (varsayılan)
-çıktı :
Çıktı formatı: 1 tablolu (varsayılan), 2 genişletilmiş borulu, 4 NCBI için
Patlama gibi.
-teller-listesi :
Nükleotidler kullanılarak algo kullanılırken kullanılacak zincirlerin listesi (ör. "1,2,6")
veritabanları.
-optim-kodon-durdurma :
son geçersiz karakter ile bir sonraki durak arasındaki izin verilen aralığın boyutu
kodon
-fabrika sevkıyatı :
Dağıtıcı oluşturan fabrika.
-fabrika istatistikleri :
İstatistik oluşturucu oluşturan fabrika.
-fabrika-endeksleme :
Dizin oluşturma oluşturucu oluşturan fabrika.
-fabrika-hit-ungap :
Unap oluşturan fabrika yineleyiciyi vurur.
-fabrika isabeti :
Küçük boşluk yaratan fabrika yineleyiciyi vurur.
-fabrika isabeti :
Tam boşluk yaratan fabrika yineleyiciyi vurur.
-fabrika isabetli kompozisyon :
Kompozisyon oluşturan fabrika yineleyiciye isabet ediyor.
-fabrika-boşluk-sonucu :
Boşluk hizalamaları oluşturan fabrika sonucu.
-fabrika-ungap-sonucu :
Unap hizalamaları oluşturan fabrika sonucu.
-bölücü :
Bir hizalama ayırıcı oluşturan fabrika. Dize: 'normal' veya 'bantlı' (varsayılan)
-optim-filtre-ungap :
Unap hizalamalarını filtreleyen optimizasyon.
-Çubuk grafiği :
Yürütme sırasında bir ilerleme çubuğu görüntüleyin.
-çubuk boyutu :
Bargrafın karakter sayısı.
-ilerleme-dosyası :
Geçerli yürütme yüzdesini bir dosyaya dökün.
-ayrıntılı :
Algoritma yürütme sırasında bilgileri görüntüleyin.
-tam istatistikler :
Algoritma istatistiklerini boşaltın.
-istatistikler :
Genel istatistikleri boşaltın.
-istatistik-fmt :
İstatistik formatı: 'ham' (varsayılan) veya 'xml'
-istatistikler-otomatik :
Otomatik istatistik dosyası oluşturma
-uyum-ilerleme :
Algoritma sırasında artan sayıda ungap/ungap hizalamalarını bir dosyaya boşaltın.
-kaynaklar-ilerleme :
Algoritma sırasında kaynaklarla ilgili bilgileri bir dosyaya dökün.
-plastrc :
Plast yapılandırma dosyasının yol adı.
-xml filtresi :
Bir XML filtre dosyasının Uri'si.
-tohum kullanım oranı :
Kullanılacak tohum oranı.
-tohum-indeks-filtre :
indeksleme filtresi için kullanılacak tohum uzunluğu.
-tamamlanmış-konu-veritabanı-istatistikleri-dosyası :
Tüm konu veritabanının istatistiklerine giden dosya yolu
-W : tohumların büyüklüğü
-h : Yardım
PLAST'tan alıntı: Nguyen VH, Lavnier D. (2009) PLAST: paralel yerel hizalama arama aracı
veritabanı karşılaştırması için BMC Biyoinformatik, cilt 10, sayı 329.
Onworks.net hizmetlerini kullanarak plast'ı çevrimiçi kullanın
