plastimatch - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

plastimatch - görüntüleri kaydedin, dönüştürün, çarpın veya değiştirin

SİNOPSİS

plasti maç komuta [seçenekler]

TANIM

Yürütülebilir plastimatch yürütülebilir dosyası, 2B veya 3B görüntüler üzerinde çeşitli işlemler için kullanılır,
görüntü kaydı, çarpıtma, yeniden örnekleme ve dosya biçimi dönüştürme dahil. form
seçeneklerin sayısı verilen komuta bağlıdır. Olası komutların listesi görülebilir
herhangi bir ek komut satırı argümanı olmadan basitçe "plastimatch" yazarak:

$ plastimatch
plastimatch sürüm 1.6.0-beta (5023)
Kullanım: plastimatch komutu [seçenekler]
Komutlar:
ekle ortalama sınır mahsulünü ayarla
karşılaştır oluştur dönüştür zar farkı
dmap dvh dolgu filtresi gama
başlık jacobian mabs maske probu
yeniden örnekleme ölçeği segment istatistiklerini kaydet
synth synth-vf eşiği küçük resim birliği
warp xf-dönüştürme

Belirli bir komutun ayrıntılı kullanımı için şunu yazın:
plastimatch komutu

PLASTIMAÇ ADD

The eklemek komutu, bir veya daha fazla görüntüyü bir araya getirmek ve bir çıktı görüntüsü oluşturmak için kullanılır.
Giriş görüntülerinin katkıları bir ağırlık vektörü ile ağırlıklandırılabilir.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch ekle [seçenekler] input_file [input_file ...]
Seçenekler:
--average, ortalamanın ortalaması olan bir çıktı dosyası üretir.
girdi dosyaları (ağırlık belirtilmemişse) veya
ağırlıkları 1/n ile çarpın
--çıktı çıktı görüntüsü
--ağırlık bir ağırlık vektörü belirtin; resimler
eklemeden önce ağırlıkla çarpılır.
değerlerimiz

Örnekler
01.mha, 02.mha ve 03.mha dosyalarını bir araya getirmek ve sonucu dosyaya kaydetmek için
output.mha, aşağıdaki komutu çalıştırabilirsiniz:

plastimatch add --output çıktı.mha 01.mha 02.mha 03.mha

output.mha'nın 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha olmasını istiyorsanız,
Bunu yap:

plastimatch ekle \
--output çıktı.mha \
--ağırlık "2 0.5 0.1" \
01.mha 02.mha 03.mha

PLASTIMAÇ AYARLAMAK

The ayarlamak komutu, bir görüntü içindeki yoğunluk değerlerini ayarlamak için kullanılır. Ayarlama
mevcut işlemler kesme ve doğrusal ölçeklemedir.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch ayarı [seçenekler]
gerekli:
--giriş giriş dizini veya dosya adı
--çıktı çıktı görüntüsü
İsteğe bağlı:
--pw-doğrusal parçalı bir doğrusal oluşturan bir dize
giriş değerlerinden çıkış değerlerine eşleme,
"in1,out1,in2,out2,..." şeklindedir.

Ayar komutu, görüntünün parçalı doğrusal bir ayarını yapmak için kullanılabilir.
yoğunluklar. --pw-linear seçeneği, girdi yoğunluklarından eşleme oluşturmak için kullanılır.
çıkış yoğunluklarına Eğrideki girdi yoğunlukları soldan sağa doğru artmalıdır.
dizede doğru, ancak çıktı yoğunlukları isteğe bağlıdır.

İlk çiftin altındaki veya son çiftten sonraki giriş yoğunlukları şu şekilde dönüştürülür:
eğriyi +1 eğimle sonsuza kadar tahmin etmek. Farklı bir eğim olabilir
özel giriş değerleri belirtilerek pozitif veya negatif sonsuz olarak belirtilir.
-inf ve +inf. Bu durumda, çiftteki ikinci sayı eğrinin eğimidir, değil
çıkış yoğunluğu

Örnekler
Aşağıdaki komut, görüntüdeki tüm voksellere 100 ekleyecektir:

plastimatch ayarı \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--pw-doğrusal "0,100"

Aşağıdaki komut aynı şeyi yapar, ancak
ekstrapolasyon alanı:

plastimatch ayarı \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--pw-doğrusal "-inf,1,0,100,inf,1"

Aşağıdaki komut, girişleri [-1000,+1000] aralığında keser:

plastimatch ayarı \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"

PLASTIMAÇ ortalama

The ortalama komutu, birden çok girdi görüntüsünün (ağırlıklı) ortalamasını hesaplamak için kullanılır.
Plastimatch ile aynıdır. eklemek --average seçeneği belirtilen komut.
Bakın plasti maç eklemek komut satırı argümanlarının listesi için.

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, üç giriş görüntüsünün ortalamasını hesaplayacaktır:

plastimatch ortalaması \
--output çıktı dosyası.nrrd \
01.mha 02.mha 0.3.mha

PLASTIMAÇ OTOMATİK ETİKET

The otomatik etiketleme komutunu tanımlamak için makine öğrenimini kullanan deneysel bir programdır.
BT taramasında torasik vertibra.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch otomatik etiketleme [seçenekler]
Seçenekler:
-h, --help Bu yardım mesajını göster
--giriş Resim dosya adını girin (gerekli)
--ağ Eğitimli ağ dosya adını girin (gerekli)
--çıktı Çıktı csv dosya adı (gerekli)

PLASTIMAÇ SINIR

The sınır komutu, girdi olarak bir ikili etiket görüntüsünü alır ve
çıktı olarak görüntü sınırı. Sınır, etiket içindeki vokseller olarak tanımlanır
etiketin dışında komşu voksellere sahip olan.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch sınırı [seçenekler] input_file
gerekli:
--çıktı çıktı görüntüsü için dosya adı

PLASTIMAÇ KIRP

The ürün komutu, girdi dosyasının dikdörtgen bir bölümünü keser ve o bölümü kaydeder
bir çıktı dosyasına. Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch mahsul [seçenekler]
gerekli:
--input=resim_in
--output=resim_çıkışı
--voxels="x-min x-maks y-min y-maks z-min z-maks" (tamsayılar)

Vokseller sıfırdan başlayarak indekslenir. Başka bir deyişle, görüntünün boyutu M ise
imes P, x değerleri 0 ile M-1 arasında olmalıdır.

