Bu, en son sürümü esm-1.0.tar.gz olarak indirilebilen Tam Alt Grafik Eşleştirme Algoritması adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile Tam Alt Grafik Eşleştirme Algoritması adlı bu uygulamayı ücretsiz olarak çevrimiçi indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
Tam Alt Grafik Eşleştirme Algoritması
AÇIKLAMA:
Alt graf eşleştirme sorunu (alt graf izomorfizmi) NP-tamamlanmıştır. Geri izleme yaklaşımı kullanarak bağımlılık grafikleri için basit bir tam alt grafik eşleştirme (ESM) algoritması tasarladık. Toplam en kötü durum algoritması karmaşıklığı, O(n^2 * k^n) şeklindedir; burada n, köşe sayısıdır ve k, tepe noktası derecesidir.
Algoritmamızın başarılı kullanımını üç biyomedikal ilişki ve olay ekstraksiyon uygulamasında gösterdik: BioNLP 2011 olay ekstraksiyonu, Protein-Rezidü birlikteliği tespiti ve Protein-Protein etkileşimi tespiti ile ilgili görevleri paylaştı.
Bu Java uygulaması, ESM algoritmamızı uygular. README dosyasına bakın: https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/files/
Akademik araştırmayı desteklemek için ESM uygulamamızı kullanıyorsanız, lütfen aşağıdaki makaleye atıfta bulunun:
Haibin Liu, Vlado Keselj ve Christian Blouin. Biyolojik Olayları Literatürden Çıkarmak için Alt Grafik Eşleştirme Yaklaşımını Keşfetmek. Hesaplamalı Zeka, 2013.
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Java
Bu, https://sourceforge.net/projects/esmalgorithm/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.