Це команда famap, яку можна запустити у безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних онлайн-робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
famap - підготувати базу даних послідовностей Fasta для повторних ПЛР-пошуків
СИНТАКСИС
famap [-hV] -b mmapped-file [-t cvt] [файл ...]
famap [-hV] -d mmapped-файл [або ...]
famap [-hV] -l mmapped-файл [або ...]
ОПИС
Програма famap є частиною набору e-PCR і використовується для створення mmapped-файлу з FASTA
файли для зворотного пошуку електронної ПЛР
ВАРІАНТИ
де CVT (таблиця перетворення) є одним із:
вимкнено - як є (за замовчуванням)
n - дозволений нуклеотид [acgtnACGTN],
N - допустимі нуклеотиди у верхньому регістрі [ACGTN]
nx - нуклеотид з дозволеною неоднозначністю кодів
NX - нуклеотид з неоднозначністю кодів у верхньому регістрі
приклад
famap -tN -b genome.famap org/chr_*.fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
Читати famap(1) і повторно ПКР(1)
Використовуйте famap онлайн за допомогою сервісів onworks.net