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, ilk voksel ile 10 imes 10 imes 10 boyutundaki bölgeyi seçer.
çıktı görüntüsünün giriş görüntüsünün (5,8,12) konumunda olması:

plastimatch kırpma \
--giriş.mha\
--çıktı çıktı.mha \
--vokseller "5 14 8 17 12 21"

PLASTIMAÇ KARŞILAŞTIRMAK

The karşılaştırmak komutu, bir dosyayı diğerinden çıkararak iki dosyayı karşılaştırır ve
fark görüntüsünün raporlama istatistikleri. İki giriş dosyası aynı olmalıdır
geometri (köken, boyutlar ve voksel aralığı). Komut satırı kullanımı şu şekilde verilir:
aşağıdaki gibidir:

Kullanım: plastimatch image_in_1 image_in_2 karşılaştırın

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, synth_2'yi synth_1'den çıkarır ve istatistikleri raporlar:

$ plastimatch synth_1.mha synth_2.mha karşılaştırın
MIN -558.201904 ORT 7.769664 MAKS 558.680847
MAE 85.100204 MSE 18945.892578
DIF 54872 SAYI 54872

Raporlanan istatistikler şu şekilde yorumlanır:

MIN Farkın minimum değeri resmi
AVE Ortalama fark değeri resmi
MAX Fark resminin maksimum değeri
MAE Fark görüntüsünün ortalama değeri
MSE Görüntüler arasındaki ortalama kare farkı
DIF Farklı yoğunluktaki piksel sayısı
NUM Fark görüntüsündeki toplam voksel sayısı

PLASTIMAÇ POSTA YAZ

The oluşturmak komutu iki dönüşüm oluşturmak için kullanılır. Komut satırı kullanımı şu şekilde verilir:
aşağıdaki gibidir:

Kullanım: plastimatch compose file_1 file_2 outfile

Not: önce file_1, ardından file_2 uygulanır.
outfile = dosya_2 veya dosya_1
x -> x + dosya_2(x + dosya_1(x))

Dönüşümler, öteleme, katı, afin, itk B-spline,
yerel B-spline veya vektör alanları. Çıktı dosyası her zaman bir vektör alanıdır.

Girdi dosyalarından en az birinin bir
yerel B-spline veya vektör alanı. Bu kısıtlama gereklidir, çünkü bu şekilde
çıktı vektör alanının çözünürlüğü ve voksel aralığı seçilir.

Örnek E-posta
Bir vektör alanı (vf.mha) ile katı bir dönüşüm (rijit.tfm) oluşturmak istediğimizi varsayalım,
çıktı dönüşümü, önce katı dönüşümü uygulamaya eşdeğer olacak şekilde ve
vektör alanı ikinci.

plastimatch rijid.tfm vf.mha compose_vf.mha

PLASTIMAÇ CONVERT

The dönüştürmek Komut, dosyaları bir biçimden başka bir biçime dönüştürmek için kullanılır. Parçası olarak
dönüştürme işleminin yanı sıra (doğrusal veya deforme olabilen) geometrik dönüşümler de uygulayabilir.
giriş görüntülerine. Aslında, dönüştürmek için sadece bir takma addır çarpıtmak Komut.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch convert [seçenekler]
Seçenekler:
--algoritma ya çarpıtma için kullanılacak algoritma
"itk" veya "yerli", varsayılan yereldir
--ctatts ct öznitelikleri dosyası (dij çarpıtma tarafından kullanılır)
--varsayılan değer bilinmeyen pikseller için ayarlanacak değer
değer, varsayılan 0'dır
--dicom-with-uids oluşturulan kullanıcı kimliklerini kaldırmak için false olarak ayarlayın
dicom dosya adları, varsayılan doğrudur
--dif dif dosyası (dij warper tarafından kullanılır)
--karanlık "x [yz]" voksellerinde çıktı görüntüsünün boyutu
--yön-kosinüsler
x, y ve z eksenlerinin yönü; belirtmek
ya önceden ayarlanmış değer,
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} veya 9
basamaklı matris dizesi "abcdefghi"
--doz ölçeği dozu bu değere göre ölçeklendir
--sabit sabit görüntü (çıktı boyutunu bununla eşleştirin
resim)
--giriş girdi dizini veya dosya adı; bir olabilir
görüntü, yapı seti dosyası (cxt veya
dicom-rt), doz dosyası (dicom-rt,
monte-carlo veya xio), dicom dizini veya
xio dizini
--input-cxt bir cxt dosyası girin
--giriş-doz-ast bir astroid doz hacmi girin
--giriş-doz-img bir doz hacmi girin
--input-dose-mc bir monte carlo hacmi girin
--giriş-doz-xio bir xio doz hacmi girin
--input-prefix bir yapı seti dizini girin
resimler (dosya başına bir resim)
--input-ss-img bir yapı seti görüntü dosyası girin
--input-ss-listesi bir yapı seti listesi dosyası girin
isimleri ve renkleri içeren
--interpolasyon yeniden örnekleme yaparken kullanılacak enterpolasyon,
en yakın komşular için "nn" veya
üç doğrusal için "doğrusal", varsayılan
doğrusal
--meta veri hasta meta verileri (bunu kullanabilirsiniz
seçenek birden çok kez), seçenek yazılı
"XXXX,YYYY=dize" olarak
--modalite modalite meta verileri: örneğin {CT, MR, PT},
varsayılan CT'dir
--Menşei ilk görüntü vokselinin mm "xy cinsinden konumu
z"
--çıktı-renk haritası kullanılabilecek bir renk haritası dosyası oluşturun
3d dilimleyici ile
--çıktı-cxt cxt-formatlı bir yapı seti dosyası çıktısı
--çıktı-dicom dicom içeren bir dizin oluşturun ve
dicom-rt dosyaları
--çıktı-dij bir dij matris dosyası oluşturun
--çıktı-doz-img doz görüntü hacmi oluştur
--çıktı-img çıktı görüntüsü; mha, mhd, nii olabilir,
nrrd veya ITK tarafından desteklenen diğer biçim
--output-labelmap her biri ile bir yapı seti görüntüsü oluşturun
tek bir yapı olarak etiketlenmiş voksel
--çıktı-nokta kümesi kullanılabilecek bir nokta kümesi dosyası oluşturun
3d dilimleyici ile
--çıktı öneki ayrı bir resim içeren bir dizin oluşturun
her yapı için
--output-prefix-fcsv
ayrı bir fcsv ile bir dizin oluşturun
her yapı için nokta kümesi dosyası
--çıktı-ss-img bir yapı seti görüntüsü oluşturun
örtüşen yapılara izin verir
--çıktı-ss-listesi bir yapı seti listesi dosyası oluşturun
isimleri ve renkleri içeren
--çıktı türü çıktı görüntüsünün türü, {uchar,
kısa, yüzer, ...}
--çıktı-vf xf girişinden bir vektör alanı oluşturun
--output-xio xio-format içeren bir dizin oluşturun
Dosyaları
--Hasta Kimliği hasta kimliği meta verileri: dize
--hasta adı hasta adı meta verileri: dize
--hasta-pos hasta pozisyonu meta verileri: bir
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--ön ek biçimi rasterleştirilmiş yapıların dosya formatı,
"mha" veya "nrrd"
--prune-empty boş yapıları çıktıdan sil
--referanslı-ct UID'leri ayarlamak için kullanılan dicom dizini ve
meta
--serisi-açıklama
seri açıklaması meta verileri: dize
--basitleştir-yüzde silmek köşelerin yüzdesi
çıkış çoklu çizgilerinden
--boşluk mm "x [yz]" cinsinden voksel aralığı
--version program sürümünü görüntüler
--xf Görüntüleri çarpıtmak için kullanılan girdi dönüşümü
--xor-contours örtüşen konturlar xor'd olmalıdır
or'd yerine

Örnekler
İlk örnek, bir DICOM biriminin NRRD'ye nasıl dönüştürüleceğini gösterir. DICOM görüntüleri
birimi oluşturan tek bir dizinde saklanmalıdır, bu örnek için
"dicom-in-dir" olarak adlandırılır. --output-type seçeneği belirtilmediği için çıktı
tipi, giriş DICOM biriminin tipiyle eşleştirilecektir. Çıktı dosyasının formatı
(NRRD) dosya adı uzantısından belirlenir.

