Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen SIBsim4 komutudur.
Program:
ADI
SIBsim4 - RNA dizilerini bir DNA dizisiyle hizalayarak intronlara izin verir
SİNOPSİS
SIBsim4 [ seçenekleri ] bayan rna_db
TANIM
SIBsim4 ifade edilen dizilerden oluşan bir koleksiyonu hizalamak için benzerlik temelli bir araçtır (EST,
mRNA) genomik bir DNA dizisine sahip.
Fırlatma SIBsim4 herhangi bir argüman olmadan seçenekler listesini, seçenekleriyle birlikte yazdıracaktır.
varsayılan değerler.
SIBsim4 İlk önce temel eşleştirme bloklarını belirlemek için patlamaya dayalı bir teknik kullanır
"ekson çekirdeklerini" temsil eder. Bu ilk aşamada, olası tüm tam eşleşmeleri algılar.
iki dizi arasında W-mers (yani, W boyutundaki DNA sözcükleri) içerir ve bunları aşağıdakilere kadar genişletir:
maksimum puanlama boşluksuz segmentler. İkinci aşamada, ekson çekirdekleri uzatılır.
açgözlü hizalama algoritmaları ve buluşsal yöntemler kullanan bitişik henüz eşsiz parçalar
ekleme yeri tanıma sinyallerine uygun konfigürasyonları tercih etmek için kullanılır
(örneğin, GT-AG). Gerekirse işlem daha az katı parametrelerle tekrarlanır.
eşsiz parçalar
Varsayılan olarak, SIBsim4 her iki diziyi de arar ve ölçülen en iyi eşleşmeleri rapor eder.
Hizalamada bulunan eşleşen nükleotidlerin sayısı. R komut satırı seçeneği olabilir
Aramayı yalnızca bir yönelimle (iplik) sınırlamak için kullanılır.
Şu anda dört ana hizalama ekranı seçeneği desteklenmektedir ve bunlar aşağıdakiler tarafından kontrol edilmektedir: A seçeneği.
Varsayılan olarak intronların yalnızca uç noktaları, genel benzerliği ve yönelimi belirlenir.
bildirdi. Bir ok işareti ('->' veya '<-') intronun yönünü gösterir. İşaret
'==', o pozisyonda başlayan bir cDNA fragmanının hizalanmasında yokluğu işaret eder.
Aşağıdaki açıklamada, terim MSP maksimum puanlama çiftini, yani bir çifti belirtir.
ile patlama benzeri prosedür sırasında elde edilen iki dizideki oldukça benzer fragmanlar
kibrit ve belki de birkaç uyumsuzluktan kaynaklanan bir W-mer vuruşunu uzatmak.
SEÇENEKLER
-A
çıkış biçimi
0: yalnızca ekson uç noktaları
1: hizalama metni
3: hem ekson uç noktaları hem de hizalama metni
Şekil 4: hem ekson uç noktaları hem de polyA bilgisi içeren hizalama metni
2'nin uygulanmadığını unutmayın.
Varsayılan değer 0'dir.
-C
İkinci geçiş için MSP puan eşiği.
Varsayılan değer 12'dir.
-C
minimum puan kesme değeri. Bu değerin altında puan alan hizalamalar değerlendirmeye alınmaz.
bildirilmiştir.
Varsayılan değer 50'dir.
-E
kesme değeri.
Varsayılan değer 3'dir.
-F
yüzde olarak puan filtresi. Aynı RNA elemanı için birden fazla isabet tespit edildiğinde,
yalnızca söz konusu RNA için maksimum puanın bu yüzdesi dahilinde bir puana sahip olanlar
unsur raporlanıyor. Bu değerin 0 olarak ayarlanması filtrelemeyi devre dışı bırakır ve tüm isabetler
puanlarının belirtilen kesme değerinin üzerinde olması koşuluyla rapor edilecektir. c
seçeneği.
Varsayılan değer 75'dir.
-G
Genomik ve RNA üzerindeki boşluk bu şekilde en fazla farklılık gösteren uzunluklara sahip olduğunda eksonlara katılın
yüzde.
Varsayılan değer 10'dir.
-H
en iyi puan bu yüzdeden düşük olduğunda kimerik transkriptleri rapor edin
genel RNA kapsamı ve kimera puanı bu yüzdeden daha yüksektir
RNA uzunluğu (0 bu raporu devre dışı bırakır)
Varsayılan değer 75'dir.
-BEN
intron birleştirmenin aranacağı pencere genişliği.
Varsayılan değer 6'dir.
-K
İlk geçiş için MSP puan eşiği.
Varsayılan değer 16'dir.
-L
ileri ekleme türlerinin virgülle ayrılmış listesi.
Varsayılan değer "GTAG,GCAG,GTAC,ATAC"dir.
-M
ekleme bölgelerinin puanlanması, M nükleotidler içindeki eşleşmenin değerlendirilmesi.
Varsayılan değer 10'dir.
-Ö
sonuçları yazdırırken, DNA dizisindeki nt konumlarını bu miktar kadar kaydırın.
Varsayılan değer 0'dir.
-Q
Nükleotid uyumsuzluğunun cezası.
Varsayılan değer -5'tir.
-R
arama yönü
0: yalnızca '+' (direkt) diziyi arayın
1: yalnızca '-' dizisini arayın
2: her iki diziyi de arayın
Varsayılan değer 2'dir.
-R
Bir nükleotid eşleşmesi için ödül.
Varsayılan değer 1'dir.
-S
ekleme sitesi arama genişliğini gösterir. Bir eklemenin en iyi konumunu belirlerken
sitesi, SIBsim4 en fazla bu sayıda ekleme ve silme işleminin eklenmesini değerlendirecek
ekleme kavşağının her iki tarafındaki DNA ipliğinde.
Varsayılan değer 2'dir.
-S
puanı yüzde olarak bölüştürün. MSP'yi bağlarken ardışık iki ekzon grubu varsa
aynı genin iki farklı kopyasının parçası gibi görünüyorlarsa,
her bir grubun puanının genel olarak en iyiye göre olup olmadığını görmek için test edilecektir.
puanı bu değerden büyüktür. Her iki grubun da göreceli puanı bunun üzerindeyse
eşik bölünecekler.
Varsayılan değer 75'dir.
-W
Kelime boyutu.
Varsayılan değer 12'dir.
-X
Kelime uzantılarını sonlandırmak için değer.
Varsayılan değer 12'dir.
Onworks.net hizmetlerini kullanarak SIBsim4'ü çevrimiçi kullanın
