Це команда gmx-filter, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн емулятор Windows або онлайн емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gmx-filter - траєкторії частотного фільтра, корисний для створення плавних фільмів
СИНТАКСИС
фільтр gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ол [<.xtc/.trr/...>]] [-о [<.xtc/.trr/...>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ні]ж] [-nf ]
[-[ні] все] [-[ні]не стрибок] [- [ні] підходить]
ОПИС
gmx фільтрувати виконує частотну фільтрацію на траєкторії. Форма фільтра cos(pi t/A)
+ 1 від -A до +A, де A задається опцією -nf помножений на крок часу у введеному файлі
траєкторія. Цей фільтр зменшує коливання з періодом A на 85%, з періодом 2*A на 50%
і з періодом 3*A на 17% для фільтрації низьких частот. Відфільтрований як нижніх, так і високих частот
траєкторію можна записати.
варіант -ол записує фільтровану траєкторію низьких частот. Кожен кадр пишеться -nf вхід
рамки. Таке співвідношення довжини фільтра та вихідного інтервалу забезпечує гарне придушення
згладжування високочастотного руху, що корисно для створення плавних фільмів. Також середні
властивостей, які є лінійними в координатах, зберігаються, оскільки всі вхідні кадри
однаково зважуються у виході. Коли потрібні всі рамки, скористайтеся -всі варіант.
варіант -о записує високочастотну фільтровану траєкторію. Відфільтровані високочастотні координати є
додано до координат із файлу структури. При використанні високочастотної фільтрації використовуйте -підходить
або переконайтеся, що ви використовуєте траєкторію, яка була встановлена на координатах у структурі
файлу.
ВАРІАНТИ
Параметри для визначення вхідних файлів:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Необов'язково)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл
Параметри для визначення вихідних файлів:
-ол [<.xtc/.trr/...>] (lowpass.xtc) (Необов'язково)
Траєкторія: xtc трр гро g96 pdb тнг
-о [<.xtc/.trr/...>] (highpass.xtc) (Необов'язково)
Траєкторія: xtc трр гро g96 pdb тнг
Інші варіанти:
-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії
-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії
-dt (0)
Використовуйте кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)
-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли
-nf (10)
Встановлює довжину фільтра, а також вихідний інтервал для фільтрації низьких частот
-[ні] все (немає)
Запишіть усі кадри з фільтрацією низьких частот
-[ні]не стрибок (так)
Видаліть стрибки атомів через коробку
- [ні] підходить (немає)
Підігнати всі кадри до опорної структури
Використовуйте gmx-filter онлайн за допомогою служб onworks.net