plastimatch dönüştürme \
--input dicom-in-dir \
--output-img çıkış dosyası.nrrd

Bu örnek ayrıca görüntü yoğunluklarının türünü kayan hale dönüştürür.

plastimatch dönüştürme \
--input dicom-in-dir \
--output-img çıkış dosyası.nrrd \
--çıktı tipi şamandıra

Sonraki örnek, çıktı görüntüsünün farklı bir geometriye nasıl yeniden örnekleneceğini gösterir. bu
--origin seçeneği, görüntünün ilk vokselinin (merkezinin) konumunu ayarlar,
--dim seçeneği voksellerin sayısını belirler ve --spacing seçeneği aradaki mesafeyi ayarlar.
vokseller. Başlangıç ​​ve aralık birimlerinin milimetre olduğu varsayılır.

plastimatch dönüştürme \
--input dicom-in-dir \
--output-img çıkış dosyası.nrrd \
--kökeni "-200 -200 -165" \
--dim "250 250 110" \
--boşluk "2 2 2.5"

Genel olarak konuşursak, çıktı dosyasının geometrisini manuel olarak belirtmek sıkıcıdır. Eğer
çıktı dosyasının geometrisini mevcut bir dosyayla eşleştirmek istiyorsanız, bunu yapabilirsiniz
--fixed seçeneğini kullanarak.

plastimatch dönüştürme \
--input dicom-in-dir \
--output-img çıkış dosyası.nrrd \
--sabit referans.nrrd

Bu sonraki örnek, bir DICOM RT yapı seti dosyasının aşağıdakileri kullanarak bir görüntüye nasıl dönüştürüleceğini gösterir.
--output-ss-img seçeneği. DICOM RT'deki yapılar çoklu çizgiler olduğundan,
görüntüyü oluşturmak için rasterleştirilir. Çıktı görüntüsünün vokselleri 32 bit tam sayılardır, burada
voksel karşılık gelen
yapı ve voksel yapının dışındaysa sıfır değeri. yapı adları
--output-ss-list seçeneği kullanılarak ayrı bir dosyada saklanır.

plastimatch dönüştürme \
--giriş yapıları.dcm \
--output-ss-img çıkış dosyası.nrrd \
--output-ss-list çıkış dosyası.txt

Önceki örnekte, çıktı dosyasının geometrisi belirtilmemişti. Ne zaman
DICOM RT yapı setinin geometrisi belirtilmemiş, geometriyle eşleştiği varsayılmıştır.
konturlarla ilişkili DICOM CT görüntüsünün İlişkili DICOM CT görüntüsü
yapı seti dosyasıyla aynı dizinde, otomatik olarak bulunacaktır.
Aksi takdirde --dicom-dir seçeneği ile plastimatch'e nerede olduğunu söylememiz gerekir.

plastimatch dönüştürme \
--giriş yapıları.dcm \
--output-ss-img çıkış dosyası.nrrd \
--output-ss-list çıktı dosyası.txt \
--dicom-dir ../ct-dizini

PLASTIMAÇ DICE

plasti maç zarlar Dice katsayısı, Hausdorff kullanarak ikili etiket görüntülerini karşılaştırır
mesafe veya kontur ortalama mesafe. Giriş görüntüleri boolean olarak kabul edilir, burada
sıfır olmayan değerler, vokselin yapının içinde olduğu anlamına gelir ve sıfır değerler, yapının içinde olduğu anlamına gelir.
voksel yapının dışındadır.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch zar [seçenekler] referans görüntüsü test görüntüsü
Seçenekler:
--tüm Hesapla Zar, Hausdorff ve kontur ortalaması
mesafe (--dice --hausdorff'a eşdeğerdir)
--kontur-ortalama)
--contour-mean Kontur ortalama mesafesini hesapla
--dice Hesapla Zar katsayısı (varsayılan)
--hausdorff Hesaplama Hausdorff mesafesi ve ortalama Hausdorff
mesafe

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, mask1.mha ve mask2.mha için üç istatistiği de hesaplar:

plastimatch zar --tüm maske1.mha maske2.mha

PLASTIMAÇ FARKLI

plasti maç fark komutu bir görüntüyü diğerinden çıkarır ve çıktıyı bir
yeni görüntü. İki girdi dosyası aynı geometriye (orijin, boyutlar ve voksel) sahip olmalıdır.
aralık).

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch diff image_in_1 image_in_2 image_out

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut dosya1.nrrd eksi dosya2.nrrd'yi hesaplar ve sonucu şuraya kaydeder:
çıkış dosyası.nrrd:

plastimatch diff dosyası1.nrrd dosyası2.nrrd outfile.nrrd

PLASTIMAÇ DMAP

plasti maç dmap komutu, girdi olarak bir ikili etiket görüntüsünü alır ve bir mesafe oluşturur.
çıktı olarak harita görüntüsü. Çıktı görüntüsü aynı görüntü geometrisine sahiptir (orijin,
boyutlar, voksel aralığı) giriş görüntüsü olarak.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch dmap [seçenekler]
gerekli:
--giriş giriş dizini veya dosya adı
--çıktı çıktı görüntüsü
İsteğe bağlı:
--algoritma kullanılan algoritmayı belirten bir dize
mesafe haritası hesaplaması için
"maurer", "danielsson" veya "itk-danielsson"
(varsayılan "danielsson"dur)
--inside-pozitif vokseller yapının içinde olmalıdır
pozitif (varsayılan olarak negatiftirler)
--maksimum-mesafe
bundan daha büyük mesafelere sahip vokseller
sayı mesafe kısaltılmış olacak
bu numara
--squared-distance yerine kare uzaklığı döndürür
mesafe

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, ikili bir etiket haritası görüntüsünden bir mesafe haritası dosyası dmap.nrrd hesaplar
etiket.nrrd.:

plastimatch dmap --giriş etiketi.nrrd --çıkış dmap.nrrd

PLASTIMAÇ DRR

Bu komut yapım aşamasındadır.

PLASTIMAÇ DVH

The dvh komutu, belirli bir doz görüntüsü ve yapısından bir doz değeri histogramı (DVH) oluşturur
görüntüyü ayarlayın. Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch dvh [seçenekler]
--input-ss-img dosyası
--input-ss-list dosyası
--input-dose dosyası
--output-csv dosyası
--giriş birimleri {gy,cgy}
--Kümülatif
--num-bin'ler
--bin genişliği

Gerekli girdiler --input-dose, --input-ss-img, --input-ss-list ve --output-csv'dir.
Girilen dozun birimleri Gy veya cGy olmalıdır. DVH bin değerleri oluşturulacak
yapı seti dosyalarında bulunan tüm yapılar için. Çıktı olarak üretilecek
OpenOffice.org veya Microsoft Excel tarafından okunabilen ASCII csv-formatlı elektronik tablo dosyası.

Varsayılan, kümülatif DVH'den ziyade bir diferansiyel (standart) histogramdır.
en sık radyoterapide görülür. Kümülatif bir DVH oluşturmak için --kümülatif seçeneğini kullanın.

