Це команда fasta_formatter, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS.
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
fasta_formatter - змінює ширину рядка послідовностей у файлі FASTA
ОПИС
використання: fasta_formatter [-h] [-i INFILE] [-o OUTFILE] [-w N] [-t] [-e] Частина FASTX
Інструментарій 0.0.14 від assafgordon@gmail.com
[-h] = Цей корисний екран довідки.
[-i INFILE]
= Вхідний файл FASTA/Q. за замовчуванням — STDIN.
[-o OUTFILE] = вихідний файл FASTA/Q. за замовчуванням — STDOUT. [-w N] = макс.
Ширина рядка послідовності для вихідного файлу FASTA.
Коли ZERO (за замовчуванням), рядки послідовності НЕ будуть обгорнуті - всі нуклеотиди
кожна послідовність відображатиметься в одному рядку (добре для сценаріїв).
[-t] = Формат виведення таблиці (замість формату FASTA).
Ідентифікатори послідовності будуть у першому стовпці, нуклеотиди з’являться у другому
стовпець (у вигляді одного рядка).
[-e] = Вивести порожні послідовності (за замовчуванням їх відкидаються).
Порожні послідовності - це ті, які мають лише ідентифікатор послідовності, але не фактичний
нуклеотиди.
вхід приклад:
>MY-ID AAAAAGGGGG CCCCCTTTTT AGCTN
Вихід приклад з необмежений лінія ширина [-ж 0]:
>MY-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTTTAGCTN
Вихід приклад з макс. лінія width = 7 [-ж 7]:
>MY-ID AAAAAGG GGGTTTT TCCCCCA GCTN
Вихід приклад з табличний вихід [-t]:
МІЙ-ID AAAAAGGGGGCCCCCTTTTAGCTN
приклад порожньої послідовності: (буде відкинуто, якщо не буде використано [-e])
>РЕГУЛЯРНА-Послідовність-1 AAAGGGTTTCCC >ПУСТА-Послідовність >РЕГУЛЯРНА-Послідовність-2
AAGTAGTAGTAGTAGTAGT GTATTTTATAT
Використовуйте fasta_formatter онлайн за допомогою служб onworks.net