Bu, en son sürümü MethylExtract.tgz olarak indirilebilen MethylExtract adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
MethylExtract adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
Metil Özü
AÇIKLAMA:
MethylExtract, i) yüksek kaliteli, tüm genom metilasyon haritaları oluşturmak ve ii) aynı numune hazırlama içindeki dizi varyasyonunu tespit etmek için kullanıcı dostu bir araçtır. Program tek bir komut dosyasına uygulanır ve tüm büyük hata kaynaklarını hesaba katar: sıralama hataları, bisülfit hatası, klonal okumalar ve tek nükleotid varyantları. MethylExtract, varyasyonu (SNV'ler - Tek Nükleotid Varyasyonu), bisülfit ile muamele edilmemiş okumalara dayalı olarak SNP ve genotip çağrısında yaygın olarak kullanılan çok hassas bir yöntem olan VarScan'a benzer şekilde tespit eder.
Özellikler
- NGS BS-Seq deneylerinden metilasyon ve SNV çağrısı
- Potansiyel PCR kopyalarını algılar ve kaldırır
- Varsayılan bisülfit arıza tespiti
- Sıralama hataları kontrolü
- İstatistiksel bisülfit başarısızlık değerlendirmesi
- Bisülfit SAM / BAM dosyalarının işlenmesi
- Çoklu kullanım ve bellek kontrolü
Programlama dili
Perl
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/methylextract/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.