Varsayılan, her biri 256 Gy genişliğinde 1 kutu oluşturmaktır. Bu değerleri ayarlayabilirsiniz
--num-bins ve --bin-width seçeneğini kullanarak.

Örnek E-posta
Tek bir 2 Gy fraksiyonu için bir DVH oluşturmak için, her biri genişlik 250 olan 1 kutu seçebiliriz.
cGy. Giriş dozu cGy'de zaten belirtilmişse, aşağıdaki komutu kullanırsınız:

plastimatch dvh \
--input-ss-img yapıları.mha \
--input-ss-list Structure.txt \
--input-dose doz.mha \
--output-csv dvh.csv \
--giriş birimleri cgy \
--sayı kutuları 250 \
--bin genişliği 1

PLASTIMAÇ FILL

The doldurmak komutu, bir görüntü bölgesini sabit bir yoğunlukla doldurmak için kullanılır. Bölge
dolu, maske görüntüsünde sıfır olmayan yoğunluğa sahip vokseller içeren bir maske dosyası ile tanımlanır
dolduruluyor.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch dolgu [seçenekler]
Seçenekler:
--giriş girdi dizini veya dosya adı; görüntü olabilir
veya dicom dizini
--maske maske görüntüsü için dosya adı girin
--maske-değeri maske içindeki pikseller için ayarlanacak değer (için
"doldur" veya maskenin dışında ("maske" için)
--çıktı çıktı dosya adı (görüntü dosyası için) veya dizin
(dicom için)
--çıkış biçimi arg, dicom çıktısı için "dicom" olmalıdır
--çıktı türü çıktı görüntüsünün türü, biri {uchar, kısa,
batmadan yüzmek, ...}

Örnekler
Prostatın dışında sıfır olan ve sıfır olmayan bir prostat.nrrd dosyamız olduğunu varsayalım.
prostatın içi. Prostatı çıkarken 1000 yoğunlukta doldurabiliyoruz.
Aşağıdaki komutu kullanarak prostat olmayan bölgeleri orijinal yoğunlukları ile tarayın.

plastimatch dolgu \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--maske değeri 1000 \
--maske prostat.nrrd

PLASTIMAÇ FILTRE

The filtre komutu, bir giriş görüntüsüne bir filtre uygular ve onun gibi filtrelenmiş bir görüntü oluşturur.
çıktı. Filtre yerleşik veya özel olabilir.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch filtresi [seçenekler] input_image
Seçenekler:
--gabor-k-fib içindeki i dizininde gabor yönünü seçin
n uzunluğunda fibonacci spirali; olarak belirtilen
"in" burada i ve n tam sayılardır ve i
0 ile n-1 arasında
--gauss genişliği düzgün bir Gauss'un genişliği (mm olarak)
yumuşatma filtresi
--çekirdek çekirdek görüntü dosya adı
--çıktı çıktı görüntüsü dosya adı
--çıktı-çekirdeği çıktı çekirdeği dosya adı
--Desen filtre türü: {gabor, gauss, çekirdek},
varsayılan gauss

Desteklenen yerleşik filtreler "gabor" ve "gauss"tur. Bir Gauss için, genişliği
Gauss, --gauss-width seçeneği kullanılarak kontrol edilebilir. Gabor filtresi şu anda
üzerinde yarı eşit aralıklarla yerleştirilmiş filtre yönlerinin otomatik seçimi ile sınırlıdır.
birim küre. Özel filtreler, bir çekirdek dosyası sağlanarak belirtilir.
görüntüyle karıştı.

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, bir dizi içindeki ilk gabor filtresinden filtrelenmiş bir görüntü oluşturacaktır.
10 filtre bankası.:

plastimatch filtresi -- model gabor Testi/rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --çıktı g-05.mha

PLASTIMAÇ GAMMA

The gama komutu, sözde gama kriterini kullanarak iki görüntüyü karşılaştırır. gama
kriter, görüntülerin bir referans görüntü içindeki belirli bir konumda benzer olduğunu belirtir.
karşılaştırma görüntüsünde yakınlarda benzer yoğunluğa sahip bir voksel varsa. hem yerel
gama ve global gama bu komut kullanılarak gerçekleştirilebilir.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch gama [seçenekler] image_1 image_2
Seçenekler:
--analiz-eşik
Şamandıradaki doz için analiz eşiği (için
örneğin, %0.1'unu uygulamak için 10 girin.
referans dozu). Son eşik dozu
(Gy) bu çarpılarak hesaplanır
değeri ve belirli bir referans dozu (veya
verilmemişse maksimum doz). (varsayılan
0.1)
--compute-full-region Bu seçenekle, tam gama haritası
tüm görüntü bölgesi üzerinde oluşturulan
(düşük doz bölgesi için bile). Bu
için bu seçeneği kullanmamanız önerilir.
hesaplamayı hızlandırın. yok
gama geçiş oranı üzerindeki etkisi.
--doz toleransı Doz için ölçekleme katsayısı
fark. (örneğin, isterseniz 0.02 koyun
%2 doz farkı kriterini uygulayın)
(varsayılan 0.03'dir)
--dta-tolerans Anlaşmaya kadar olan mesafe (DTA) ölçeklendirmesi
mm cinsinden katsayı (varsayılan 3'tür)
--gama-maks Hesaplanacak maksimum gama değeri;
daha küçük değerler daha hızlı çalışır (varsayılan
2.0)
--içsel-yeniden örnekleme
[mm] cinsinden boşluk değeri. Referans
görüntünün kendisi bununla yeniden örneklenecek
değer (Not: karşılaştırma görüntüsünü yeniden örnekleme
ref-image zaten doğaldır). eğer arg
0, bu seçenek devre dışı. (varsayılan
-1.0)
--interp-search Bu seçenekle akıllı enterpolasyon
yakın noktalarda arama kullanılacaktır.
referans noktası. Bu ortadan kaldıracak
ince yeniden örnekleme ihtiyaçları. Ancak,
hesaplanması daha uzun zaman alacaktır.
--local-gamma Bu seçenek ile doz farkı
yerel doza göre hesaplanır
fark. Aksi takdirde, belirli bir referans
adı verilen doz kullanılacaktır.
küresel-gama.
--çıktı Çıktı resmi
--output-failmap İkili gama değerlendirmesi için dosya yolu
sonuç.
--çıktı-metni Gama değerlendirmesi için metin dosyası yolu
sonuç.
--referans-doz için kullanılan reçete dozu (Gy)
doz toleransını hesaplayın; belirtilmemişse,
daha sonra referans hacimdeki maksimum doz
Kullanılmış
--resample-nn Bu seçenekle, En Yakın Komşu
doğrusal enterpolasyon yerine kullanılabilir
karşılaştırma görüntüsünü yeniden örneklemede
referans görüntü. için tavsiye edilmez
daha iyi sonuçlar.

