Це команда distmate, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
distmat - Створення матриці відстані з вирівнювання кількох послідовностей
СИНТАКСИС
дистмат - послідовність seqset -нукметод список -протметод список -неоднозначний boolean
- gapweight плавати - позиція ціле -обчислити boolean -параметри плавати
- вихідний файл вихідний файл
дистмат -допомога
ОПИС
дистмат — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейська молекулярна біологія Open
Пакет програмного забезпечення»). Це частина командної групи (груп) «Філогенія:Молекулярна послідовність».
ВАРІАНТИ
вхід розділ
- послідовність seqset
Файл, що містить вирівнювання послідовності.
Вимагається розділ
-нукметод список
Методи корекції множинних заміщень для нуклеотидів.
-протметод список
Кілька методів корекції заміщення білків.
Додатковий розділ
-неоднозначний boolean
Можливість використання неоднозначних кодів у розрахунках за методом Джукса-Кантора або якщо
послідовності є білками. Значення за замовчуванням: N
- gapweight плавати
Можливість вагових розривів у некоригованій (нуклеотидної) відстані та відстані Джукса-Кантора
методи. Значення за замовчуванням: 0.
- позиція ціле
Виберіть позиції основ для аналізу в кожному кодоні, тобто 123 (усі основи), 12 (перші дві
бази), 1, 2 або 3 окремі бази. Значення за замовчуванням: 123
-обчислити boolean
Це примусить обчислити параметр 'a' на відстані Jin-Nei Gamma
обчислення, інакше значення за замовчуванням дорівнює 1.0 (див. параметр -parametera). Значення за замовчуванням: N
-параметри плавати
Визначений користувачем параметр 'a' для використання в розрахунку відстані Jin-Nei Gamma. The
рекомендоване значення, яке буде використано, — 1.0 (Jin et al.), і це значення за замовчуванням. Значення за замовчуванням:
1.0
Вихід розділ
- вихідний файл вихідний файл
Використовуйте distmate онлайн за допомогою служб onworks.net
