Bu, son sürümü mslib-1.1.0.9.tgz olarak indirilebilen MSL adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
MSL adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
MSL
Ad
TANIM
MSL, makromoleküllerin hesaplamalı olarak incelenmesini sağlayan bir C++ kütüphanesidir.
MSL kütüphanesi bir program değil (her ne kadar bazı uygulamalar dağıtılmış olsa da), bilim adamlarının kendi moleküler modelleme yöntemlerini kodlamaları için bir araçtır.
Felsefe
Ana amaç, basit işlemlerden (örneğin, bir PDB yüklemek ve bir mesafeyi ölçmek veya bir dihedral düzenlemek) karmaşık uygulamalara (protein modelleme veya tasarım).
MSL, Wisconsin-Madison Üniversitesi'ndeki Senes Laboratuvarı'nda ve diğer araştırma laboratuvarlarından geliştiriciler/kullanıcılardan oluşan bir ekip tarafından geliştirilmiştir.
Referans:
Kulp DW, Subramaniam S, Donald JE, Hannigan BT, Mueller BK, Grigoryan G, Senes A.
Açık kaynaklı Moleküler Yazılım Kütüphanesi (MSL) ile yapısal bilişim, modelleme ve tasarım.
J Bilgisayar Kimyası 2012 cilt. 33 sayfa 1645-61
Makaleyi şuradan indirin: http://dx.doi.org/10.1002/jcc.22968
Özellikler
- Konformasyonel değişiklikler ve yan zincir konformasyonel özgürlüğünün rotamerik temsili için çoklu atom koordinatlarını saklama ve bunlar arasında geçiş yapma yeteneği.
- Birden fazla kalıntı kimliğini (yani LEU, ILE, ALA) bir konumda oluşturma ve saklama ve bunlar arasında geçiş yapma yeteneği.
- # CHARMM kuvvet alanı ve diğer enerji fonksiyonları.
- Ötelemeler, döndürmeler ve hizalamalar gibi dönüşümler.
- Monte Carlo, Çıkmaz Sokak Eliminasyonu ve Kendi Kendine Tutarlı Ortalama Alan Monte Carlo gibi arama algoritmaları, omurga örneklemesi
- Kristal kafes üretimi.
- Rotamer kitaplıkları desteği
- Omurga modifikasyonu ve üretimi
- Desteklenen platformlar: Linux, MacOS
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
C + +
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/mslib/ adresinden de alınabilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