Örnek E-posta
Varsayılan parametreler kullanılarak iki giriş görüntüsünden bir gama görüntüsü üretilir. Bu irade
gama olarak referans görüntünün maksimum yoğunluğunu kullanarak global bir gama olun
normalizasyon değeri.:

plastimatch gama --çıktı gamma.mha \
referans-image.mha karşılaştırma-image.mha

PLASTIMAÇ ÜSTBİLGİ

The başlık komut, birim hakkında basit özellikleri görüntülemek için kullanılır, örneğin
görüntü veri türü ve görüntü geometrisi.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch başlığı [seçenekler] input_file [input_file ...]
Seçenekler:
-h, --help bu yardım mesajını göster
--version program sürümünü görüntüler

Örnek E-posta
mha, nrrd veya dicom gibi desteklenen herhangi bir dosya türünün geometrisini görüntüleyebiliriz. Biz
komutu aşağıdaki gibi çalıştırabilir:

$ plastimatch başlık girişi.mha
Tür = kayan nokta
Uçaklar = 1
Köken = -180 -180 -167.75
Boyut = 512 512 120
Aralık = 0.7031 0.7031 2.5
Yön = 1 0 0 0 1 0 0 0 1

Başlık bilgisinden görüntünün 120 dilime sahip olduğunu ve her dilimin 512 x olduğunu görüyoruz.
512 piksel. Dilim aralığı 2.5 mm'dir ve düzlem içi piksel aralığı 0.7031 mm'dir.

PLASTIMAÇ JAKOBİ

The jakobi komutu, bir vektör alanının Jacobian determinantını hesaplar. Ya bir
Jacobian determinant görüntüsü veya özet istatistikleri hesaplanabilir.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch jacobian [seçenekler]
Seçenekler:
--giriş görüntünün girdi dizini veya dosya adı
--çıktı-img çıktı görüntüsü; mha, mhd, nii, nrrd olabilir,
veya ITK tarafından desteklenen diğer biçim
--çıktı istatistikleri çıktı istatistikleri dosyası; .txt biçimi

Örnek E-posta
Bir vektör alan dosyası vf.mha'dan bir Jacobian determinant görüntüsü oluşturmak için aşağıdakileri çalıştırın:

plastimatch jacobian \
--giriş vf.mha --çıkış-img vf_jac.mha

PLASTIMAÇ MABS

The mAbs komutu, çoklu atlas tabanlı bir segmentasyon (MABS) işlemi gerçekleştirir. Komuta
birkaç eğitim modundan birinde veya segmentasyon modunda çalışabilir.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch mab'leri [seçenekler] komut_dosyası
Seçenekler:
--atlas-seçimi sadece atlas seçimini çalıştırır
--convert ön işlem atlası
--çıktı yaparken çıktı (dicom olmayan) dizini
bir segmentasyon
--çıktı-dicom yaparken dicom dizini çıktı
bölünme
--pre-align ön işlem atlası
--segment belirtilen görüntüyü segmentlere ayırmak için mab'leri kullanın
veya dizin
--train en iyisini bulmak için tam eğitim gerçekleştirir
kayıt ve segmentasyon parametreleri
--train-atlas-selection run sadece atlas seçimini eğitin
--train-kayıt bulmak için sınırlı eğitim gerçekleştirir
sadece en iyi kayıt parametreleri

mabs komutunu çalıştırmadan önce bir yapılandırma dosyası oluşturmalısınız ve
eğitim verilerinizi uygun dizin biçiminde düzenleyin. Tam bir açıklama için
komut dosyası sözdizimi ve kullanım örnekleri için lütfen bkz. mabs_rehberi ve
segmentation_command_file_reference.

PLASTIMAÇ MASKE

The maske komutu, bir görüntü bölgesini sabit bir yoğunlukla doldurmak için kullanılır. Bölge
dolu, maske görüntüsünde sıfır yoğunluğa sahip voksellerin olduğu bir maske dosyası tarafından tanımlanır.
dolu. Böylece, bunun tersi doldurmak Komut.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch maskesi [seçenekler]
Seçenekler:
--giriş girdi dizini veya dosya adı; bir olabilir
resim veya dicom dizini
--maske maske görüntüsü için dosya adı girin
--maske-değeri maske içindeki pikseller için ayarlanacak değer (için
"doldur" veya maskenin dışında ("maske" için)
--çıktı çıktı dosya adı (görüntü dosyası için) veya
dizin (dicom için)
--çıkış biçimi arg, dicom çıktısı için "dicom" olmalıdır
--çıktı türü çıktı görüntüsünün türü, biri {uchar, kısa,
batmadan yüzmek, ...}

Örnekler
Hastanın dışında sıfır olan hasta.nrrd adında bir dosyamız olduğunu varsayalım ve
hastanın içinde sıfır olmayan. Hastanın dışındaki alanı doldurmak istiyorsak
-1000 değeri, aşağıdaki komutu kullanıyoruz.

plastimatch maskesi \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--olumsuz-maske \
--mask-değeri -1000 \
--maske hasta.nrrd

PLASTIMAÇ ML-DÖNÜŞTÜR

Yazılacak.

PLASTIMAÇ DERİNLEŞ

plasti maç sonda komut, görüntü yoğunluğunu veya vektör alanını incelemek için kullanılır
bir hacim içinde bir veya daha fazla konumda yer değiştirme. Prob konumları şunlar olabilir:
--location seçeneği kullanılarak veya görüntü indeksleri olarak dünya koordinatlarında (mm olarak) belirtilir
--index seçeneğini kullanarak. Konumlar veya endeksler, yalan söylüyorlarsa doğrusal olarak enterpolasyonludur.
vokseller arasında.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch probu [seçenekler] dosyası
Seçenekler:
-i, --index Voksel indekslerinin listesi, örneğin
"ijk;ijk;..."
-l, --konum Mekânsal konumların listesi, örneğin
"ijk;ijk;..."

Komut, istenen her araştırma için bir satır çıktı verecektir. Her çıktı satırı şunları içerir:
aşağıdaki alanlar.:

PROBE# Sıfırla başlayan prob numarası
INDEX Bir voksel indeksi olarak probun (kesirli) konumu
LOC Sondanın dünya koordinatlarındaki konumu
DEĞER Yoğunluk (hacimler için) veya yer değiştirme
(vektör alanları için)

Örnek E-posta
Koordinat (2,3,4) ve konumdaki bir görüntü yoğunluğunu görmek için indeks seçeneğini kullanırız.
iki farklı konumdaki görüntü yoğunluklarını görme seçeneği:

plastimatch probu \
--index "2 3 4" \
--konum "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
dosya.nrrd

Çıktı, üç araştırma sonucunu içerecektir. Her sonda, sonda indeksini, voksel'i gösterir
indeks, voksel konumu ve yoğunluğu.

0: 2.00, 3.00, 4.00; -22.37, -21.05, -19.74; -998.725891
1: 19.00, 19.00, 19.00; 0.00, 0.00, 0.00; 0.000197
2: 19.38, 19.38, 19.38; 0.50, 0.50, 0.50; 9.793450

PLASTIMAÇ KAYIT

plasti maç kayıt olmak komutu, doğrusal veya deforme olabilir kaydını gerçekleştirmek için kullanılır.
iki resim. Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch register komut_dosyası

Komut dosyası, tek bir genel bölüm ve bir tane içeren sıradan bir metin dosyasıdır.
veya daha fazla aşama bölümleri. Genel bölüm, yalnızca dizeyi içeren bir satırla başlar.
"[GLOBAL]" ve her aşama "[SAHNE]" dizesini içeren bir satırla başlar.

