proda - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

proda - protein dizilerinin tekrarlar ve yeniden düzenlemelerle çoklu hizalanması

SİNOPSİS

Proda [seçenek] [mfa dosyası] [> çıktı]

TANIM

Bu kılavuz sayfası kısaca şunları belgelemektedir: Proda Komut.

Proda (Protein Domain Aligner), birden çok alan oluşturmak için kamuya açık bir yazılımdır.
tekrarlar ve yeniden düzenlemeler ile protein dizilerinin hizalanması, örneğin proteinler
birden fazla alan.

Girdi olarak bir dizi protein dizisi verildiğinde, ProDA önce yerel ikili hizalamaları bulur.
tüm dizi çiftleri arasında, daha sonra hizalanabilir dizi fragmanlarının bloklarını oluşturur ve
nihayet blokların çoklu hizalamasını oluşturur. ProDA kullanılan birçok tekniğe dayanır
in sondalar (<http://probcons.stanford.edu>), yüksek gösteren yeni bir çoklu hizalayıcı
bir dizi popüler kıyaslamada doğruluk.

GİRİŞ FORMAT

Proda, MFA formatındaki girdi dosyalarını kabul eder. MFA formatı aşağıda belirtilmiştir:

· MFA formatı birden çok diziden oluşur;

· MFA formatındaki her dizi, tek satırlık bir açıklama ile başlar, ardından
dizi verilerinin satırları;

· açıklama satırı, dizi verisinden büyüktür (">") ile ayırt edilir
ilk sütundaki sembol.

ÇIKTI FORMAT

Bir dizi giriş dizisi için, Proda genellikle sırayla birkaç blok çıkarır, her biri aşağıdakilerden oluşur:
hizalanabilir dizi parçaları. Her bloğu, çoklu hizalaması takip eder.

Bir blok, dizi parçaları listelenerek belirtilir. Her parça çıktı olarak
sıra_adı(başlangıç-bitiş), burada sıra_adı orijinal sıranın adıdır ve
başlangıç ​​ve bitiş, parçanın sırasıyla başladığı ve bittiği konumlardır.

Proda, aşağıda açıklanan ClustalW (ALN) formatında blok hizalamaları üretir:

· ClustalW formatı, tek bir başlık satırından ve ardından gelen dizi verilerinden oluşur.
50 hizalama pozisyonundan oluşan bloklar;

· her blok şunlardan oluşur:

· hizalamadaki dizilerin her biri için bir satır veri - özellikle,
dizinin adı;

· 50 karakter hizalama;

· tamamen korunmuş (*), güçlü korunmuş (:) veya
zayıf korunmuş sütunlar (.);

· açıklama satırı, dizi verisinden büyüktür (">") ile ayırt edilir
ilk sütundaki sembol.

HIZLI biçim için çıktı
-fasta seçeneği belirtilirse, normal çıktıya ek olarak ProDA bir
FASTA formatında blok hizalamalarını içeren dosya. Çıktı dosyası ile aynı ada sahip
ilk girdi dosyası ve uzantısı ".fasta". İki ardışık blok hizalaması
'#' karakterini içeren bir satırla ayrılır.

FASTA formatı aşağıda açıklanmıştır:

· FASTA formatı, girdi dosyalarında verilen tüm dizilerden oluşur;

· FASTA formatındaki her dizi, tek satırlık bir açıklama ile başlar, ardından
dizi verilerinin satırları;

· açıklama satırı, dizi verisinden büyüktür (">") ile ayırt edilir
ilk sütundaki sembol;

· hizalı kalıntılar büyük harf, hizalanmamış kalıntılar küçük harftir.

Son hizalama her diziyi yalnızca bir kez içerdiğinden, bu seçenek yalnızca kullanılmalıdır.
giriş dizileri tekrar içermiyorsa.

SEÇENEKLER

-L [dak_uzunluk]

Minimum hizalama uzunluğunu [min_length]'e eşit olarak ayarlayın.

ProDA, L eşiğine eşit veya daha büyük uzunluktaki hizalamaları bulur.
varsayılan, L = 30. Bu seçenek eşiği [min_uzunluk] olarak ayarlar.

-arka

Yerel ikili hizalamaları hesaplarken posterior kod çözmeyi kullanın.

ProDA, bir çift HMM kullanarak iki dizi arasındaki yerel ikili hizalamaları hesaplar
ve Viterbi kod çözme veya arka kod çözme. Varsayılan seçenek kullanıyor
Arka kod çözmeden daha hızlı olan ancak daha az doğru olabilen Viterbi kod çözme.
Bu seçeneğin açılması, hizalayıcıya bunun yerine posterior kod çözmeyi kullanma talimatı verir. İçinde
yukarıdaki örnekte, çıktı -posterior seçeneği açıkken oluşturulmuştur.

-sessiz

Hizalama sırasında ilerlemeyi rapor etmeyin.

Bu seçeneğin açılması, hizalayıcıya ilerlemeyi rapor etmemesi talimatını verir.
hizalama. Varsayılan olarak, ProDA tüm ikili hizalamalardaki ilerlemeyi bildirir, blok
nesil ve blok hizalama. Algoritmanın bazı aşamalarında, özellikle
ikili hizalama, uzun zaman alabilir, ilerlemeyi raporlamak programın görünmesini sağlar
koşarken canlı.

-trans

Hizalanabilir dizi parçalarının bloklarını oluştururken geçişliliği kullanın.

Yerel bir dizinin parçalarıysa, iki dizi parçası doğrudan hizalanabilir.
ikili hizalama Varsayılan olarak, yalnızca ve yalnızca iki parçanın hizalanabilir olduğu kabul edilir.
doğrudan hizalanabilirlerse. Bu seçeneğin açılması, hizalayıcıya şunları yapması talimatını verir:
doğrudan hizalanabilir olduklarında veya her ikisi birden olduğunda hizalanabilir iki parça düşünün
bunlar doğrudan üçüncü bir parçaya hizalanabilir.

-fasta

ClustalW formatına ek olarak FASTA çıktı formatını kullanın.

Bu seçenek açıldığında, hizalayıcı FASTA formatında çıktı üretir.
ve ilk girdi dosyası ve uzantısıyla aynı ada sahip bir dosyada depolar
".fasta", stdout'un normal çıktısına ek olarak. Bu seçenek kullanılmalıdır
yalnızca giriş dizileri tekrar içermiyorsa.

onworks.net hizmetlerini kullanarak proda'yı çevrimiçi kullanın