Bu, en son sürümü MCPerm_1.1.2.tar.gz olarak indirilebilen MCPerm: Monte Carlo SNP permütasyonu adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile MCPerm: Monte Carlo SNP permütasyonu adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
MCPerm: Monte Carlo SNP permütasyonu
Ad
TANIM
MCPerm: Vaka-kontrol ilişkilendirme çalışmasında çoklu test korelasyonu için bir Monte Carlo permütasyon yöntemi
Geleneksel permütasyon (TradPerm) testi, vaka kontrol ilişkilendirme çalışmasında çoklu test düzeltmeleri için altın standart olarak kabul edilebilecek önemli bir parametrik olmayan analiz yöntemidir. Bununla birlikte, çok sayıda rastgele karıştırma gerçekleştirmek için orijinal tek nükleotid polimorfizmi (SNP) genotipleri ve fenotip verilerine dayanır ve bu nedenle özellikle genom çapında ilişkilendirme çalışması (GWAS) için hesaplama açısından yoğundur. TradPerm p-değerinin boyutunu değiştirmeden hesaplama hızını artırmak için, TradPerm'e etkili bir alternatif olarak bir Monte Carlo permütasyon (MCPerm) yöntemi geliştirdik.
Yöntemler: MCPerm'in orijinal genotip ve fenotip verilerini karıştırması gerekmez. Monte Carlo yöntemini kullanır, vakalarda ve kontrollerde rastgele sayıda genotip (AA, Aa ve aa) oluşturmak için iki aşamalı hipergeometrik dağılım kullanır.
Programlama dili
B / R
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/mcperm/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
