Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan biri kullanılarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen proalign komutudur.
Program:
ADI
proalign - MFAFILE(ler)deki dizileri hizalayın ve sonucu standart çıktıya yazdırın
TANIM
PROBALIGN Sürüm 1.4 (Kasım 2010), çoklu protein dizilerini hizalar ve
standart çıktı. PROBCONS kodunu kullanarak Satish Chikkagoudar ve Usman Roshan tarafından yazıldı.
sürüm 1.1 (Chuong Do tarafından yazılmıştır) ve probA'ya dayanmaktadır (Ulrike Muckstein tarafından yazılmıştır).
PROBALIGN 1.4 KESİNLİKLE GARANTİSİ YOKTUR. Bu ücretsiz bir yazılımdır ve siz
belirli koşullar altında yeniden dağıtmaya hoş geldiniz. Ayrıntılar için README dosyasına bakın.
Kullanımı:
proalign [SEÇENEK]... [MFAFILE]...
Açıklama:
MFAFILE(ler)deki dizileri hizalayın ve sonucu standart çıktıya yazdırın
-küme
MFA yerine CLUSTALW çıktı biçimini kullanın
-v, --ayrıntılı
hizalama sırasında ilerlemeyi rapor et (varsayılan: kapalı)
-a, -- hizalama sırası
sıraları giriş sırası yerine hizalama sırasına göre yazdır (varsayılan: kapalı)
-T, -sıcaklık
Termodinamik sıcaklık parametresini ayarlar
(varsayılan: 5 (protein veri modu için), 1 (nükleotid veri modu için)).
-score_matrix, --score_matrix
Sonsal olasılıkları hesaplamak için kullanılan puanlama matrisinin türünü ayarlar
(varsayılan: gonnet_160, gonnet 160'ı temsil eder, ayrıntılar için BENİOKU'ya bakın)
-Git, --boşluk-açık
Bu seçenek, boşluk açık parametresini belirtmek için kullanılabilir. Gonnet için varsayılan
160 (protein) 22'dir ve nükleotid (basit matris) 4'tür.
-ge, --gap-uzantı
Bu seçenek, boşluk genişletme parametresini belirtmek için kullanılabilir. için varsayılan
Gonnet 160 (protein) 1'dir ve nükleotid (basit matris) 0.25'tir.
-nuc
Girilen dizilerin nükleotid dizileri olduğunu belirtmek için bu seçeneği belirtin
-koruma
Girilen dizilerin protein dizileri olduğunu belirtmek için bu seçeneği belirtin
[VARSAYILAN]
-showPP
Hizalama sütunlarının sonsal olasılıklarını adlı yeni bir dizi olarak çıktılar.
Arka Olasılıklar (Olasılık değerleri tamsayılar arasında olacak şekilde ölçeklenir
0-9 arasında).
onworks.net hizmetlerini kullanarak proalign'ı çevrimiçi kullanın
