Bu, son sürümü Tax4Fun2_4.tar.gz olarak indirilebilen Tax2Fun1.1.3 adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
Tax4Fun2 adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
Tax4Fun2
Ad
TANIM
Tax4Fun2 sürekli geliştirme aşamasındadır ve eski Tax4Fun'un yerini alacaktır (http://tax4fun.gobics.de/).Yeni sürüm 275 arke ve 12102 bakteri genomu (RefSeq'de Tam veya Kromozom durumu) üzerine inşa edildi. MAG'leri veya çok eksik genomları dahil etmedim, ancak Tax4Fun2'nin önemli özelliklerinden biri, kullanıcı verilerini dahil etme yeteneğidir (Prokaryotlar ve Ökaryotlar desteklenir). Ayrıca (çoklu) fonksiyonel artıklık indekslerini hesaplamak için bir özellik ekledik. İşlevsel profillerin ve işlevsel artıklığın nasıl tahmin edileceğine dair bir örnek ekledim. Daha fazla detay için: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037 (Bunun bir ön baskı olduğunu ve henüz bir hakem değerlendirmesi olmadığını unutmayın).
Kullanmadan önce sisteminizde NCBI BLAST+ kurulu olması gerekir. Bazı işlevler için ape ve seqinr R paketlerinin kurulu olması gerekir.
Herhangi bir sorunuz veya sorunuz varsa, lütfen benimle iletişime geçin ([e-posta korumalı]).
Özellikler
- 16S rRNA verilerinden fonksiyonel tahmin
- fonksiyonel fazlalık
Bu, https://sourceforge.net/projects/tax4fun2/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
