Bu, en son sürümü Alphafoldv2.3.2.zip olarak indirilebilen Alphafold adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
Alphafold adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
Alfakatlı
TANIM
Bu paket, AlphaFold v2.0'ın çıkarım hattının bir uygulamasını sağlar. Bu, CASP14'e girilen ve Nature'da yayınlanan tamamen yeni bir modeldir. Basit olması için, bu modele bu belgenin geri kalanında AlphaFold olarak atıfta bulunuyoruz. Bu kaynak kodunun veya model parametrelerinin kullanılmasından kaynaklanan bulguları açıklayan herhangi bir yayın AlphaFold belgesine atıfta bulunmalıdır. Lütfen yöntemin ayrıntılı bir açıklaması için Ek Bilgilere de bakın. Bu Colab not defteri veya topluluk tarafından desteklenen sürümleriyle AlphaFold'un biraz basitleştirilmiş bir sürümünü kullanabilirsiniz. Tam veritabanları için toplam indirme boyutu yaklaşık 415 GB'dir ve sıkıştırılmamış durumdaki toplam boyut 2.2 TB'dir. Lütfen yeterince büyük bir sabit disk alanınız, bant genişliğiniz ve indirme süreniz olduğundan emin olun. Daha iyi genetik arama performansı için bir SSD kullanmanızı öneririz.
Özellikler
- AlphaFold'un çalışması için birden fazla genetik (dizi) veritabanına ihtiyacı var
- AlphaFold kodu Apache 2.0 Lisansı altında lisanslanırken, AlphaFold parametreleri ticari olmayan kullanım için sağlanır.
- CASP5 sırasında kullanılan ve yapı tahmin kalitesi için kapsamlı bir şekilde doğrulanan 14 model
- pTM üretmek için ince ayarlanmış 5 pTM modeli
- AlphaFold'u çalıştırmanın en basit yolu, sağlanan Docker betiğini kullanmaktır.
- Alphafold, varsayılan olarak tüm görünür GPU cihazlarını kullanmayı dener.
Programlama dili
Python
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
