Bu, en son sürümü primeScaff-v1.6.1_linux_x86_64.tar.gz olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalışacak primeScaff adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için primeScaff adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
primeScaff, Linux'ta çevrimiçi çalışacak
TANIM
primeScaff, genomik yapı iskelelerinin boşlukları etrafında belirli primer çiftlerini manuel olarak tasarlamanın bazen sıkıcı sürecini otomatikleştirmeyi ve bir genom dizileme projesinin genom bitirme aşamasını hızlandırmayı amaçlar. Primerlerin tekrar eden bölgelerde tasarlanmasını mümkün olduğunca önlemek için RECON kullanılarak de-novo tekrar bulmayı içerir ve primer3 kullanarak primer tasarım seçeneklerinde kolayca ince ayar yapma imkanı sunar. UGENE (önerilen) veya artemis gibi araçları kullanarak sonuçları kolayca yüklemek ve görselleştirmek için gff2 ve gff3'te tekrar, boşluk ve primer açıklamalarının çıktısını verir.Özellikler
- Yinelemeli RECON kullanarak yinelemeli de novo tekrar maskeleme
- Saniyeler içinde iskelelerde yüzlerce boşluk etrafında primerlerin otomatik tasarımı
- Herhangi bir montaj hattında kullanılabilir, sadece standart bir FASTA dosyasına ihtiyaç duyar
- Yakın referansı olmayan de novo montaj projeleri için çözüm
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Komut satırı
Programlama dili
Perl
Bu, https://sourceforge.net/projects/primescaff/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
