Bu, son sürümü BBMap_39.03.tar.gz olarak indirilebilen BBMap adlı Windows uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
BBMap adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden herhangi bir OS OnWorks çevrimiçi öykünücüsünü başlatın, ancak daha iyi Windows çevrimiçi öykünücüsü.
- 5. Yeni başlattığınız OnWorks Windows işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin ve kurun.
- 7. Wine'ı Linux dağıtımları yazılım havuzlarınızdan indirin. Kurulduktan sonra, Wine ile çalıştırmak için uygulamaya çift tıklayabilirsiniz. Ayrıca, popüler Windows programlarını ve oyunlarını yüklemenize yardımcı olacak Wine üzerinden gösterişli bir arayüz olan PlayOnLinux'u da deneyebilirsiniz.
Wine, Windows yazılımını Linux üzerinde çalıştırmanın bir yoludur, ancak Windows gerektirmez. Wine, Windows programlarını doğrudan herhangi bir Linux masaüstünde çalıştırabilen açık kaynaklı bir Windows uyumluluk katmanıdır. Esasen Wine, Windows'a ihtiyaç duymadan tüm bu Windows uygulamalarını çalıştırabilmesi için yeterince Windows'u sıfırdan yeniden uygulamaya çalışıyor.
EKRAN
Ad
BBHarita
TANIM
Bu paket, kısa bir okuma hizalayıcı olan BBMap'in yanı sıra çeşitli diğer biyoinformatik araçları içerir. Saf Java ile yazılmıştır, herhangi bir platformda çalışabilir ve Java'nın yüklenmesi dışında hiçbir bağımlılığı yoktur (Java 6 ve üstü için derlenmiştir). Tüm araçlar verimli ve çok iş parçacıklıdır.
BBMap: DNA ve RNA-seq verileri için kısa okuma hizalayıcı. Milyonlarca iskele ile keyfi olarak büyük genomları işleyebilir. Illumina, PacBio, 454 ve diğer okumaları yönetir; çok yüksek hassasiyet ve hata toleransı ve çok sayıda büyük indel. Çok hızlı.
BBNorm: Kmer tabanlı hata düzeltme ve normalleştirme aracı.
Tekilleştirme: Bir hedef yüzde kimliğini paylaşan yinelenen veya içerilen alt dizileri kaldırarak derlemeleri basitleştirir.
Yeniden biçimlendirme: Yeniden biçimlendirmeler fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, araya eklenmiş/eşleştirilmiş ve ASCII-33/64 arasında 500 MB/sn'nin üzerinde okur.
BBDuk: Filtreler, kırpmalar veya maskeler, kmer eşleşmeleri ile bir yapıt/kirletici dosyayla okur.
...ve dahası!
Özellikler
- Pure Java, herhangi bir platformda çalışır; zaten derlenmiş, sadece açın ve çalıştırın.
- Hızlı, verimli ve çok iş parçacıklı.
- Parametresiz bir kabuk komut dosyası çalıştırırken görüntülenen kullanım bilgileri.
- Herhangi bir kısa okuma hizalayıcının en yüksek hassasiyeti.
- Kurulumu kolay - sadece sıkıştırın/açın.
- Kullanımı kolay. Örnek: bbmap.sh ref=ecoli.fa in=reads.fq out=mapped.sam
- Tüm yaygın biçimleri yönetir: fasta, fastq, sam, scarf, fasta+qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Ortak Genom Enstitüsü tarafından kullanılır.
- BB, Bestus Bioinformaticus'un kısaltmasıdır.
- Burada kullanışlı bir SSS var: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Seyirci
Bilim araştırması
Kullanıcı arabirimi
Konsol/Terminal
Programlama dili
Java
Kategoriler
Bu, https://sourceforge.net/projects/bbmap/ adresinden de getirilebilecek bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
