англійськафранцузькаіспанська

Значок OnWorks

abacas - онлайн в хмарі

Запустіть абаки в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS

Це командні абаки, які можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн- емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS

ПРОГРАМА:

ІМ'Я


abacas - автоматичне продовження зібраних послідовностей на основі алгоритму

СИНТАКСИС


абаки -r посилання -q qs -p прог [ПАРАЦІЇ]

OR

абаки -r посилання -q psf -e

посилання довідкова послідовність в одному файлі fasta

qs contigs у мульти-швидкісному форматі

Rog Програма MUMmer для використання: 'nucmer' або 'promer'

psf файл псевдомолекули/упорядкованої послідовності у форматі fasta

ВАРІАНТИ

-h використання друку

-d використовувати параметри nucmer/promer за замовчуванням

-s int мінімальна довжина точного відповідного слова (nucmer за замовчуванням = 12, promer за замовчуванням
= 4)

-m роздрукувати замовлені контиги у файл у форматі multifasta

-b роздрукувати контиги в bin у файл

-N надрукувати псевдомолекулу без «N».

-i int мінімальний відсоток ідентичності [за замовчуванням 40]

-v int мінімальне покриття contig [за замовчуванням 40]

-V int мінімальна різниця покриття contig [за замовчуванням 1]

-l int мінімальна довжина контигу [за замовчуванням 1]

-t запустіть tblastx на контигах, які не відображені

-g string (ім'я файлу) друкувати непокриті області (пропуски) за посиланням на ім'я файлу

-a додати контиги в bin до псевдомолекули

-o вихідні файли префікса матимуть цей префікс

-P підберіть набори грунтовок, щоб закрити зазори

-f int кількість фланкуючих підстав по обидва боки від зазору для дизайну грунтовки (за замовчуванням
350)

-R int Запустити mummer [за замовчуванням 1, використовувати -R 0, щоб не бігати шаман]

-e Уникнути впорядкування контигів, тобто перейти до дизайну грунтовки

-c Довідкова послідовність є круговою

ОПИС


ABACAS призначений для швидкого зближення (вирівнювання, впорядкування, орієнтації), візуалізації та проектування
праймери для закриття проміжків на контигах, зібраних з дробовика, на основі еталонної послідовності.

ABACAS використовує MUMmer для пошуку позицій вирівнювання та визначення синтеній зібраних контигів
проти довідки. Потім вихідні дані обробляються для отримання псевдомолекул
врахувати перекриття та розриви. ABACAS створює файл порівняння, який може
використовуватися для візуалізації впорядкованих і орієнтованих контиг в ACT. Синтенія представлена ​​червоним кольором
смуги, де інтенсивність кольору зменшується з меншими значеннями відсотка ідентичності між
порівнянні блоки. Інформація про контиги, такі як орієнтація, відсоток ідентичності,
охоплення та перекриття з іншими контигами також можна візуалізувати, завантаживши виведені
файл функцій на ACT.

Використовуйте абаки онлайн за допомогою служб onworks.net


Безкоштовні сервери та робочі станції

Завантажте програми для Windows і Linux

  • 1
    PostInstallerF
    PostInstallerF
    PostInstallerF встановить усі файли
    програмне забезпечення, яке Fedora Linux та інші
    не включає за замовчуванням після
    запуск Fedora вперше. Його
    легко для ...
    Завантажте PostInstallerF
  • 2
    страйк
    страйк
    Проект strace перенесено в
    https://strace.io. strace is a
    діагностика, налагодження та інструктаж
    трасування простору користувача для Linux. Його використовують
    стежити за...
    Завантажити strace
  • 3
    gMKVEExtractGUI
    gMKVEExtractGUI
    Графічний інтерфейс для утиліти mkvextract (частина
    MKVToolNix), який включає більшість (if
    не всі) функціональність mkvextract і
    утиліти mkvinfo. Написано на C#NET 4.0,...
    Завантажте gMKVExtractGUI
  • 4
    Бібліотека JasperReports
    Бібліотека JasperReports
    Бібліотека JasperReports – це
    найпопулярніший у світі відкритий код
    бізнес-аналітика та звітність
    двигун. Він повністю написаний на Java
    і воно здатне...
    Завантажте бібліотеку JasperReports
  • 5
    Книги Фраппе
    Книги Фраппе
    Frappe Books є безкоштовним і відкритим вихідним кодом
    програмне забезпечення для настільного бухгалтерського обліку
    простий і добре розроблений для використання
    малий бізнес і фрілансери. Це...
    Завантажте книги про фраппе
  • 6
    Числовий Python
    Числовий Python
    НОВИНИ: NumPy 1.11.2 – остання версія
    що буде зроблено на sourceforge. Колеса
    для Windows, Mac і Linux, а також
    архівні вихідні розподіли можуть бути чотири...
    Завантажте числовий Python
  • Детальніше »

Команди Linux

Ad