gmx-trjconv – онлайн у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

gmx-trjconv - конвертує файли траєкторії та керує ними

СИНТАКСИС

gmx trjconv [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-фр [<.ndx>]] [-суб [<.ndx>]] [- падіння [<.xvg>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-b ] [-e ]
[-ту ] [-[ні]ж] [-xvg ] [-пропустити ]
[-dt ] [-[ні]круглі] [- звалище ] [-t0 ]
[-часовий крок ] [-pbc ] [-ур ]
[-[ні]центр] [-boxcenter ] [- коробка ]
[- транс ] [-зміна ] [-підходить ]
[-ndec ] [-[Роман] [-[ні]сила] [-trunc ]
[Exec- ] [-розріз ] [-[ні] вер]
[-нуль ] [-капельниця ] [- дропвер ]
[-[ні]підключення]

ОПИС

gmx trjconv може конвертувати файли траєкторії багатьма способами:

· від одного формату до іншого

· виділити підмножину атомів

· змінити представлення періодичності

· утримувати мультимерні молекули разом

· центри атомів у коробці

· підігнати атоми до опорної структури

· зменшити кількість кадрів

· змінити часові позначки кадрів (-t0 та -часовий крок)

· розрізати траєкторію на невеликі підтраекторії відповідно до інформації в індексному файлі.
Це дозволяє проводити подальший аналіз підтраекторій, які, наприклад, можуть бути
результат кластерного аналізу. Використовуйте опцію -суб. Це передбачає, що записи в
індексний файл є номерами кадрів і виводить кожну групу в індексному файлі в окрему
файл траєкторії.

· вибрати кадри в межах певного діапазону величини, заданої в an .xvg файлу.

gmx trjcat краще підходить для конкатенації кількох файлів траєкторій.

Для введення та виведення підтримуються такі формати: .xtc, .trr, .gro, .g96 та .pdb.
Формати файлів визначаються за розширенням файлу. Точність .xtc та .gro
вихід береться з вхідного файлу для .xtc, .gro та .pdb, і від -ndec варіант для
інші формати введення. Точність завжди береться з -ndec, коли цей параметр встановлено.
Усі інші формати мають фіксовану точність. .trr вихід може бути одинарної або подвійної точності,
залежно від точності gmx trjconv двійковий. Зауважте, що тільки швидкості
підтримується в .trr, .gro та .g96 файли.

варіант - вер можна використовувати для запису кожного кадру в окремий .gro, .g96 or .pdb файл. За
за замовчуванням усі кадри записуються в один файл. .pdb файли з усіма об’єднаними фреймами can
переглядати з розмол -nmrpdb.

Можна вибрати частину траєкторії та записати її в новий файл траєкторії
щоб заощадити місце на диску, наприклад, для того, щоб виключити воду з траєкторії білка
у воді. ЗАВЖДИ записати оригінальну траєкторію на плівку! Рекомендуємо використовувати портативний
.xtc формат для вашого аналізу, щоб заощадити місце на диску та мати портативні файли.

Є два варіанти пристосування траєкторії до еталону або для суттєвого
динамічний аналіз тощо. Перший варіант — це просто підгонка до опорної структури
у файлі структури. Другий варіант - це прогресивна підгонка, в якій перший таймфрейм
встановлюється до опорної структури у файлі структури для отримання та кожного наступного
тимчасові рамки пристосовуються до раніше встановленої конструкції. Таким чином безперервна траєкторія
генерується, що може бути не у випадку використання звичайного методу підгонки, наприклад, коли
ваш білок зазнає великих конформаційних переходів.

варіант -pbc встановлює тип періодичної обробки граничних умов:

· М поміщає центр мас молекул у коробку та вимагає запуску вхідного файлу
бути забезпечений -s.

· дозволу поміщає центр мас залишків у коробку.

· атом поміщає всі атоми в коробку.

· nojump перевіряє, чи перестрибують атоми через коробку, а потім кладе їх назад. Це має
ефект, що всі молекули залишаться цілісними (за умови, що вони були цілі в початковій
конформація). Примітка: що це забезпечує безперервну траєкторію, але молекули можуть
дифундувати з коробки. Початкова конфігурація для цієї процедури взята з
файл структури, якщо він надається, інакше це перший кадр.

· кластер групує всі атоми у вибраному індексі так, щоб вони були найближчими
до центру мас кластера, який ітеративно оновлюється. Примітка: що цей
дасть значущі результати, лише якщо у вас насправді є кластер. На щастя, це може бути
згодом перевіряється за допомогою засобу перегляду траєкторії. Зауважте також, що якщо ваші молекули є
зламаний це також не буде працювати.

Окремий варіант - кластерцентр можна використовувати для визначення приблизного центру для
кластер. Це корисно, наприклад, якщо у вас є два великих везикули, і ви цього хочете
зберігають свої взаємні позиції.

· всі лише робить зламані молекули цілісними.

варіант -ур встановлює представлення елементарної комірки для параметрів М, дозволу та атом of -pbc, Всі
три варіанти дають різні результати для триклінікових боксів і ідентичні результати для
прямокутні коробки. прямої має форму звичайної цегли. трик є триклінічною елементарною клітиною.
компактний розміщує всі атоми на найближчій відстані від центру коробки. Це може бути
корисно для візуалізації, наприклад, усічених октаедрів або ромбічних додекаедрів. Центр для
опції трик та компактний is трик (див. нижче), за винятком варіанта -boxcenter встановлений
по-різному.

