Це команда alistat, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
alistat - показ статистики для файлу множинного вирівнювання
СИНТАКСИС
алістат [параметри] alignfile
ОПИС
алістат зчитує множинне вирівнювання послідовності з файлу alignfile в будь-якому підтримуваному
формат (включаючи SELEX, GCG MSF і CLUSTAL) і показує низку простих статистичних даних
про це. Ця статистика включає назву формату, кількість послідовностей,
загальна кількість залишків, середнє значення та діапазон довжин послідовностей, вирівнювання
довжина (наприклад, включаючи символи пропуску).
Також показано кілька відсотків ідентичностей. Визначається відсоток попарного вирівнювання
as (іден / MIN(len1, len2)) де ідентифікацій – кількість точних тотожностей і len1,
len2 – невирівняні довжини двох послідовностей. «Середній відсоток ідентичності», «найбільш
пов’язана пара» та «найбільш непов’язана пара» вирівнювання – це середнє, максимальне та
мінімум з усіх (N)(N-1)/2 пар відповідно. "Найвіддаленіша послідовність" обчислюється за допомогою
знаходження максимальної попарної ідентичності (найкращої відносної) для всіх N послідовностей, а потім знаходження
мінімум з цих N чисел (отже, найбільш віддалена послідовність).
ВАРІАНТИ
-a Показати додаткову детальну інформацію: таблиця з одним рядком у послідовності
ім'я, довжину та його найвищу та найнижчу попарну тотожність. Ці рядки є
з префіксом * для легкого ввімкнення grep'розбирання та сортування.
Наприклад, алістат -a foo.slx | GREP * | сортувати -n +3 дає рейтинговий список
найвіддаленіші послідовності у вирівнюванні. Несумісне з -f варіант.
-f Швидко; використовуйте метод вибірки, щоб оцінити середній %id. Коли ця опція є
обраний, алістат не показує інші три парні ідентифікаційні номери. Це
Опція корисна для дуже великих вирівнювань, для яких виконується повний розрахунок (N)(N-1).
усіх пар було б непосильним (наприклад, вирівнювання Pfam GP120 з понад 10,000 XNUMX
послідовності). Несумісне з -a варіант.
-h Роздрукувати коротку довідку; включає номер версії та зведення всіх параметрів, в т.ч
експертні варіанти.
-q бути тихим - придушити багатослівний заголовок (назва програми, номер і дата випуску, файл
параметри та параметри, що діють).
-B (Риба Вавилон). Автоматичне визначення та читання формату файлу послідовності, відмінного від стандартного
(ФАСТА). Розпізнається майже будь-який поширений формат файлу послідовності (включаючи Genbank,
Невирівняні формати послідовностей EMBL, SWISS-PROT, PIR і GCG, а також Стокгольм, GCG MSF,
і формати класального вирівнювання). Повний список див. у друкованій документації
підтримуваних форматів.
ЕКСПЕРТ ВАРІАНТИ
--інформація
Вкажіть, що файл послідовності має формат , а не FASTA за замовчуванням
формат. Поширені приклади включають Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
або PHYLIP; див. друковану документацію, щоб отримати повний список прийнятних форматів
імена. Цей параметр замінює формат за замовчуванням (FASTA) і формат -B Babelfish
опція автоматичного визначення.
Використовуйте alistat онлайн за допомогою служб onworks.net
