Bu, en son sürümü swift-0.11.2.tgz olarak indirilebilen Swift Sequence Alignment Program adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
Swift Sequence Alignment Program adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
Swift Sıra Hizalama Programı
TANIM
Swift, Smith-Waterman algoritmasını kullanarak boşluklu hizalama üreten bir DNA dizisi hizalama programıdır. Girdi olarak bir sorgu dosyası (FASTA formatı) ve bir referans dosyası (FASTA formatı) alır. Referans adını, okuma adını, boşluklu hizalamayı, hizalama puanını, hizalama başlangıç ve bitiş konumlarını ve hizalama uzunluğunu verir.
2012 GPU Teknoloji Konferansı'nda Swift üzerine bir konuşma yaptım. http://www.gputechconf.com/gtcnew/on-demand-GTC.php?sessionTopic=58&searchByKeyword=&submit=&select=+&sessionEvent=&sessionYear=&sessionFormat=#1303.
Swift'i kurmak ve çalıştırmak için lütfen Wiki sayfasına bakın: http://sourceforge.net/p/swiftseqaligner/wiki/Home/
Swift'i kurmak veya çalıştırmak için daha fazla yardıma ihtiyacınız varsa, lütfen adresinden Pankaj Gupta ile iletişime geçin. [e-posta korumalı].
Özellikler
- Smith-Waterman algoritmasını kullanarak boşluklu hizalama üretir
- Smith-Waterman algoritması GPU üzerinde çalışır (Grafik İşlem Birimi)
- Bir okuma dosyasını (FASTA formatı) ve bir referans dosyasını (FASTA formatı) girdi olarak kabul eder
- Referans adı, okuma adı, boşluklu hizalama, hizalama puanı, hizalama başlangıç ve bitiş konumları ve hizalama uzunluğunu çıktılar
- Illumina okumalarını destekler (sabit uzunluk)
- Gereksinimler: Linux işletim sistemi; 4 GB sistem belleği; CUDA özellikli grafik kartı; CUDA araç seti 4.2+; 6 GB genel bellek; 49 KB paylaşılan hafıza
Seyirci
Bilim araştırması
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/swiftseqaligner/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
