Це команда alter-sequence-alignment, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
alter-sequence-alignment - геномні послідовності ALignment Transformation EnviRonment
СИНТАКСИС
alter-sequence-alignment [варіант] [послідовність]
ОПИС
ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) — це інструмент для перетворення
між кількома форматами вирівнювання послідовностей. ALTER зосереджується на
специфікації основних програм вирівнювання та аналізу, а не
на перетворення між більш-менш конкретними форматами.
ВАРІАНТИ
-c (--згорнути)
Згорнути послідовності до гаплотипів.
-cg (--collapseGaps)
Розглядайте прогалини як відсутні дані під час згортання.
-кл (--collapseLimit) Н
Обмеження підключення (послідовності, що відрізняються на <= l сайтах, будуть згорнуті) (за умовчанням
l=0).
-см (--collapseВідсутня)
Враховуйте відсутні дані як відмінності під час згортання.
-i (--вхід) ФАЙЛ
Вхідний файл.
-я (--inputAutodetect)
Формат автоматичного визначення (інші параметри введення пропущено).
-якщо (--inputFormat) ВАЛ
Формат введення (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP або PIR).
-io (--inputOS) ВАЛ
Операційна система введення (Linux, MacOS або Windows)
-ip (--inputProgram) ВАЛ
Програма введення (Clustal, MAFFT, MUSCLE, PROBCONS або TCoffee).
-o (- вихід) ФАЙЛ
Вихідний файл.
-оф (--outputFormat) ВАЛ
Формат виведення (ALN, FASTA, GDE, MEGA, MSF, NEXUS, PHYLIP або PIR).
-ол (--outputLowerCase)
Вихід у нижньому регістрі.
-ом (--outputMatch)
Вивести відповідні символи.
-на (--outputResidueNumbers)
Вивести числа залишків (тільки формат ALN).
-оо (--outputOS) ВАЛ
Операційна система виведення (Linux, MacOS або Windows).
-оп (--outputProgram) ВАЛ
Програма виведення (jModelTest, MrBayes, PAML, PAUP, PhyML, ProtTest, RAxML, TCS,
CodABC, BioEdit, MEGA, dnaSP, Se-Al, Mesquite, SplitsTree, Clustal, MAFFT, MUSCLE,
PROBCONS, TCoffee, Gblocks, SeaView, trimAl або GENERAL)
-кістка (--outputSequential)
Послідовний вихід (лише формати NEXUS і PHYLIP).
Використовуйте alter-sequence-alignment онлайн за допомогою служб onworks.net
