Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen samFilter komutudur.
Program:
ADI
samFilter - SAM dosyalarındaki nükleotid dizi hizalamalarını filtreler
SİNOPSİS
samFiltre dosya.sam referans.fasta dışarı.sam [seçenekleri]
SEÇENEKLER
dosya.sam
SAM dosyasını girin.
referans.fasta
Okuma oluşturmak için kullanılan referans.
dışarı.sam
Çıktı SAM dosyası.
-minAlnUzunluk değer
(50) Hizalamaları yalnızca uzunlukları değer.
-minAlignLength değer
takma adı -minAlnUzunluk
-minUzunluk değer
takma adı -minAlnUzunluk
-minPctBenzerlik değer
(70) Hizalamaları yalnızca benzerlik yüzdeleri şundan büyükse rapor edin: değer .
-minPctIdentity değer
takma adı -minPctBenzerlik
-minPctDoğruluk değer
(70) Hizalamaları yalnızca doğruluk yüzdeleri şu değerden büyükse rapor edin: değer.
-minDoğruluk değer
takma adı -minPctDoğruluk
-hitPolicy değer
(randombest) [all, allbest, rastgele,
rastgele en iyi, en soldaki]
herşey tüm hizalamaları rapor edin.
en iyi
tüm eşit derecede yüksek puanlı hizalamaları rapor edin.
rasgele rastgele bir hizalama rapor edin.
rastgele en iyi
birden fazla eşit derecede yüksek puanlı hizalamadan rastgele bir hizalama rapor edin.
en soldaki
en iyi hizalama puanına ve en küçük hizalama puanına sahip olan bir hizalamayı rapor edin
herhangi bir referansta eşleme koordinatı.
-scoreİşareti değer
(-1) Daha yüksek veya daha düşük puanların daha iyi olup olmadığı.
-1 daha düşük daha iyi
1 daha yüksek daha iyidir.
-scoreCutoff değer
(INF) Hizalamaları yalnızca puanları şundan daha kötü değilse rapor edin. değer.
-tohum değer
(1) Rastgele sayı üreteci için tohum. Tohum 0 ise, geçerli saati tohum olarak kullanın.
-holeSayılar değer
Virgülle ayrılmış bir dizi delik numarası, "1,2,10-12" gibi isabetlerin çıktısını alacak aralıktadır.
Bu, isabetli başlıkların SMRT okuma başlığı biçiminde olmasını gerektirir.
-smrtBaşlık
Programlar tarafından oluşturulan hizalamaları filtrelerken bu seçeneği kullanın.
küfür(1), örneğin bwa-sw veya gmap. SMRT okuma başlığından okuma koordinatlarını ayrıştırın. NS
başlık şu formatta /ad/delik/koordinatlar, koordinatların formatta olduğu yer
\d+_\d+ ve hizalanan okumanın aralığını temsil eder.
-başlık Tablosu değer
tarafından oluşturulan hizalamaları filtrelerken bu deneysel seçeneği kullanın. küfür(1) ile
-başlık Tablosu titleTableName, bu durumda SAM'deki referans başlıkları temsil edilir
başlık tablosundaki indekslerine göre (örneğin, 0, 1, 2, ...).
-FiltreAdapterOnly değer
Yalnızca GFF'de belirtilen bağdaştırıcılarla eşlenebilen okumaları kaldırmak için bu seçeneği kullanın.
dosyası.
-v Ayrıntılı olun.
NOTLAR
SAM, farklı programlarda farklı anlamlara sahip isteğe bağlı etiketlere sahip olduğundan, dikkatli olun
uygun çıktı elde etmek için kullanım gereklidir. bwa-sw'deki "xs" etiketi göstermek için kullanılır
optimal olmayan puan, ancak PacBio SAM'de (küfür(1)) sorguda başlangıç olarak tanımlanır
hizalama sırası. Ne zaman -smrtBaşlık belirtilirse, xs etiketi yok sayılır, ancak
belirtilmemişse, xs ve xe etiketlerinin verdiği koordinatlar,
hizalanmış bir okumanın aralığı. CIGAR dizisi bu aralığa göredir.
onworks.net hizmetlerini kullanarak samFilter'ı çevrimiçi kullanın
