progresifMauve - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

progresifMauve - çoklu genom hizalamalarını verimli bir şekilde oluşturma

TANIM

progresifMauve kullanımı:

Her genom ayrı bir dosyada bulunduğunda: progresifMauve [seçenekler]
...

Tüm genomlar tek bir dosyadayken: progresifMauve [seçenekler]

SEÇENEKLER

--ada-boşluk-boyutu=Nükleotitlerde bu boyutun üzerindeki hizalama boşlukları,
adalar olmak [20]

--profil=(Henüz uygulanmadı) XMFA formatında mevcut bir dizi hizalamasını okuyun
ve diğer dizilere veya hizalamalara hizalayın

--apply-backbone=Mevcut bir dizi hizalamasını XMFA formatında okuyun ve uygulayın
omurga istatistikleri buna

--disable-omurga Omurga algılamayı devre dışı bırak

--anneler Yalnızca MUM'ları bulun, yerel olarak doğrusal blokları (LCB'ler) belirlemeye çalışmayın

--tohum ağırlığı=İlk çapaları hesaplamak için belirtilen tohum ağırlığını kullanın

--çıktı=Çıktı dosyası adı.
Varsayılan olarak ekrana yazdırır

--backbone-çıktı=Omurga çıktı dosyası adı (isteğe bağlı).

--match-input=Eşleşme aramak yerine belirtilen eşleşme dosyasını kullanın

--input-id-matris=Tüm girdi çiftleri arasındaki benzerliği açıklayan bir kimlik matrisi
diziler/hizalamalar

--max-boşluklu-hizalayıcı-uzunluğu=Hizalama girişiminde bulunulacak maksimum baz çifti sayısı
boşluklu hizalayıcı

--input-kılavuz-ağacı=tanımlayan NEWICK formatında bir filogenetik kılavuz ağaç.
dizilerin hizalanacağı sıra

--çıktı-kılavuz-ağacı=Bir dosyaya hizalamak için kullanılan kılavuz ağacı yazın

--versiyon Yazılım sürüm bilgilerini görüntüle

- hata ayıklama Hata ayıklama modunda çalıştırın (dahili tutarlılık kontrolleri yapın - çok yavaş)

--scratch-path-1=Geçici veri depolama için kullanılabilecek bir yol belirleyin.
İki veya daha fazla yol belirtilmelidir.

--scratch-path-2=Geçici veri depolama için kullanılabilecek bir yol belirleyin.
İki veya daha fazla yol belirtilmelidir.

--doğrusal Giriş dizilerinin eşdoğrusal olduğunu varsayın - yeniden düzenlemeleri yok

--puanlama şeması=Sabitleme puanı işlevini seçer.
Varsayılan, mevcut çiftler toplamıdır (sp).

-- ağırlıksız ölçekleme LCB ağırlıklarını koruma mesafesine ve kesme noktasına göre ölçeklendirmeyin
mesafe

--max-kesme noktası-mesafe-ölçek=Maksimum ağırlık ölçeğini şu şekilde ayarlayın:
kesme noktası mesafesi.
0.5 için varsayılanlar

--koruma-mesafe-ölçek=Koruma mesafelerini bu miktara göre ölçeklendirin.
0.5 için varsayılanlar

--kas-args=KAS için ek komut satırı seçenekleri.
Herhangi bir alıntı ters eğik çizgi ile kaçmalıdır

--atlama-iyileştirme Yinelemeli iyileştirme gerçekleştirme

--atla-boşluklu-hizalama Boşluklu hizalama yapmayın

--bp-dist-tahmin-min-skoru=İkili kesme noktasını tahmin etmek için minimum LCB puanı
mesafe

--mem-temiz Bellek ayırmalarında hata ayıklarken bunu true olarak ayarlayın

--boşluk-açık=Boşluk açma cezası

--tekrar-ceza=Tekrar puanlarının negatif mi yoksa sıfır mı olacağını ayarlar
çok tekrar eden diziler için
Varsayılan negatiftir.

--boşluk-genişlet=Gap uzatma cezası

--ikame matrisi=NCBI formatında nükleotid ikame matrisi

--ağırlık=Minimum ikili LCB puanı

--min ölçekli-penaltı=Cezayı ölçeklendirdikten sonra minimum kesme noktası cezası
beklenen sapma

--hmm-p-go-homolog=İlişkisiz olandan diğerine geçiş olasılığı
homolog durum [0.00001]

--hmm-p-go-ilgisiz=Homologdan homologa geçiş olasılığı
ilgisiz durum [0.000000001]

--hmm-kimlik=Dizi çiftleri arasında beklenen dizi özdeşliği seviyesi,
0 ile 1 arasında değişen [0.7]

--tohum-ailesi Hassasiyeti artırmak için aralıklı tohum ailesini kullanın

--katı tohumlar Katı tohum kullanın. Çapa maçlarında oyuncu değişikliğine izin vermeyin.

--kodlama tohumları Kodlama deseni tohumlarını kullanın. Bölgeleri kodlayan eşleşmeler oluşturmak için kullanışlıdır.
3. kodon pozisyonu dejenerasyonu.

--önbelleği devre dışı bırak Bir kilitlenme hatasını gidermek için özyinelemeli bağlantı arama önbelleğini devre dışı bırakın

--özyineleme yok Özyinelemeli bağlantı aramasını devre dışı bırak

ÖRNEKLER

progresifMauve --output=my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

Genomlar tek bir dosyadaysa ve yeniden düzenlenmiyorsa: progresifMauve --collinear
--output=my_seqs.xmfa my_genomes.fasta

onworks.net hizmetlerini kullanarak progresifMauve'u çevrimiçi kullanın