Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen RNAeffect komutudur.
Program:
ADI
RNAeffect - etkili sayıda ortolog miRNA hedeflerinin hesaplanması
SİNOPSİS
RNAetkili [-H] [-NS frekans_dosyası] [-F -den] [-k örnek boyut] [-l ortalama, std] [-M
max_target_length] [-N maksimum_sorgu_uzunluğu] [-u iloop_upper_limit] [-v bloop_upper_limit]
[-S] [-T Hedef dosya] [-Q sorgu_dosyası] [sorgu]
TANIM
RNAetkili ortolog miRNA hedeflerinin etkin sayısını belirlemek için bir araçtır.
Bu sayı, çoklu sistemlerde daha doğru eklem p değerlerinin hesaplanması için kullanılabilir.
tür analizleri. RNAetkin, rastgele miRNA'lar ile bir dizi hedef diziyi arar.
komut satırında verilebilir veya başka şekilde rasgele diziler oluşturur.
verilen numune boyutu, uzunluk dağılım parametreleri ve dinükleotit frekansları. NS
ortak p değerlerinin ampirik dağılımı, p değerlerinin kendileriyle karşılaştırılır ve
arasındaki sapmayı azaltan etkin bağımsız hedef sayısıdır.
iki dağıtım.
SEÇENEKLER
-h Komut satırı seçeneklerinin kısa bir özetini verin.
-d frekans_dosyası
Verilen dinükleotit frekanslarına göre rastgele diziler oluşturun.
frekans_dosyası. Örnek dosyalar için örnek dizine bakın.
-f -den
Tüm yapıları pozisyondan bir sarmal almaya zorlar itibaren yerleştirmek için ile
sorguya saygılar. İlk üssün konumu 1'dir.
-k örnek boyut
Oluşturmak örnek boyut rastgele diziler. Varsayılan değer 5000'dir.
-l ortalama, std
Ortalamanın normal uzunluk dağılımına sahip rastgele diziler oluşturun ortalama ve
standart sapma std. Varsayılan değerler sırasıyla 22 ve 0'dür.
-m max_target_length
Bir hedef dizinin izin verilen maksimum uzunluğu. Varsayılan değer 2000'dir. Bu
seçeneği yalnızca -t seçeneğiyle bir hedef dosya verilirse etkilidir (aşağıya bakın).
-n maksimum_sorgu_uzunluğu
Bir sorgu dizisinin izin verilen maksimum uzunluğu. Varsayılan değer 30'dur. Bu
seçeneği yalnızca -q seçeneğiyle bir sorgu dosyası verilmişse etkilidir (aşağıya bakın).
-u iloop_upper_limit
Bir dahili hattın her iki tarafında izin verilen maksimum eşleşmemiş nükleotit sayısı
döngü.
-v bloop_upper_limit
Bir çıkıntı döngüsünde izin verilen maksimum eşleşmemiş nükleotit sayısı.
-s Verilen dinükleotit dağılımına göre rastgele diziler oluşturun
sorgular ( -q seçeneğiyle veya komut satırında. -q verilmezse, son
RNAetkili argümanı bir sorgu olarak alınır). -q seçeneğine bakın.
-q sorgu_dosyası
-s seçeneği olmadan, sorgu dizilerinin her biri sorgu_dosyası tabidir
Hedeflerin her biri ile hibridizasyon (bunlar Hedef dosya; bkz. -t
aşağıda). içindeki diziler sorgu_dosyası FASTA formatında olmalıdır, yani. Tek çizgi
> ile başlayan ve doğrudan bir adla devam eden, ardından bir veya daha fazla satır izleyen
sıranın kendisi ile. Her bir dizi satırında en fazla
1000 karakter.
-s seçeneği ile sorgu (veya sorgu dosyası) dinükleotid dağılımı sayılır,
ve rastgele diziler bu dağılıma göre üretilir.
-q verilmezse, yukarıda açıklandığı gibi rastgele diziler oluşturulur (bakınız -d
seçenek).
-t Hedef dosya
Yukarıdaki -q seçeneğine bakın.
REFERANSLAR
Enerji parametreleri aşağıdakilerden alınır:
Mathews DH, Sabina J, Zuker M, Turner DH. Termodinamiğin genişletilmiş dizi bağımlılığı
parametreler, RNA ikincil yapısının tahminini iyileştirir" J Mol Biol., 288 (5), pp
911-940, 1999
VERSION
Bu kılavuz sayfası, RNAeffect'in 2.0 sürümünü belgeler.
YAZARLAR
Marc Rehmsmeier, Peter Steffen, Matthias Hoechsmann.
KISITLAMALAR
Karaktere bağlı enerji değerleri sadece [acgtuACGTU] için tanımlanmıştır. Diğer tüm karakterler
bu durumlarda sıfır değerlerine yol açar.
onworks.net hizmetlerini kullanarak RNA'yı çevrimiçi olarak etkili kullanın
