Це команда cd-hit-2d-para, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks, використовуючи одну з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
cd-hit-2d-para.pl - розділіть велике завдання кластеризації на частини, щоб запустити cd-hit-2d або cd-hit-
est-2d робочі місця
СИНТАКСИС
cd-hit-2d-para.pl опції
ОПИС
Цей скрипт розбиває велике завдання кластеризації на частини та надсилає завдання на віддалений
комп’ютери через мережу, щоб зробити її паралельною. Після того, як усі роботи закінчені, в
сценарій об'єднує результати кластеризації, як якщо б ви просто запустили один CD-hit-2d або
cd-hit-est-2d.
Ви також можете використовувати його для розподілу великих завдань на одному комп’ютері, якщо ваш комп’ютер це робить
не вистачає оперативної пам’яті (з -L варіант).
Вимоги:
1 Під час запуску цього сценарію через мережу каталог, у якому ви
запустіть сценарії, і вхідні файли повинні бути доступні на всіх віддалених хостах з
ідентичний шлях.
2 Якщо ви вибираєте «ssh» для подання завдань, ви повинні мати
ssh без пароля на будь-який віддалений хост, дивіться посібник ssh, щоб дізнатися, як налаштувати
ssh без пароля.
3 Я пропоную використовувати систему черги замість ssh,
Зараз я підтримую PBS і SGE
4 cd-hit-2d cd-hit-est-2d cd-hit-div cd-hit-div.pl має бути
в тому самому каталозі, де знаходиться цей скрипт.
Опції
-i введіть ім'я файлу для 1-го дБ у форматі fasta, обов'язково
-і2 введіть ім'я файлу для 2-го дБ у форматі fasta, обов'язково
-o ім'я вихідного файлу, обов'язкове
--С програма, "cd-hit-2d" або "cd-hit-est-2d", за замовчуванням "cd-hit-2d"
--Б ім'я файлу списку хостів, обов'язкове, якщо -Q or -L надається опція
--Л кількість процесора на локальному комп’ютері, за замовчуванням 0, якщо ви не запускаєте його через a
кластер, ви можете використовувати цю опцію, щоб розділити великі завдання кластеризації на маленькі частини,
Я пропоную вам просто використовувати "--L 1", якщо у вас не вистачить оперативної пам'яті для кожного процесора
--S Кількість сегментів, на які потрібно розділити 1-й дБ, за замовчуванням 2
--S2 Кількість сегментів, на які потрібно розділити 2-й дБ, за замовчуванням 8
--П кількість завдань для передачі в систему черги, за замовчуванням 0 за замовчуванням, програма
використовуйте режим ssh для надсилання віддалених завдань
--Т тип системи масового обслуговування, "PBS", "SGE" підтримуються, за замовчуванням PBS
--Р файл перезавантаження, який використовується після аварійного завершення запуску
-h роздрукувати цю довідку
Більше параметрів cd-hit-2d/cd-hit-est-2d можна вказати в командному рядку
Питання, помилки, зв’яжіться з Вейчжуном Лі за адресою [захищено електронною поштою]
Використовуйте cd-hit-2d-para онлайн за допомогою служб onworks.net