Global bölüm, girdi dosyalarını, çıktı dosyalarını ve global parametreleri ayarlamak için kullanılırken,
her aşama bölümü, işlemenin sıralı bir aşamasını tanımlar. tam için
komut dosyası sözdiziminin açıklaması için lütfen bkz.
record_command_file_reference.

Örnekler
B-spline kaydını kullanarak image_2.mha'yı image_1.mha ile eşleştirmek istiyorsanız,
şöyle bir komut dosyası oluşturun:

# komut_dosyası.txt
[KÜRESEL]
sabit=image_1.mha
hareketli=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_katsayıları.txt

[SAHNE]
xform=bspline
impl=plastimatch
iş parçacığı = openmp
max_its=30
düzenlileştirme_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

Ardından, kaydı şu şekilde çalıştırın:

plastimatch kaydı command_file.txt

Yukarıdaki örnek yalnızca tek bir kayıt aşaması gerçekleştirir. yapmak istersen
çok aşamalı kayıt, birden çok [SAHNE] bölümü kullanın. Bunun gibi:

# komut_dosyası.txt
[KÜRESEL]
sabit=image_1.mha
hareketli=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_katsayıları.txt

[SAHNE]
xform=bspline
impl=plastimatch
iş parçacığı = openmp
max_its=30
düzenlileştirme_lambda=0.005
grid_spac=100 100 100
res=4 4 2

[SAHNE]
max_its=30
grid_spac=80 80 80
res=2 2 1

[SAHNE]
max_its=30
grid_spac=60 60 60
res=1 1 1

Daha fazla örnek için lütfen bkz. image_registration_guidebook.

PLASTIMAÇ YENİDEN ÖRNEK

The yeniden örneklemek komutu bir görüntünün geometrisini değiştirmek için kullanılabilir.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch yeniden örnekleme [seçenekler]
Gerekli: --input=dosya
--çıktı=dosya
İsteğe bağlı: --subsample="xyz"
--fixed=dosya
--origin="xyz"
--spacing="xyz"
--size="xyz"
--output_type={uchar,short,ushort,float,vf}
--interpolasyon={nn, doğrusal}
--default_val=val

Örnek E-posta
Bir tamsayı vokselini tek bir voksele bölmek için --subsample seçeneğini kullanabiliriz.
Örneğin, 3x3x1 boyutunda bir voksel küpünü tek bir voksel içine bindirmek istiyorsak,
aşağıdakileri yapın.

plastimatch yeniden örnekleme \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--alt örnek "3 3 1"

PLASTIMAÇ ÖLÇEKLİ

The ölçek komutu, her vokseli bir sabitle çarparak bir görüntüyü veya vektör alanını ölçekler
değeri.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch ölçeği [seçenekler] input_file
Seçenekler:
--çıktı çıktı görüntüsü veya vektör alanı için dosya adı
--ağırlık giriş görüntüsünü veya vektör alanını bununla ölçeklendirin
değer (yüzer)

Örnek E-posta
Bu komut, görüntü yoğunluğuna (veya voksel uzunluğuna) iki kat daha büyük bir çıktı dosyası oluşturur.
giriş değerleri olarak:

plastimatch ölçeği --output output.mha --weight 2.0 input.mha

PLASTIMAÇ SEGMENT

The bölüm komutu, eşik tabanlı basit semgentasyon yapar. Komut satırı kullanımı
aşağıdaki gibi verilmiştir:

Kullanım: plastimatch segmenti [seçenekler]
Seçenekler:
-h, --help Bu yardım mesajını göster
--giriş Resim dosya adını girin (gerekli)
--Alt eşik Alt eşik (vokselleri dahil et
bu değerin üzerinde)
--çıktı-dicom Çıktı dicom dizini (RTSTRUCT için)
--çıktı-img Çıktı görüntüsü dosya adı
--üst eşik Üst eşik (vokselleri içerir)
bu değerin altında)

Örnek E-posta
Bir su tankının CT görüntüsüne sahip olduğumuzu ve bunlara sahip bir görüntü oluşturmak istediğimizi varsayalım.
suyun olduğu yerde, havanın olduğu yerde sıfırlar. O zaman şunu yapabiliriz:

plastimatch segmenti \
--input su.mha \
--output-img su etiketi.mha \
--düşük eşik -500

Bunun yerine bir DICOM-RT yapı seti oluşturmak istiyorsak, bir DICOM görüntüsü belirtmeliyiz.
girdi olarak. Bu, plastimatch'in DICOM-RT'yi doğru hastayla oluşturmasını sağlar.
isim, hasta kimliği ve UID'ler. Çıktı dosyası "ss.dcm" olarak adlandırılacaktır.

plastimatch segmenti \
--giriş suyu_dicom \
--output-dicom su_dicom \
--düşük eşik -500

PLASTIMAÇ İSTATİSTİKLER

Plastimatch stats komutu, görüntü hakkında birkaç temel istatistiği
ekran.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch istatistik dosyası [dosya ...]

Giriş dosyaları, 2B projeksiyon görüntüleri, 3B hacimler veya 3B vektör alanları olabilir.

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, synth_3.mha 1B birimi için istatistikleri görüntüler.

$ plastimatch istatistikleri synth_1.mha
MIN -999.915161 ORT -878.686035 MAX 0.000000 NUM 54872

Raporlanan istatistikler şu şekilde yorumlanır:

MIN Görüntüdeki minimum yoğunluk
AVE Görüntüdeki ortalama yoğunluk
MAX Görüntüdeki maksimum yoğunluk
NUM Görüntüdeki voksel sayısı

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, vf.mha 3B vektör alanı için istatistikleri görüntüler:

$ plastimatch istatistikleri vf.mha
Min: 0.000 -0.119 -0.119
Ortalama: 13.200 0.593 0.593
Maks: 21.250 1.488 1.488
Ortalama abs: 13.200 0.594 0.594
Enerji: MINDIL -6.79 MAXDIL 0.166 MAXSTRAIN 41.576 TOTSTRAIN 70849
Minimum genişleme: (29 19 19)
Jacobian: MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
En az abs jacobian: (28 36 36)
İkinci türevler: MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
INTSECDER 1.524e+06
Maksimum ikinci türev: (29 36 36)

"Min, Mean, Max ve Mean abs"e karşılık gelen satırların her biri üç sayıya sahiptir;
x, y ve z koordinatlarına karşılık gelir. Bu nedenle, bu istatistikleri şu şekilde hesaplarlar:
her vektör yönü ayrı ayrı.

Kalan istatistikler şu şekilde açıklanmaktadır:

MINDIL Minimum genişleme
MAXDIL Maksimum genişleme
MAXSTRAIN Maksimum gerilme
TOTSTRAIN Toplam gerilme
MINJAC Minimum Jacobian
MAXJAC Maksimum Jacobian
MINABSJAC Minimum mutlak Jacobian
MINSECDER Minimum ikinci türev
MAXSECDER Maksimum ikinci türev
TOTSECDER Toplam ikinci türev
INTSECDER İntegral ikinci türev

PLASTIMAÇ SENTEZ

The synth komutu sentetik bir görüntü oluşturur. Aşağıdaki resim türleri olabilir
uygun --pattern seçeneği belirtilerek oluşturulur. Bu desenlerin her biri ile birlikte gelir
test için kullanılabilecek sentetik bir yapı seti ve sentetik doz.

