Це команда gbrowse_import_ucsc_db, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
browse_import_ucsc_db - Створює джерело даних фреймворка
ОПИС
Це створює базове джерело даних для одного з геномів, відомих геному UCSC
браузер. Потім ви можете змінити файл конфігурації джерела даних, додати власні дані тощо
далі. Надайте назву збірки геному UCSC та, за бажанням, опис для відображення
GBОгляд.
Щоб почати, знайдіть потрібне джерело даних, перейшовши за посиланням http://genome.ucsc.edu/cgi-
bin/hgGateway та за допомогою меню "клад" і "геном" для переходу до потрібного виду
і номер збірки. Ви знайдете назву джерела даних у синьому полі під навігацією
контролю. Шукайте щось подібне:
D. melanogaster Genome Browser – збірка dm3 (послідовності)
Назва джерела даних з’являється перед словом «збірка», у цьому випадку «dm3».
ВИКОРИСТАННЯ
[параметри] [ ]
ВАРІАНТИ
Щоб отримати список усіх джерел, розпізнаних UCSC, з’являється введіть:
browse_import_ucsc_db --список
варіанти:
--remove-chr Видалити префікс 'chr' з усіх імен хромосом
--list Список джерел даних
приклад
Приклад: $0 hg19 "Геном людини (hg19)"
Використовуйте gbrowse_import_ucsc_db онлайн за допомогою служб onworks.net