Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut tırpanıdır.
Program:
ADI
tırpan - Bayes adaptör düzeltici
SİNOPSİS
tırpan -t sanger -a /path/to/adaptors.fasta [seçenekler]
Sıra dosyalarından 3'-uç adaptör kirleticilerini kesin. Çıktı dosyası belirtilmemişse,
tırpan stdout kullanacak.
SEÇENEKLER
-p, --önceki (varsayılan: 0.300)
-q, --quality-type kalite türü, illumina, solexa veya sanger (varsayılan: sanger)
-m, --matches-file dosyayla eşleşir (varsayılan: çıktı yok)
-o, --output-file çıktısı kesilmiş diziler dosyası (varsayılan: stdout)
-t, --tag başlığa Scythe'in bir diziyi kestiğini belirten bir etiket ekler (varsayılan: kapalı)
-n, --min-match dikkate alınması gereken en küçük kirletici (varsayılan: 5)
-M, --min-keep filtre dizileri bu uzunluktan küçük veya bu uzunluğa eşit (varsayılan: 35)
--quiet, kırpma ile ilgili istatistikleri stdout'a çıkarmaz (varsayılan: kapalı)
--help bu yardımı göster ve çık
--version çıktı sürüm bilgisi ve çıkış
Bunlar, tırpanın tanıdığı kalite kodlama şemalarıdır (bkz. ´-kalite´)
phred PHRED kalite puanları (örn. Roche 454'ten). ASCII yok
ofset, aralık: [4, 60].
sanger Sanger, 33 ofset ile PHRED ASCII nitelikleridir,
aralık: [0, 93]. NCBI SRA'dan veya Illumina boru hattı 1.8+.
solexa Solexa (ayrıca çok erken Illumina -- boru hattı < 1.3).
64 ASCII ofseti, aralık: [-5, 62]. Farklı kullanır
kaliteden olasılıklara dönüştürme, diğer şemalardan daha iyidir.
illumina Illumina, 1.3 ile 1.7 arasındaki ardışık düzen sürümlerinden çıktı.
64 ASCII ofseti, aralık: [0, 62]
onworks.net hizmetlerini kullanarak tırpanı çevrimiçi kullanın