· çörek -- çörek şeklinde bir yapı

· gauss -- Gauss bulanıklığı

· ızgara -- bir 3B ızgara

· akciğer -- tümörlü sentetik bir akciğer

· dikdörtgen -- tek biçimli bir arka plan içinde tek biçimli bir dikdörtgen

· küre -- tek biçimli bir arka plan içinde tek biçimli bir küre

· xramp -- yoğunlukları x yönünde doğrusal olarak değişen bir görüntü

· yramp -- yoğunlukları y yönünde doğrusal olarak değişen bir görüntü

· zramp -- yoğunlukları z yönünde doğrusal olarak değiştiren bir görüntü

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch synth [seçenekler]
Seçenekler:
--arka fon arka plan bölgesinin yoğunluğu
--silindir merkezi silindir merkezinin mm "x [y cinsinden konumu
z]"
--silindir yarıçapı mm "x [yz]" cinsinden silindir boyutu
--dicom-with-uids oluşturulan kullanıcı kimliklerini kaldırmak için false olarak ayarlayın
dicom dosya adları, varsayılan doğrudur
--karanlık "x [yz]" voksellerinde çıktı görüntüsünün boyutu
--yön-kosinüsler
x, y ve z eksenlerinin yönü; belirtmek
ya önceden ayarlanmış değer,
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} veya 9
basamaklı matris dizesi "abcdefghi"
--donut-merkezi çörek merkezinin mm "x [yz]" cinsinden konumu
--donut-yarıçapı çörek boyutu mm "x [yz]"
--donut-halkaları halka halka sayısı (2 halka için
geleneksel çörek)
--doz-merkezi doz merkezinin mm "xyz" cinsinden konumu
--doz-boyutu mm "x [y cinsinden doz açıklığının boyutları
z]" veya dikdörtgen köşelerin konumları
mm olarak "x1 x2 y1 y2 z1 z2"
--sabit sabit görüntü (çıktı boyutunu bununla eşleştirin
resim)
--ön plan ön plan bölgesinin yoğunluğu
--gabor-k-fib içindeki i dizininde gabor yönünü seçin
n uzunluğunda fibonacci spirali; belirtildi
i ve n'nin tamsayı olduğu "in" olarak ve
0 ile n-1 arasındayım
--gauss-merkezi Gauss merkezinin mm "x [y cinsinden konumu
z]"
--gauss-std mm "x [yz]" cinsinden Gauss genişliği
--ızgara deseni "x [yz]" voksellerinde ızgara desen aralığı
--giriş giriş görüntüsü (üzerine sentetik desen ekleyin
mevcut görüntü)
--akciğer-tümörü-pos tümörün mm "z" veya "xyz" cinsinden konumu
--meta veri hasta meta verileri (bunu kullanabilirsiniz
seçeneği birden çok kez)
--gürültü-ortalama gauss gürültüsünün ortalama yoğunluğu
--gürültü standardı gauss gürültüsünün standart sapması
--Menşei ilk görüntü vokselinin mm "xy cinsinden konumu
z"
--çıktı çıktı dosya adı
--çıktı-dicom çıktı dicom dizini
--çıktı-doz-img çıktı dozu görüntüsü için dosya adı
--çıktı-ss-img çıktı yapısı set görüntüsü için dosya adı
--çıktı-ss-listesi içeren çıktı dosyası için dosya adı
yapı adları
--çıktı türü çıktı görüntüsü için veri türü: {uchar,
kısa, ushort, ulong, kayan nokta}, varsayılan
şamandıra
--Hasta Kimliği hasta kimliği meta verileri: dize
--hasta adı hasta adı meta verileri: dize
--hasta-pos hasta pozisyonu meta verileri: bir
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--Desen oluşturmak için sentetik desen: {silindir,
çörek, doz, gabor, gauss, ızgara, akciğer,
gürültü, rect, küre, xramp, yramp,
zramp}, varsayılan değer gauss'tur
--penumbra mm cinsinden doz yarı gölgesinin genişliği
--doğru-boyut mm "x [yz]" cinsinden dikdörtgenin genişliği veya
dikdörtgen köşelerin mm "x1 cinsinden yerleri
x2 y1 y2 z1 z2"
--boşluk mm "x [yz]" cinsinden voksel aralığı
--küre-merkezi küre merkezinin mm "xyz" cinsinden konumu
--küre-yarıçapı mm "x [yz]" cinsinden kürenin yarıçapı
--hacim boyutu çıktı görüntüsünün mm cinsinden boyutu "x [yz]"

Örnekler
Suyun merkezinde sıfır konumu olan 30 x 30 x 40 cm kübik bir su fantomu oluşturun
yüzey:

plastimatch sentezleyici \
--desen dik \
--output water_tank.mha \
--rect-size "-150 150 0 400 -150 150" \
--kökeni "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--aralık "1 1 1" \
--dim "500 500 300"

İki farklı tümör pozisyonuyla akciğer fantomları oluşturun ve dicom'a çıktı alın:

plastimatch sentezleyici \
--kalıp akciğeri \
--output-dicom akciğer_inhale \
--lung-tümör-konumu "0 0 10"
plastimatch sentezleyici \
--kalıp akciğeri \
--output-dicom akciğer_nefes \
--lung-tümör-konum "0 0 -10"

PLASTIMAÇ SYNTH-VF

The sentetik-vf komutu sentetik bir vektör alanı oluşturur. Aşağıdaki vektör türleri
uygun seçenek belirlenerek alanlar oluşturulabilir.

· gauss -- bir gauss eğrisi

· radyal -- radyal genişleme veya daralma

· çeviri -- tek tip bir çeviri

· sıfır -- her yerde sıfır olan bir vektör alanı

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch synth-vf [seçenekler]
Seçenekler:
--karanlık "x [yz]" voksellerinde çıktı görüntüsünün boyutu
--yön-kosinüsler
x, y ve z eksenlerinin yönü; belirtmek
ya önceden ayarlanmış değer, {kimlik,
döndürülmüş-{1,2,3}, makaslanmış} veya 9 basamaklı
matris dizesi "abcdefghi"
--sabit boyutunu ayarlamak için kullanılan bir giriş görüntüsü
çıktı
--gauss-merkezi gauss çarpıtma merkezinin konumu "x [y
z]"
--gauss-mag gauss çözgü için yer değiştirme büyüklüğü
mm "x [yz]"
--gauss-std mm "x [yz]" cinsinden gauss std genişliği
--Menşei ilk görüntü vokselinin mm "xy cinsinden konumu
z"
--çıktı çıktı dosya adı
--radyal merkez radyal çarpıtma merkezinin konumu "x [y
z]"
--radyal-mag radyal çözgü için yer değiştirme büyüklüğü
mm "x [yz]"
--boşluk mm "x [yz]" cinsinden voksel aralığı
--hacim boyutu çıktı görüntüsünün mm cinsinden boyutu "x [yz]"
--xf-gauss gauss eğrisi
--xf-radyal radyal genişleme (veya daralma)
--xf-trans mm "xyz" olarak tek tip çeviri
--xf-zero Boş dönüşüm

