Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut sigmadır.
Program:
ADI
sigma - Kodlamayan DNA dizilerinin basit açgözlü çoklu hizalaması
SİNOPSİS
sigma [seçenekler] [girdi dosyası.fasta] [girdi dosyası2.fasta Kendi ID’n ile mağazalarını oluştur]
Her fasta dosyası tek bir dizi veya birden çok dizi içerebilir; tüm diziler olacak
birlikte hizalanmış.
TANIM
Sigma ("Basit açgözlü çoklu hizalama"), yeni bir algoritmaya sahip bir hizalama programıdır
ve kodlamayan DNA dizisi için özel olarak tasarlanmış puanlama şeması. Bir strateji kullanır
mümkün olan en iyi boşluksuz yerel hizalamaları aramak, her adımda en iyisini yapmak
mevcut hizalamalarla tutarlı olası hizalama ve
hizalanmış parçaların uzunluklarına ve bir arka plan modeline dayalı hizalama
intergenik DNA'nın yardımcı bir dosyasından sağlanabilir veya tahmin edilebilir. Gerçek verilerle,
PhyloGibbs motifini çalıştıran "doğruluk", hizalama için doğrudan ölçülemez
önceden hizalanmış dizideki bulucu, Sigma'nın hizalamalarının üstün olduğunu gösterir.
SEÇENEKLER
-A --aligned_output
Hizalanmış, güzel basılmış çıktı (karşılaştırın -F seçeneği) (varsayılan: yalnızca bu). Ayrıca bakınız
-C.
-b --bgprob dosyası Dosya
Arka plan dizilerinin okunacağı yardımcı dosya (fasta formatında) (geçersiz kılınan
-B). Tipik olarak bu, büyük miktarlarda benzer kodlama yapmayan dosyalar içeren bir dosyadır.
tek ve çift nükleotitlerin arka plan olasılıklarının olabileceği dizi
tahmini.
-B --bgseq dosyası Dosya
Arka plan olasılıklarını içeren dosya. Biçim aşağıda daha ayrıntılı olarak açıklanmaktadır.
-C --caps_only
Bazılarının çıktılarıyla uyumluluk için, çıktı sırasında yalnızca büyük harfleri kullanın.
ClustalW ve MLagan gibi diğer programlar. Varsayılan olarak, çıktı karışıktır (olduğu gibi
Dialign) ve küçük harf tabanları hizalanmamış olarak kabul edilir.
-F --fasta_output
Çoklu fasta çıkışı (her ikisini de kullanabilir -A ve -F her iki sırada da). Ayrıca bakınız -C.
-n --ncorrel numara
Arka plan korelasyonu (varsayılan 2=dinükleotit; 1=tek site taban sayıları, 0=0.25 başına
baz).
-x, --önem numara
Eşleşmenin şans eseri olma olasılığına ilişkin bir sınır belirleyin (varsayılan 0.002, daha küçük=daha fazla)
sıkı).
-h, --yardım et
Bu seçenekler listesini görüntüler.
DAHA YARDIM ET
"önem" parametresi (-x) yerel hizalamaların kabul edilip edilmediğini veya
reddedilmiş. Şu anda varsayılan değer 0.002'dir. Sentetik veriler üzerinde deneyler
kağıt), 0.002'nin sigma'nın hizalanamadığı eşik ile ilgili olduğunu öne sürüyor
orta (maya benzeri) dinükleotit korelasyonu olan filogenetik olarak ilişkisiz veriler.
Hizalanan dizilere uygun bir “arka plan modeli” kullanmak, büyük ölçüde azaltır
sentetik veriler üzerinde sahte hizalamalar (ve umarız, gerçek veriler üzerinde de). en basit yol
aracılığıyla tedarik edilmesini sağlamak için -b parametre, büyük içeren bir FASTA biçimli dosya
benzer dizi verilerinin miktarları (örneğin, biri maya dizilerini hizalıyorsa, bir dosya sağlayın
tüm intergenik maya dizisini içeren).
Bunun yerine, tek bölge ve dinükleotid frekansları zaten biliniyorsa,
aracılığıyla bir dosyada sağlanabilir. -B seçenek. Dosya biçimi şöyle olmalıdır: başına bir giriş
mononükleotit veya dinükleotit (büyük/küçük harfe duyarlı olmayan) ve ardından
Sıklık. (örneğin, ardışık satırlarda "A 0.3", "AT 0.16" vb.)
Kaynak dağıtımının "Arkaplan" alt dizini (Debian sistemlerinde bu dosya
içinde bulundu /usr/share/doc/sigma-align/Arkaplan dizin). gibi bir dosya
MEME kaynak dağıtımının "testler" alt dizinindeki "yeast.nc.3.freq" düzgün çalışıyor
(trinükleotid sayıları dikkate alınmaz).
REFERANS
Lütfen Sigma'dan alıntı yapın: Rahul Siddharthan (2006) Zayıf korunmuş çoklu hizalama
kodlamayan DNA dizisi BMC Bioinformatics 2006, 7:143 doi:10.1186/1471-2105-7-143
16 Mart 2006'da yayınlandı, çevrimiçi olarak şu adreste bulunabilir: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/143/
YAZARLAR
Rahul Siddharthan <[e-posta korumalı]>
sigma yazdı. Gerçek araştırma için Sigma kullanıyorsanız, lütfen bunu yazara bildirin.
sizi hata düzeltmeleri veya yeni sürümler konusunda uyarabilir.
Charles Plessy <[e-posta korumalı]>
Debian dağıtımı için kılavuz sayfasını DocBook XML'de yazdı.
TELİF HAKKI
Telif hakkı © 2006-2007 Rahul Siddharthan
Telif hakkı © 2006-2007 Charles Plessy
Sigma ücretsiz bir yazılımdır. Şartlar uyarınca yeniden dağıtabilir ve/veya değiştirebilirsiniz.
Özgür Yazılım Vakfı tarafından yayınlanan GNU Genel Kamu Lisansı.
Debian sistemlerinde, GNU Genel Kamu Lisansının tam metni şurada bulunabilir:
/usr/share/ortak lisanslar/GPL.
onworks.net hizmetlerini kullanarak sigma'yı çevrimiçi kullanın
