Bu, en son sürümü PhyTB.v1.tar.gz olarak indirilebilen PhyloTrack adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile PhyloTrack adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak ücretsiz indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN GÖRÜNTÜLERİ:
FiloTrack
AÇIKLAMA:
PhyloTrack, veri görselleştirme için D3.js kitaplığını genom tarayıcı gösterimi için JBrowse aracıyla entegre eden JavaScript tabanlı bir yazılım aracıdır. Girdi olarak ortak Newick veri formatının bir filogenetik ağacının yanı sıra numuneler için üç meta veri dosyası, bölüm tanımlayıcı düğümler ve bölüm renk tanımları gerektirir - tümü sekmeyle ayrılmış biçimde. PhyloTrack içindeki işlevsellik, filogenetik ağaçtaki her bir düğümdeki bilgilendirici işaretleri gösterir, bu nedenle klad tanımlayan polimorfizmi vurgular. Bu işlevsellik, sunucu tarafında tabix aracı kullanılarak uygulandı ve VCF benzeri dosyalarda saklanan bilgilendirici SNP'ler de dahil olmak üzere her bir ağaç düğümündeki bilgilere basit ve hızlı erişim sağladı. Bu bilgilendirici varyantlar, ata düğüm karşılaştırmaları ve popülasyon farklılaşmasının FST ölçümleri kullanılarak suş türleri arasındaki alel frekanslarının karşılaştırılmasıyla oluşturulmuştur.
Özellikler
- Örneklerin filogeni temsili
- genom tarayıcı
- Alellerin ve spoligotiplerin harita dağılımı
- Ağaçta numune analizi ve konumlandırma
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Python, Perl, PHP, JavaScript
Veritabanı Ortamı
Diğer dosya tabanlı DBMS
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/phylotrack/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.