Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut alt birimidir.
Program:
ADI
subjunc - RNA-seq analizlerinin tüm amaçları için uygun bir RNA-seq hizalayıcı
KULLANIM
ikincil [seçenekler] -i -r -o
Gerekli argümanlar:
-i
Dizinin temel adı.
-r
Giriş dosyasının adı. Gzip ile sıkıştırılmış fastq, fastq ve fasta dahil giriş biçimleri
otomatik olarak algılanır. Eşleştirilmiş uç ise, bu dosyanın adını vermelidir
ilk okumalar dahil.
İsteğe bağlı argümanlar:
-o
Çıktı dosyasının adı. Varsayılan olarak çıktı BAM biçimindedir.
-n
Seçili alt okuma sayısı, varsayılan olarak 14'tür.
-m
Bir isabeti raporlamak için fikir birliği eşiği (eşlenen minimum alt okuma sayısı
uzlaşma) . Eşleştirilmiş uçsa, bu, çapa okuması için fikir birliği eşiğini verir.
Varsayılan olarak 1
-M
Hizalamada izin verilen maksimum yanlış eşleşen taban sayısını belirtin. 3 tarafından
varsayılan. Yumuşak kırpılmış tabanlarda bulunan yanlış eşleşmeler sayılmaz.
-T
Kullanılan CPU iş parçacığı sayısı, varsayılan olarak 1'dir.
-I
Tespit edilebilecek maksimum indeks uzunluğu (bp cinsinden). varsayılan olarak 5 program
200bp uzunluğa kadar indelleri algılayabilir.
-B
Bildirilecek, eşit derecede en iyi haritalama konumlarının maksimum sayısı. 1 varsayılan olarak. Not
o -u seçenek önceliklidir -B.
-P <3:6>
Girdi dosyalarında kullanılan Phred puanlarının formatı, phred+3 için '33' ve phred+6 için '64'.
Varsayılan olarak '3'.
-u Yalnızca benzersiz eşlenmiş okumaları bildirin. Kırmak için yanlış eşleşen bazların sayısı kullanılır.
kravat.
-b Eşleme çıktısında renk alanı okuma tabanlarını taban alanı okuma tabanlarına dönüştürün. Not
bu okuma eşlemesi renk uzayında gerçekleştirilir.
--SA Girişi
Giriş okumaları SAM formatındadır.
--BAGiriş
Giriş okumaları BAM formatındadır.
--SAMçıktı
Eşleme sonucunu SAM formatında kaydedin.
--trim5
Kırpmak her okumanın 5' sonundan baz sayısı. 0 varsayılan olarak.
--trim3
Kırpmak her okumanın 3' sonundan baz sayısı. 0 varsayılan olarak.
--rg kimliği
Çıktıya okuma grubu kimliği ekleyin.
--rg
Ekle çıktıdaki okuma grubu (RG) başlığına.
--DPGapAçık Kısa indel tespitinde boşluk açma cezası. -1 by
Varsayılan.
--DPGapExt
Kısa indel tespitinde boşluk genişletme cezası. 0 varsayılan olarak.
--DPUyumsuzluk Kısa indel tespitinde uyumsuzluklar için ceza. 0 tarafından
Varsayılan.
--DPMatch
Kısa indel tespitinde eşleşen bazlar için puan. varsayılan olarak 2.
--allJunctions
Ekson-ekson bağlantılarını (hem standart hem de kural dışı bağlantı) tespit edin ve
RNA-seq verilerinde yapısal varyantlar. Raporlama için Kullanıcı Kılavuzuna bakın.
kavşaklar ve füzyonlar.
--complexIndels
Küçük bir genomik bölgede aynı anda meydana gelen birden fazla kısa indeli tespit edin
(bu indeller birbirinden 1bp kadar yakın olabilir).
-v Programın çıktı versiyonu.
Eşleştirilmiş uç okumalar için isteğe bağlı bağımsız değişkenler:
-R
İkinci okumaları içeren dosyanın adı.
-p
Çapa olmayan okuma için fikir birliği eşiği (çıpadan daha az oy alan)
aynı çiftten okuyun). 1 varsayılan olarak.
-d
Minimum parça/ekleme uzunluğu, varsayılan olarak 50bp.
-D
Maksimum parça/ekleme uzunluğu, varsayılan olarak 600bp.
-S
Birinci ve ikinci okumaların oryantasyonu, varsayılan olarak 'fr' (ileri/geri).
Argümanların ayrıntılı açıklaması için Kullanım Kılavuzuna bakın.
onworks.net hizmetlerini kullanarak subjunc'u çevrimiçi kullanın
