gmx-editconf - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-editconf - Перетворення та керування файлами структури

СИНТАКСИС

gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [- медовуха [<.pqr>]] [-[ні]ж]
[-[ні]ndef] [-bt ] [- коробка ]
[-кути ] [-d ] [-[ні]c]
[-центр ] [- вирівнювання по центру ]
[-вирівняти ] [-перекласти ]
[- обертати ] [-[ні]принц] [-масштаб ]
[- щільність ] [-[ні]pbc] [-реснр ] [-[ні]хватити]
[-rvdw ] [-[ні]сиг56] [-[ні]vdwread] [-[ні]атом]
[-[ні]легенда] [- етикетка ] [-[ні]підключення]

ОПИС

gmx editconf перетворює загальний формат структури в .gro, .g96 or .pdb.

Коробку можна змінити за допомогою опцій - коробка, -d та -кути. Обидва - коробка та -d буде центр
система в коробці, якщо -ноч використовується.

варіант -bt визначає тип коробки: триклініки це триклінічна коробка, кубічний є прямокутним
коробка з рівними всіма сторонами додекаедр являє собою ромбічний додекаедр і октаедр is
усічений октаедр. Останні два є особливими випадками триклінічної коробки. Довжина
три квадратних вектора усіченого октаедра — це найкоротша відстань між двома
протилежні шестикутники. Відносно кубічної коробки з деякою періодичною відстанню зображення, обсяг
додекаедра з такою ж періодичною відстанню в 0.71 раза більше куба, і
у зрізаного октаедра в 0.77 раза.

варіант - коробка вимагає лише одне значення для кубічного, ромбічного додекаедра або усіченого
восьмигранна коробка.

З -d і триклініки коробка розміру системи в x-, y-, і z- напрямки є
використаний. З -d та кубічний, додекаедр or октаедр коробки, розміри встановлюються на
діаметр системи (найбільша відстань між атомами) плюс подвійна зазначена відстань.

варіант -кути має значення лише з опцією - коробка і триклінічну коробку і не можна використовувати
з опцією -d.

Коли -n or -ndef встановлено, можна вибрати групу для розрахунку розміру та розміру
геометричний центр, інакше використовується вся система.

- обертати обертає координати та швидкості.

-принц вирівнює головні осі системи вздовж осей координат з найдовшою
вісь вирівняна з x-вісь. Це може дозволити вам зменшити обсяг коробки, але будьте обережні
що молекули можуть значно обертатися за наносекунду.

Масштабування застосовується перед виконанням будь-яких інших операцій. Коробки і координати
можна масштабувати, щоб отримати певну щільність (опція - щільність). Зауважте, що це може бути
неточна у випадку а .gro файл надається як вхідні дані. Особливість опції масштабування
полягає в тому, що коли коефіцієнт -1 заданий в одному вимірі, можна отримати дзеркальне відображення
в одному з літаків. Якщо використовувати -1 у трьох вимірах, то це дзеркальне зображення
отриманий.

Групи вибираються після застосування всіх операцій.

Періодичність можна прибрати грубим способом. Важливо, щоб квадратні вектори на
нижня частина вашого вхідного файлу правильна, коли періодичність потрібно видалити.

При написанні .pdb файлів, B-фактори можна додати за допомогою -bf варіант. Зчитуються B-фактори
з файлу з таким форматом: перший рядок вказує кількість записів у файлі,
У наступних рядках вказується індекс, за яким слідує B-фактор. B-фактори будуть додані за
залишку, якщо індекс не перевищує кількість залишків, або якщо індекс не перевищує кількість залишків -атом варіант
встановлено. Очевидно, замість B-факторів можна додати будь-який тип числових даних. - легенда
утворить ряд атомів СА з B-факторами від мінімального до максимального
Знайдено значення, створюючи легенду для перегляду.

