scramble - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

kapış - SAM, BAM ve CRAM dosya biçimleri arasında dönüştürme yapar.

SİNOPSİS

kapış [seçenekleri] [giriş dosyası [çıktı dosyası]]

TANIM

kapış dahil olmak üzere çeşitli yeni nesil sıralama hizalama dosya formatları arasında dönüştürür
SAM, BAM ve CRAM. Stdin'i okuyan ve stdout'a yazan bir boru işlevi görebilir veya
adlı dosyalar

Bir boru olarak çalıştırıldığında, giriş türü varsayılan olarak SAM veya BAM'dir ve aşağıdakileri gerektirir: -I tıkmak
Girişin CRAM formatında olduğunu belirtme seçeneği uygundur. Çıktı varsayılan olarak BAM'dir, ancak
kullanılarak ayarlanabilir. -O biçim seçenek. Dosya adları verildiğinde dosya türü
dosya adı son ekine göre otomatik olarak seçilir.

SEÇENEKLER

-I biçim
Giriş biçimini seçer, burada biçim sam, bam veya cram biridir. Bunu ne zaman kullan
olup olmadığını tespit etmeye çalışırken giriş baytlarının tüketilmesini önlemek için bir boru aracılığıyla okuma
giriş SAM veya BAM biçimindedir.

-O biçim
Çıktı biçimini seçer, burada biçim sam, bam veya cram biridir.

-1 için -9
Sıkıştırma seviyesini 1'den (düşük sıkıştırma, hızlı) 9'a (yüksek sıkıştırma,
yavaş) BAM veya CRAM formatında yazarken. Bu sadece yazarken kullanılır.

-0 or -u
Sıkıştırılmamış veri yazar. BAM'de bu hala BGZF kapsayıcılarını kullanır, ancak
iç sıkıştırma CRAM'de blokları bunun yerine RAW formatında saklar. Seçenek
SAM çıkışı üzerinde hiçbir etkisi yoktur.

-j Yalnızca CRAM kodlaması. Potansiyel olarak kullanılan sıkıştırma kodları listesine bzip2'yi ekleyin
CRAM oluşturma sırasında.

-Z Yalnızca CRAM kodlaması. Potansiyel olarak kullanılan sıkıştırma kodları listesine lzma ekleyin
CRAM oluşturma sırasında. lzma'nın yavaş sıkıştırma hızı göz önüne alındığında, bu sadece
zlib veya bzip2'ye göre önemli bir avantaj sağladığı, ancak daha yüksek
sıkıştırma seviyeleri (-7) LZMA dekompresyon hızı olarak bu ağırlık göz ardı edilir
kabul edilebilir, ancak yine de zlib'den daha yavaş.

-m Yalnızca CRAM kod çözme. MD:Z: ve NM:I: yardımcı alanları oluşturun.
referans tabanlı sıkıştırma

-M Yalnızca CRAM kodlaması. Birden çok referanstan gelen dizileri zorla aynı dosyaya paketleyin
dilim. Normalde CRAM, bir referanstan diğerine geçerken yeni bir dilim başlatır.
ancak yine de otomatik olarak çoklu referans dilimlerine geçecektir.
dilim başına dizi sayısı çok az olur.

-R menzil
Şu anda yalnızca CRAM girişi içindir, ancak SAM/BAM desteği beklemededir. Bu, bir
referans dizisi adı ve isteğe bağlı olarak bunun içinde bir başlangıç ​​ve bitiş konumu
referans, sözdizimini kullanarak ref_adı or ref_adı:başlama-son. verimli çalışma için
CRAM dosyasının .crai biçiminde bir dizine ihtiyacı vardır ( cram_index programı).

-r referans
Yalnızca CRAM kodlaması. Referans fasta dosyasını belirtmek için bunu kullanın. Dikkat edin, eğer
giriş SAM veya BAM dosyası a Dosya: veya yerel dosya sistemi tabanlı URI'de belirtilen
@SQ başlıkları o zaman bu seçenek gerekli olmayabilir.

-s numara
Yalnızca CRAM kodlaması. Dilim başına dizi sayısını belirtir. Varsayılan
10000

-S numara
Yalnızca CRAM kodlaması. Kap başına dilim sayısını belirtir. Varsayılan olarak 1'dir.

-t Yalnızca BAM ve CRAM. Sıkıştırma veya açma iş parçacığı sayısını belirtir,
hem kodlama hem de kod çözme arasında uyarlanabilir bir şekilde paylaşılır. Varsayılan 1'dir (hayır
iplik geçirme).

-V sürüm_dizesi
Yalnızca CRAM kodlaması. CRAM dosya biçimi sürümünü ayarlar. Desteklenen değerler "2.0",
"2.1" ve "3.0".

-e Yalnızca CRAM kodlaması. Referans dizisinin parçacıklarını her dilime gömün. Bu
referans fasta dosyasını belirtmeye gerek kalmadan dosyaların kodunun çözülebileceği anlamına gelir.

-x Yalnızca CRAM kodlaması. Referans tabanlı sıkıştırmayı atlayın ve bunun yerine ayrıntılarını saklayın
her baz kelimesine.

-B Deneysel, yalnızca kodlama. Kalite değerlerini saklarken, 8 ayrı
tipik olarak modern Illumina cihazları tarafından kullanıldığı gibi değerler (artı 0). (Not:
kutular tam olarak aynı aralıklarda olmayabilir.)

-! Yalnızca CRAM v3.0 ve üzeri kod çözme. CRC'leri kontrol etmeyin. Bu seçenek yalnızca
bir veri bozulmasından kurtarmaya çalışırken kullanılır.

ÖRNEKLER

Referans MT.fa'yı kullanarak bir BAM dosyasını stdout'ta stdin'den CRAM'e dönüştürmek için.

bazı_komut | karıştır -I bam -O cram -r MT.fa | bazı_komut

Varsayılan CRAM çıktı formatı sürüm 3.0'dır, bu nedenle aşağıdaki durumlarda herhangi bir sürümün belirtilmesine gerek yoktur.
2.1'den 3.0'a dönüştürme. Ters kullanımı gerçekleştirmek için:

karıştırmak -V 2.1 in.cram out.cram

onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi karıştırmayı kullanın