Це команда beast-mcmc, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
beast-mcmc - байєсівський еволюційний аналіз дерев вибірки
СИНТАКСИС
звір-mcmc [ВАРІАНТИ] [input.xml]
звір-mcmc [-вербозний | - суворий | -вікно | -вибори | -працюючий | - насіння | - помилки i |
-нитки i | -ява | -бігль | -beagle_info | -beagle_resource_order | -допомога |
input.xml]
ОПИС
BEAST — це кросплатформна програма для байєсівського MCMC аналізу молекулярних послідовностей. це є
орієнтовані на вкорінені, виміряні часом філогенії, виведені за допомогою суворих або послаблених
моделі молекулярного годинника. Він призначений і як метод реконструкції філогенії та
як основу для перевірки еволюційних гіпотез без обумовлення на одному дереві
топологія. BEAST використовує MCMC для усереднення по простору дерева, щоб кожне дерево було зважено
пропорційна його апостеріорній ймовірності. Ми включаємо простий у використанні користувальницький інтерфейс
програма для налаштування стандартних аналізів і набір програм для аналізу
результати. Пакет BEAUti/BEAST має три основні напрямки досліджень
особливо застосовні. Ці області є філогенією видів для молекулярного датування,
популяційна генетика на основі коалесценції та популяції, що вимірно розвиваються (стародавня ДНК або
набори даних вірусної послідовності з міткою часу).
ВАРІАНТИ
-вербозний
докладний аналіз повідомлень XML
- суворий
помилка у невідповідному файлі BEAST XML
-вікно
надати консольне вікно
-вибори
відобразити діалогове вікно параметрів
-працюючий
змінити робочий каталог на каталог вхідного файлу
- насіння
вкажіть початкове значення генератора випадкових чисел
- помилки i
максимальна кількість числових помилок перед зупинкою
-нитки i
кількість обчислювальних потоків для використання (за замовчуванням 1)
-ява
використовувати лише Java, без рідних реалізацій
-бігль
використовуйте бібліотеку біглів, якщо є
-beagle_info
показати інформацію про доступні ресурси бігля
-beagle_resource_order
встановити порядок ресурсів бігля
-допомога
екран використання друку
Використовуйте beast-mcmc онлайн за допомогою служб onworks.net
