Bu, en son sürümü NGSEPwindows_4.3.2.zip olarak indirilebilen NGSEP adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
NGSEP adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
NGSEP
TANIM
NGSEP, kısa ve uzun DNA yüksek verimli dizileme okumalarının analizine yönelik entegre bir çerçevedir. Mevcut sürüm, genom derlemesi, okuma haritalaması, varyant tespiti ve genotipleme ve azaltılmış temsil protokollerinden oluşturulan verilerin de-novo analizi dahil olmak üzere sıralama verilerinin hem yeni hem de referans rehberli analizi için işlevler sağlar. NGSEP ayrıca fonksiyonel açıklama, filtreleme, format dönüştürme, karşılaştırma, kümeleme, atama, introgresyon analizi ve farklı istatistik türleri dahil olmak üzere genomik varyasyon veritabanlarının (VCF dosyaları) analizi için modüller sağlar. Sürüm 4'ten bu yana, genom hizalaması ve transpoze edilebilir öğelerin açıklaması da dahil olmak üzere genomların ve transkriptomların yönetimine yönelik işlevler sağlıyoruz. İşlevselliklerin tam listesi wiki'mizde mevcuttur (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
İNDİRMEDEN ÖNCE: Yeşil düğme, komut satırı kullanımı için kavanoza yönlendirir. GUI ve diğer seçenekler için wiki'ye bakın
Özellikler
- De-novo genom derlemesi
- Ham okumaların bir referans genoma hizalanması
- SNP'ler, CNV'ler ve Yapısal Varyantların tespiti
- VCF manipülasyonu: işlevsel açıklama, birleştirme, filtreleme, karşılaştırma, format dönüştürme, atama
- Demultiplexing'i okur
- Açıklamalı genom düzeneklerinin hizalanması
- GFF3 formatındaki transkriptom açıklamalarına ilişkin istatistikler ve filtreleme
Seyirci
Sağlık Sektörü, Bilim/Araştırma, Diğer Kitle, Tarım
Kullanıcı arabirimi
Java SWT, Konsol/Terminal, Eclipse
Programlama dili
Java
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/ngsep/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