PLASTIMAÇ EŞİK

The eşik komutu, giriş yoğunluğu görüntüsünden ikili bir etiket haritası görüntüsü oluşturur.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch eşiği [seçenekler]
Seçenekler:
--üstünde çıktının yüksek değere sahip olduğu değer
--altında Altında çıktının yüksek değere sahip olduğu değer
--giriş giriş dizini veya dosya adı
--çıktı çıktı görüntüsü
--Aralık eşik aralıklarının bir listesini oluşturan bir dize
"r1-lo,r1-hi,r2-lo,r2-hi,..." şeklinde,
öyle ki herhangi bir yoğunluktaki vokseller
([r1-lo,r1-hi], [r2-lo,r2-hi],
...) çıkış değeri yüksek

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, giriş yoğunlukları belirlendiğinde 1 değerine sahip bir ikili etiket görüntüsü oluşturur.
100 ile 200 arasında ve aksi halde 0 değeri.:

plastimatch eşiği \
--input input_image.nrrd \
--output çıktı_labe.nrrd \
--aralık "100,200"

PLASTIMAÇ KÜÇÜK RESİM

The thumbnail komutu, eksenel bir dilimin iki boyutlu küçük resmini oluşturur.
giriş hacmi Çıktı görüntüsünün tamsayı dilimine tam olarak karşılık gelmesi gerekmez
numara. Çıktı görüntüsünün dilim içindeki konumu her zaman ortalanır.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch küçük resmi [seçenekler] girdi dosyası
Seçenekler:
--giriş dosyası
--çıktı dosyası
--küçük resim boyutu
--küçük resim aralığı boyutu
--slice-loc konumu

Örnek E-posta
Eksenel konum 10'da 10 x 0 piksel çözünürlüğe sahip iki boyutlu bir görüntü oluşturuyoruz ve
20 x 20 mm boyutunda:

plastimatch küçük resmi \
--input giriş.mha --output çıkış.mha \
--küçük resim-dim 10 \
--küçük resim aralığı 2 \
--dilim-loc 0

PLASTIMAÇ BİRLİĞİ

The sendikasının komutu, iki giriş görüntüsünün mantıksal birleşimi olan bir ikili birim oluşturur.
Her iki giriş görüntüsünde de voksel sıfır değilse, çıktı görüntüsündeki voksellerin değeri bir olur,
veya her iki giriş görüntüsünde voksel sıfır ise sıfır değeri.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch birliği [seçenekler] input_1 input_2
Seçenekler:
-h, --help bu yardım mesajını göster
--çıktı çıktı görüntüsü için dosya adı
--version program sürümünü görüntüler

Örnek E-posta
Aşağıdaki komut, iki giriş görüntüsünün birleşimi olan bir birim oluşturur:

plastimatch birliği \
--çıktı itv.mha \
faz_1.mha faz_2.mha

PLASTIMAÇ ÇÖZGÜ

The çarpıtmak komut için bir takma addır dönüştürmek. Bakınız plasti maç dönüştürmek için
komut satırı parametrelerinin listesi.

Örnekler
Plastimatch kaydı tarafından oluşturulan B-spline katsayılarını kullanarak bir görüntüyü çarpıtmak için
komutu (bspline.txt dosyasına kaydedilmiş), aşağıdakileri yapın:

plastimatch çarpıtma \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--xf bspline.txt

Önceki örnekte, çıktı dosyası geometrisi, geometri tarafından belirlendi.
bspline katsayısı dosyasındaki bilgiler. Farklı bir geometriye yeniden örnekleyebilirsiniz
--fixed veya --origin, --dim ve --spaceing kullanarak.

plastimatch çarpıtma \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--xf bspline.txt \
--sabit referans.nrrd

Tamsayı bitlerinin yapıya karşılık geldiği bir yapı seti görüntüsünü çarpıtırken
üyelik, doğrusal yerine en yakın komşu enterpolasyonunu kullanmanız gerekir
interpolasyon.

plastimatch çarpıtma \
--giriş yapıları-in.nrrd \
--çıktı yapıları-out.nrrd \
--xf bspline.txt \
--interpolasyon nn

Bazen, giriş görüntüsünün geometrisinin dışında bulunan vokseller çarpık olacaktır.
çıktı görüntüsünün geometrisi. Varsayılan olarak, bu alanlar "doldurulur".
yoğunluğu sıfır. kullanarak bu alanlar için farklı bir değer seçebilirsiniz.
--varsayılan-değer seçeneği.

plastimatch çarpıtma \
--input dosya.nrrd \
--output çıktı dosyası.nrrd \
--xf bspline.txt \
--varsayılan-değer -1000

Görüntülere ve yapılara ek olarak, 3D Slicer'dan dışa aktarılan yer işaretleri de
çarpık.

plastimatch çarpıtma \
--input sabit_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt

Bazen, bir vektör alanı tarafından açıkça tanımlanmış bir dönüşümün uygulanması istenebilir.
B-spline katsayılarını kullanmak yerine. Buna izin vermek için --xf seçeneği de kabul eder
vektör alan hacimleri. Örneğin, önceki örnek olur.

plastimatch çarpıtma \
--input sabit_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha

PLASTIMAÇ XF-DÖNÜŞTÜR

The xf-dönüştürme komut, dönüştürme türleri arasında dönüştürme yapar. Bir dönüşüm, bir
B-spline dönüşümü veya bir vektör alanı. İki farklı B-spline türü vardır
dönüştürme biçimleri: plastimatch yerel biçimi ve ITK biçimi. Ek olarak
dönüştürme türünü dönüştürmek, xf-dönüştürme komutu ayrıca ızgara aralığını da değiştirebilir.
B-spline dönüşümleri.

Komut satırı kullanımı şu şekilde verilmiştir:

Kullanım: plastimatch xf-convert [seçenekler]
Seçenekler:
--karanlık "x [yz]" voksellerinde çıktı görüntüsünün boyutu
--grid-aralığı mm "x [yz]" cinsinden B-spline ızgara aralığı
--giriş xform dosya adını girin (gerekli)
--nobulk itk_bspline için toplu dönüşümü atla
--Menşei İlk görüntü vokselinin mm "xyz" cinsinden konumu
--çıktı Çıktı xform dosya adı (gerekli)
--çıktı türü Oluşturulacak xform türü (gerekli), seçin
{bspline, itk_bspline, vf}'dan
--boşluk Voksel aralığı mm "x [yz]" cinsinden

Örnek E-posta
Bir B-spline dönüşümünü vektör alanına dönüştürmek istiyoruz. B-spline dönüşümü ise
yerel formatta, vektör alanı geometrisi,
başlığı dönüştür.:

plastimatch xf-dönüştürme \
--input bspline.txt \
--çıktı vf.mha \
--çıktı tipi vf

Benzer şekilde, bir vektör alanını bir dizi B-spline katsayılarına dönüştürmek istiyorsak,
her yönde 30 mm kontrol noktası aralığı.

plastimatch xf-dönüştürme \
--giriş vf.mha \
--çıktı bspline.txt \
--çıktı tipi bspline \
-- ızgara aralığı 30

onworks.net hizmetlerini kullanarak plastimatch'i çevrimiçi kullanın