З опцією - медовуха спеціальний .pdb (.pqr) для програми електростатики MEAD
(розв’язувач Пуассона-Больцмана) можна зробити. Ще однією необхідною умовою є вхідний файл a
запустити вхідний файл. Потім поле B-фактора заповнюється радіусом Ван-дер-Ваальса
атомів, а поле заповненості буде утримувати заряд.

Опція - схопити подібний, але він поміщає заряди в B-фактор і радіус в
заселення.

варіант -вирівняти дозволяє вирівняти головну вісь зазначеної групи щодо
заданий вектор з необов’язковим центром обертання, заданим як - вирівнювання по центру.

Нарешті, з опцією - етикетка, editconf може додати ідентифікатор ланцюга до a .pdb файл, який може
бути корисним для аналізу, наприклад, Rasmol.

Щоб перетворити усічений файл октраедра, створений пакетом, який використовує кубічний блок з
відрізані кути (наприклад, GROMOS), використовуйте:

gmx editconf -f in -rotate 0 45 35.264 -bt o -box veclen -o out

де веклен це розмір кубічної коробки раз кв(3)/2.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp тпр

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-bf [<.dat>] (bfact.dat) (Необов'язково)
Загальний файл даних

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (Необов'язково)
Файл структури: гро g96 pdb brk ent esp

- медовуха [<.pqr>] (mead.pqr) (Необов'язково)
Файл координат для MEAD

Інші варіанти:

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-[ні]ndef (немає)
Виберіть вихід із груп індексів за замовчуванням

-bt (триклініка)
Тип коробки для - коробка та -d: триклініка, кубічна, додекаедр, октаедр

- коробка (0 0 0)
Довжини вектора коробки (a,b,c)

-кути (90 90 90)
Кути між квадратними векторами (bc,ac,ab)

-d (0)
Відстань між розчиненою речовиною і коробкою

-[ні]c (немає)
Центральна молекула в коробці (мається на увазі - коробка та -d)

-центр (0 0 0)
Координати геометричного центру

- вирівнювання по центру (0 0 0)
Центр обертання для вирівнювання

-вирівняти (0 0 0)
Вирівняти за цільовим вектором

-перекласти (0 0 0)
Переклад

- обертати (0 0 0)
Обертання навколо осей X, Y і Z в градусах

-[ні]принц (немає)
Орієнтуйте молекулу(и) вздовж їхніх головних осей

-масштаб (1 1 1)
Коефіцієнт масштабування

- щільність (1000)
Щільність (г/л) вихідної коробки, досягнута шляхом масштабування

-[ні]pbc (немає)
Прибрати періодичність (знову зробити молекулу цілісною)

-реснр (-1)
Перенумеруйте залишки, починаючи з resnr

-[ні]хватити (немає)
Зберігайте заряд атома в полі B-фактора і радіус атома в
поле зайнятості

-rvdw (0.12)
Радіус Ван-дер-Ваальса за замовчуванням (в нм), якщо його не можна знайти в базі даних або якщо
у файлі топології немає параметрів

-[ні]сиг56 (немає)
Використовуйте rmin/2 (мінімум потенціалу Ван-дер-Ваальса), а не sigma/2

-[ні]vdwread (немає)
Прочитайте радіуси Ван-дер-Ваальса з файлу vdwradii.dat а не обчислювати
радіуси на основі силового поля

-[ні]атом (немає)
Сила приєднання B-фактора на атом

-[ні]легенда (немає)
Складіть легенду B-фактора

- етикетка (A)
Додайте етикетку ланцюга для всіх залишків

-[ні]підключення (немає)
Додайте записи CONECT до a .pdb файл під час запису. Це можна зробити лише тоді, коли є топологія
представити

KNOWN ПИТАННЯ

· Для складних молекул процедура видалення періодичності може вийти з ладу, у цьому випадку ви
можна використовувати gmx trjconv.

Використовуйте gmx-editconf онлайн за допомогою служб onworks.net