flexbar - онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

flexbar - гнучкий штрих-код і видалення адаптера для платформ секвенування

СИНТАКСИС

флексбар -r зчитує [-t цільовий] [-b штрих-коди] [-a адаптери] [параметри]

ОПИС

Flexbar ефективно обробляє високопродуктивні дані секвенування. Він демультиплексує
штрих-код запускає та видаляє послідовності адаптера. Крім того, є функції обрізки та фільтрації
надано. Flexbar збільшує швидкість картування та покращує геном і транскриптом
зборів. Він підтримує дані секвенування наступного покоління у форматах fasta/q і csfasta/q
від Illumina, Roche 454 і платформи SOLiD.

Назви параметрів змінено у Flexbar. Будь ласка, перегляньте сценарії. Останні місяці за замовчуванням
були оптимізовані налаштування, виправлено декілька помилок та внесено різноманітні покращення, напр
оновлений інтерфейс командного рядка, нові режими обрізки, а також менший час і пам’ять
вимоги.

-h, --допомога

Відображає це повідомлення довідки.

-w, --розширений

Екран довідки з розширеними параметрами друку.

-i, --цитувати

Показати посилання на програму для цитування.

Основні параметри:

-n, --нитки NUM

Кількість потоків для використання. За замовчуванням: 1.

-t, --ціль STR

Префікс для імен вихідних файлів або шляхів. За замовчуванням: flexbar.

-r, --читає Фото

Файл Fasta/q або stdin (-) із читаннями, які можуть містити штрих-коди.

-p, --читає2 Фото

Підтримується другий вхідний файл парних читань, файлів gz та bz2.

-f, --формат STR

Формат якості: sanger, solexa, i1.3, i1.5, i1.8 (illumina 1.8+).

-c, --кольоровий простір

Введіть у форматі колірного простору csfasta або csfastq у масштабуванні Sanger.

Виявлення штрих-коду:

-b, -- штрих-коди Фото

Файл Fasta зі штрих-кодами для демультиплексування, які можуть містити N.

-бр, --зчитує штрих-код Фото

Файл Fasta/q, що складається з окремих штрих-кодів для виявлення.

- бути, --кінець обрізки штрих-коду STR

Тип виявлення, див. режими обрізки кінця. За замовчуванням: БУДЬ-ЯКИЙ.

-бо, --штрих-код-мін-перекриття NUM

Мінімальне перекриття штрих-коду та зчитування. За замовчуванням: довжина штрих-коду.

-bt, --порогове значення штрих-коду NUM

Допустимі невідповідності та розриви на 10 баз перекриваються. За замовчуванням: 1.0.

-бу, --штрих-код-непризначений

Включити непризначені читання в генерацію вихідних даних.

Зняття адаптера:

-a, --перехідники Фото

Файл Fasta з адаптерами для видалення, які можуть містити N.

-як, --adapter-seq STR

Одна послідовність адаптерів як альтернатива варіанту адаптерів.

-ае, --adapter-trim-end STR

Тип видалення, дивіться режими обрізки кінця розділу. За замовчуванням: ВПРАВО.

-ао, --adapter-min-overlap NUM

Мінімальне перекриття адаптера та послідовності читання. За замовчуванням: 1.

-на, --перехідник-поріг NUM

Допустимі невідповідності та розриви на 10 баз перекриваються. За замовчуванням: 3.0.

Фільтрування та обрізка:

-u, --max-невикликаний NUM

Дозволені невикликані основи (N або .) для кожного зчитування. За замовчуванням: 0.

-x, --попередня обрізка зліва NUM

Перед виявленням обріжте задану кількість баз на кінці зчитування 5'.

-y, --попередня обрізка-право NUM

Перед виявленням обріжте вказану кількість баз на 3' кінці.

-q, --pre-trim-phred NUM

Обріжте кінець 3', доки не досягнете заданої або вищої якості.

-k, --довжина після обрізки NUM

Після видалення обріжте до вказаної довжини зчитування від кінця 3 фута.

-m, --мінімальна довжина читання NUM

Мінімальна довжина читання, яка залишається після видалення. За замовчуванням: 18.

Вибір виходу:

-o, --швидкий вихід

Віддавайте перевагу неякісним форматам fasta і csfasta для виведення.

-z, --zip-вихід STR

Увімкнути пряме стиснення вихідних файлів. Один із GZ і BZ2.

-s, --одиночне читання

Запишіть поодинокі парні читання для занадто коротких відповідників.

Реєстрація та тегування:

-l, -- рівень журналу STR

Друк дійсне оптимальне вирівнювання для читання. Один з ALL, MOD і TAB.

-g, --removal-tags

Зчитування тегів, які підлягають видаленню адаптера або штрих-коду.

Режими обрізки:

БУДЬ-ЯКИЙ: довша сторона зчитування залишається після видалення перекриття ЛІВОВА: залишається права сторона
після видалення, вирівняти <= кінець читання ВПРАВО: ліва частина залишається після видалення, вирівняти >=
початок читання LEFT_TAIL: розглянути перші n основ зчитування у вирівнюванні RIGHT_TAIL: використовувати
тільки останні n основ, див. варіанти довжини хвоста

ПРИКЛАДИ

флексбар -r reads.fq -f i1.8 -t мета -b brc.fa -a adap.fa flexbar -r
reads.csfastq.gz -a adap.fa -ао 5 -ае ЛІВИЙ -c

Версія

Версія flexbar: 2.4 Останнє оновлення 29 липня 2013 року

Розширені параметри: flexbar -w

flexbar версії 2.4

Використовуйте flexbar онлайн за допомогою служб onworks.net