Bu, en son sürümü KMC_KaiC_Original.zip olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalışacak KMC-KaiC adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için KMC-KaiC adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
KMC-KaiC, Linux'ta çevrimiçi çalışacak
TANIM
Bu kod, çeviri sonrası Kai sirkadiyen saatinin bir modelini simüle eden özel bir Kinetic Monte Carlo (KMC) algoritmasıdır.Kod, Kai sistemini bireysel KaiC heksamerleri ve monomerleri düzeyinde simüle etmenize olanak tanır ve her ATP nükleotidinin dönüşümünü açıkça izler. ATP hidrolizi dışında, tüm reaksiyonlar ayrıntılı dengeye uyar.
Kodun uygulanması, açık erişim dergisi PLOS Hesaplamalı Biyoloji'de ücretsiz olarak bulunan "Çeviri sonrası Kai sirkadiyen saatinin Termodinamik olarak tutarlı bir modeli" başlıklı makalemizde açıklanmıştır:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
*GÜNCELLEME* Modelimizin ATP hidrolizi için ters reaksiyonlar da dahil olmak üzere tamamen tersinir bir versiyonunu yaptık. Bu, modeli termodinamik dengede çalıştırmayı mümkün kılar. Modelin bu versiyonu KMC_KaiC_Rev.zip altından indirilebilir.
Modelimizi kendi araştırmanız için kullanmak isterseniz, lütfen PLoS Hesaplamalı Biyoloji makalemizden alıntı yapın.
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı
Programlama dili
C + +
Bu, https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