варіант -центр центрує систему в коробці. Користувач може вибрати групу, яка використовується
визначити геометричний центр. Варіант -boxcenter встановлює розташування центру
поле для параметрів -pbc та -центр. Варіанти центру: трик: половина суми
коробкові вектори, прямої: половина діагоналі коробки, нуль: нуль. Використовуйте опцію -pbc М в додаток
до -центр коли ви хочете, щоб усі молекули були в коробці після центрування.

варіант - коробка встановлює розмір нової коробки. Цей параметр працює лише для провідних розмірів
і, таким чином, зазвичай корисний лише для прямокутних коробок. Якщо ви хочете змінити лише деякі
розмірів, наприклад, зчитуючи з траєкторії, ви можете використовувати -1 для них
розміри, які повинні залишатися незмінними. Не завжди можна використовувати комбінації
-pbc, -підходить, -ур та -центр щоб зробити саме те, що ви хочете за один виклик gmx trjconv.
Подумайте про використання кількох дзвінків і відвідайте веб-сайт GROMACS, щоб отримати пропозиції.

З -dt, можна зменшити кількість кадрів у виводі. Цей варіант залежить
на точність часів у вашій траєкторії введення, тому, якщо вони неточні, використовуйте
-часовий крок можливість змінити час (це можна зробити одночасно). Для гладкості
фільми, програма gmx фільтрувати може зменшити кількість кадрів під час використання низьких частот
частотна фільтрація, це зменшує накладення високочастотних рухів.

використання -trunc gmx trjconv можна обрізати .trr на місці, тобто без копіювання файлу. Це
корисно, коли запуск завершується під час дискового вводу-виводу (тобто повний диск) або коли два суміжних
траєкторії повинні бути об'єднані без подвійних кадрів.

варіант - звалище можна використовувати для вилучення кадру в певний момент або близько до нього
траєкторії, але надійно працює лише за умови рівномірного інтервалу часу між кадрами.

варіант - падіння читає an .xvg файл із часом і значеннями. Коли варіанти -капельниця та / або
- дропвер встановлені, кадри зі значенням нижче та вище значення відповідних параметрів
не буде написано.

ВАРІАНТИ

Параметри для визначення вхідних файлів:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Траєкторія: xtc трр рахувати гро g96 pdb тнг

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Необов'язково)
Структура + маса (дБ): тпр гро g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-фр [<.ndx>] (frames.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

-суб [<.ndx>] (cluster.ndx) (Необов'язково)
Індексний файл

- падіння [<.xvg>] (drop.xvg) (Необов'язково)
файл xvgr/xmgr

Параметри для визначення вихідних файлів:

-o [<.xtc/.trr/...>] (trajout.xtc)
Траєкторія: xtc трр гро g96 pdb тнг

Інші варіанти:

-b (0)
Перший кадр (ps) для зчитування з траєкторії

-e (0)
Останній кадр (ps) для читання з траєкторії

-ту (пс)
Одиниця значень часу: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ні]ж (немає)
Переглянути вихід .xvg, .xpm, .eps та .pdb файли

-xvg
Форматування графіка xvg: xmgrace, xmgr, немає

-пропустити (1)
Запишіть лише кожен nr-й кадр

-dt (0)
Записувати кадр лише тоді, коли t MOD dt = перший раз (ps)

-[ні]круглі (немає)
Округліть вимірювання до найближчої пікосекунди

- звалище (-1)
Дамп кадру найближчий заданий час (пс)

-t0 (0)
Час початку (пс) (за замовчуванням: не змінювати)

-часовий крок (0)
Змінити крок між вхідними кадрами (пс)

-pbc (Ні)
Лікування PBC (повний опис див. довідковий текст): none, mol, res, atom, nojump,
скупчення, ціле

-ур (прямий)
Подання елементарної комірки: прямокутне, tric, компактне

-[ні]центр (немає)
Центр атомів у коробці

-boxcenter (трик)
Центр для -pbc і -center: tric, rect, нуль

- коробка (0 0 0)
Розмір нового кубічного ящика (за замовчуванням: читати з введення)

- транс (0 0 0)
Усі координати будуть перекладені транс. Це можна вигідно поєднати
з -pbc моль -ур компактний.

-зміна (0 0 0)
Усі координати будуть зміщені на framenr*shift

-підходить (Ні)
Підігнати молекулу до структури ref у файлі структури: none, rot+trans,
rotxy+transxy, переклад, transxy, прогресивний

-ndec (3)
Точність запису .xtc та .gro у кількості десяткових знаків

-[Роман (так)
Читайте і записуйте швидкості, якщо можливо

-[ні]сила (немає)
Читайте і записуйте сили, якщо можливо

-trunc (-1)
Обрізати вхідний файл траєкторії після цього часу (пс)

Exec-
Виконати команду для кожного вихідного кадру з номером кадру як аргументом

-розріз (0)
Почніть писати новий файл, коли t MOD split = перший раз (ps)

-[ні] вер (немає)
Запишіть кожен кадр в окремий файл .gro, .g96 або .pdb

-нуль (0)
Якщо встановлено прапорець -sep, використовуйте ці багато цифр для номерів файлів і додайте їх до початку
нулі за потребою

-капельниця (0)
Перекиньте всі кадри нижче цього значення

- дропвер (0)
Перекиньте всі кадри вище цього значення

-[ні]підключення (немає)
Додайте записи під час запису .pdb файлів. Корисно для візуалізації
нестандартні молекули, наприклад, крупнозернисті

Використовуйте gmx-trjconv онлайн за допомогою служб onworks.net