Bu, en son sürümü COGsoft.04.19.2012.tgz olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalışacak COGsoft adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için COGsoft adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
COGsoft, Linux'ta çevrimiçi çalışacak
Ad
TANIM
Ortolog Grup Kümeleri yapmak için yazılım (yeni EdgeSearch algoritmasını içerir). En son referans: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Bioinformatics 2010.Özellikler
- Farklı yöntemlerin güçlü/zayıf yönlerinin açıklaması: Kristensen DM, Wolf YI, Mushegian AR, Koonin EV. Gen Ortolojisi çıkarımı için hesaplama yöntemleri. Kısa Biyobilgi. 2011 Eylül;12(5):379-91. Epub 2011 Haziran 19 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21690100
- Algoritma referansı: Kristensen DM, Kannan L, Coleman MK, Wolf YI, Sorokin A, Koonin EV, Mushegian A. Genler arası simetrik en iyi eşleşmelerden ortolog grup kümelerini birleştirmek için düşük polinomlu bir algoritma. Biyoinformatik. 2010 Haziran 15;26(12):1481-7. Epub 2010 2 Mayıs. http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/btq229?ijkey=zD7TIWnncGvDGYE&keytype=ref
- Ortologların/COG'lerin iyi/kapsamlı incelemesi: Koonin EV. Ortologlar, paraloglar ve evrimsel genomik. Annu Rev Genet. 2005;39:309-38. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16285863
- Orijinal COG belgesi: Tatusov RL, Koonin EV, Lipman DJ. Protein ailelerine genomik bir bakış açısı. Bilim. 1997 Ekim 24;278(5338):631-7. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9381173
- COG veri tabanı: Tatusov RL, Galperin MY, Natale DA, Koonin EV. COG veritabanı: protein fonksiyonlarının ve evrimin genom ölçeğinde analizi için bir araç. Nükleik Asitler Araş. 2000 Ocak 1;28(1):33-6. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10592175
- Koonin laboratuvar web sayfası sitesi: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/groups/koonin/
- Resmi FTP sitesi: ftp.ncbi.nih.gov/pub/wolf/COGs/COGsoft/ (şu anda benioku sadece sourceforge sayfasını işaret ediyor)
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı
Programlama dili
C + +
Bu, https://sourceforge.net/projects/cogtriangles/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
