Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut probcon'larıdır.
Program:
ADI
probcons - birden fazla protein dizisini hizalayın ve standart çıktıya yazdırın
SİNOPSİS
sondalar [SEÇENEK] [MF dosyası] [MF dosyası]
TANIM
sondalar protein dizilerinin çoklu hizalamalarını oluşturmak için bir araçtır. kullanma
olasılıklı modelleme ve tutarlılığa dayalı hizalama tekniklerinin kombinasyonu, PROBCONS
bugüne kadar tüm hizalama yöntemlerinin en yüksek doğruluğunu elde etmiştir. BAliBASE'de
kıyaslama hizalama veritabanı, PROBCONS tarafından üretilen hizalamalar istatistiksel olarak gösterilir
ortalama %7 daha doğru içeren mevcut programlara göre önemli bir gelişme
hizalanmış sütunlar, T-Coffee'ninkilerden %11 daha doğru hizalanmış sütunlar
CLUSTAL W ve DIALIGN'a göre %14 daha doğru hizalanmış sütunlar.
sondalar MFA formatında sağlanan dizileri hizalar. Bu format birden çok
diziler. MFA formatındaki her dizi, tek satırlık bir açıklama ile başlar ve ardından
dizi verilerinin satırları. Açıklama satırı, dizi verilerinden bir
ilk sütunda büyüktür (“>”) sembolü.
SEÇENEKLER
-küme
MFA yerine CLUSTALW çıktı biçimini kullanın
-c --tutarlılık REP
0 kullan <= REP <= 5 (varsayılan: 2) tutarlılık dönüşümü geçişi
-ir --yinelemeli-iyileştirme REP
0 kullan <= REP <=1000 (varsayılan: 100) yinelemeli iyileştirme geçişi
-ön --Ön eğitim REP
0 kullan <= REP <= 20 (varsayılan: 0) ön eğitim turu
-çiftler
tüm çiftleri ikili hizalamalar oluştur
-viterbi
tüm çiftleri oluşturmak için Viterbi algoritmasını kullanın (otomatik olarak etkinleştirir -çiftler)
-v --ayrıntılı
Hizalama sırasında ilerlemeyi bildir (varsayılan: kapalı)
-annot DOSYA ADI
çoklu hizalama için açıklama yaz DOSYA ADI
-t --tren DOSYA ADI
EM geçiş olasılıklarını hesaplayın, depolayın DOSYA ADI (varsayılan: eğitim yok)
-e --emisyonlar
ayrıca emisyon olasılıklarını yeniden tahmin edin (varsayılan: kapalı)
-p --param dosyası DOSYA ADI
parametreleri oku DOSYA ADI (varsayılan: )
-a -- hizalama sırası
sıraları giriş sırası yerine hizalama sırasına göre yazdır (varsayılan: kapalı)
onworks.net hizmetlerini kullanarak probcons'u çevrimiçi kullanın
